Python でグラフ・(疎)行列計算するためのライブラリを紹介するよ - 武蔵野日記

PageRank とか HITS といったリンク解析ではグラフの計算が頻発するのだが、Python でそのあたり書くときの話をまとめてみる。グラフは行列で表現できる(ノード×ノード次元の行列 A を考えて、ノード i からノード j にエッジがあるとき、A[i,j] に値を入れておけばよい。無向グラフのときは A[i,j] = A[j,i] なので対称行列になる)ので、要は行列を手軽に扱えるライブラリの紹介である。 実は Python の行列演算ライブラリはどれも lapack/blas を内部的に呼んでいるので、C/C++ 等と比較してもそんなに遅くない。それどころか、自動的に並列化できるところは並列化してくれたりするので、まれに C より速いこともあるらしい。特に巨大なグラフを作る場合、ほとんどの処理は C などで書かれた関数に飛ぶので、速度的な問題は無視してもいいくらいである(逆に、

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圧縮格納形式はどれも大差ない(PySparse がちょっと違う？)ですが、preconditionar や solver は違うので、状況に合わせて使ってもらえればいいかと思います。Power method するだけならどれでも変わらないし……

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行列演算ライブラリの話

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素晴しい