AlphaFold: a solution to a 50-year-old grand challenge in biology
Research AlphaFold: a solution to a 50-year-old grand challenge in biology Published 30 November 2020 Authors The AlphaFold team In July 2022, we released AlphaFold protein structure predictions for nearly all catalogued proteins known to science. Read the latest blog here. Proteins are essential to life, supporting practically all its functions. They are large complex molecules, made up of chains
新型コロナウイルス全変異株に有効な医薬向け抗体（ナノボディ抗体）を公開(７月６日オンライン掲載、英国Communications Biology誌）
新型コロナウイルス全変異株に有効な医薬向け抗体（ナノボディ抗体）を公開(７月６日オンライン掲載、英国Communications Biology誌）ウイルス変異を克服するためのアルゴリズムを開発し次世代のバイオ創薬を推進 新型コロナはRNAウイルスであるため、当初から変異型の出現が予想されていました。株式会社COGNANO（京都市左京区、代表取締役CEO・伊村明浩）は、この課題を克服する技術を開発し、4大学との共同研究により、全変異型に対し感染防御活性がきわめて高い抗体を樹立しました。これは、ワクチン接種したアルパカから得られる大量の遺伝子情報を学習し数学的分析によって得られた成果です。オミクロン株出現の1年以上前から、あらゆる変異を克服していた要因は、バイオエキスパートとITエンジニアが協力する体制でした。加えて、クライオ電子顕微鏡解析により、これらの抗体はウイルスタンパク質の深い溝（変
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RNAコロナワクチンは細胞内で逆転写される: current issues in molecular biologyに掲載された論文から｜荒川央 (あらかわ ひろし)
RNAコロナワクチンは細胞内で逆転写される: current issues in molecular biologyに掲載された論文から コロナワクチンに使われているスパイクタンパクは血管毒性を持ち、肺や心臓、脳にも障害を起こす事があります。スパイクタンパクは血流を循環し、さらにエクソソーム上のスパイクタンパクは４ヶ月以上も全身を巡る事が報告されています。RNAコロナワクチンは1-メチル-シュードウリジンで修飾されており、簡単には分解されません。しかし、なぜスパイクタンパクが数ヶ月以上も体内に残るのか、あるいはスパイクタンパクの生産が体内で続くのか等、疑問は多く残っています。 以前、細胞株内でコロナウイルスが逆転写されゲノムに組み込まれるという内容の論文を紹介しました。その論文内で解析されたものはコロナウイルスのRNAゲノムについてでしたが、今回紹介するのは内在性のLINE-1によってRN
E.O. Wilson, a Pioneer of Evolutionary Biology, Dies at 92 (Published 2021)
transcript The Last Word: E.O. WilsonIn a never-before-seen interview, E.O. Wilson sat down with The New York Times in 2008 to talk about his lifelong quest to explore and to protect the planet’s biodiversity. “Future generations are going to forgive us our horrible genocidal wars, because it’ll pass too far in history. They will forgive us all of the earlier generations’ follies and the harm. But
スパイクタンパクとヘルペスウイルス: Communications Biologyに掲載された論文から｜荒川央 (あらかわ ひろし)
前回に続き帯状疱疹について話していきたいと思います。潜伏感染は持続感染の一種であり、臨床的に認められる症状を示さずに体内に病原体が存続している状態です。ヘルペスウイルスに一旦感染してしまうと、症状が治った後もウイルスは神経節に移動して潜伏感染します。この状態では新しいウイルスは作られず、また抗ウイルス薬なども無効です。宿主の免疫低下に伴って再活性化し、初感染した部位の近傍に病巣を発症します。 潜伏感染しているヘルペスウイルスの再活性化によって起こる病気の１つが帯状疱疹です。帯状疱疹は痛みをともなう皮膚湿疹であり、潜伏感染している水痘・帯状疱疹ウイルスの再活性化が原因です。 カポジ肉腫もヘルペスウイルスによって引き起こされる病気のひとつです。エイズ患者の末期に発症する事でも知られています。免疫力が極度に低下したヒトの血管内皮細胞にカポジ肉腫関連ヘルペスウイルス (ヒトヘルペスウイルス8) が
Early Career Researcher Toolbox: Free Online Molecular Biology Tools
Early Career Researcher Toolbox: Free Online Molecular Biology Tools By Beth Kenkel Primer design. Plasmid mapping. DNA sequence analysis. We all have our favorite tools for tackling these particular tasks, but they tend to be scattered about the internet. To help you keep your virtual molecular biology toolbox organized, today’s post features a list of free online molecular biology tools all in o
PLOS、“PLOS Computational Biology”にコード共有ポリシーを導入 | 科学技術情報プラットフォーム
PLOSは、3月31日、ジャーナル"PLOS Computational Biology"にコード共有ポリシーを導入したと発表した。 本ポリシーは、既存のデータシェアリングとソフトウェアのポリシーを補完するもので、3月30日以降に投稿されたすべての論文に適用される。 PLOSは、コード共有ポリシーについて、コミュニティーのニーズおよびオープンサイエンス実践を促進するイニシアチブをサポートするためだと説明。また、本ジャーナルの41％の論文ではすでに自発的にコードが共有されていたことなども紹介した。 ［ニュースソース］ Supporting community needs with an enhanced code policy on PLOS Computational Biology ― PLOS 2021/03/31 (accessed 2021-04-05) Code Availa
Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing - Genome Biology
Research Open Access Published: 20 January 2020 Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing Koki Tsuyuzaki ORCID: orcid.org/0000-0003-3797-21481,2, Hiroyuki Sato ORCID: orcid.org/0000-0003-1399-81403, Kenta Sato ORCID: orcid.org/0000-0002-6569-55741,4 & Itoshi Nikaido ORCID: orcid.org/0000-0002-7261-25701,5 Genome Biology volume 21, Article number: 9 (2020)
GitHub - prathyvsh/formal-systems-in-biology: Application of formal systems to model biological systems
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Learn biology through stories told by the world's top scientists. We present biology as detective work, focusing on the process of science. Authors: Jennifer Doudna, Ron Vale, Bonnie Bassler
Article: 同種造血細胞移植後のヒト細胞傷害性T細胞におけるレパートリーの多様性と遺伝子発現の特徴 Features of repertoire diversity and gene expression in human cytotoxic T cells following allogeneic hematopoietic cell transplantation doi: 10.1038/s42003-021-02709-7 同種幹細胞移植（allo-HCT）あるいは臓器移植の後のサイトメガロウイルスの再活性化は重要な問題である。今回、仲宗根秀樹たちは、allo-HCT後の免疫再構築についての我々の理解を深めるために、臨床的に移入されたT細胞のレパートリーの多様性と遺伝子発現における変化を調べた。
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