PythonでWard法によるクラスタリング

Pythonで、Ward法によるクラスタリング（デンドログラム作成まで）を実装してみた。 参考にしたのは、岡山大学が公開しているこの資料。 （岡山大学の先生ありがとう！） 今回こんな車輪の再発明をしたのは、距離表と呼ばれる行列データを行列のイメージで保存せず、 [(ベクトル1とベクトル2の距離, ベクトル番号1, ベクトル番号2), ...] という形式のリストにして、距離でソートしておき、そのソート結果を維持したままこのリストを分割、更新していくという方針で作ったらどうかと思ったからです。 196個の19次元の非スパースなデータのデンドログラム作成に2.5秒だからなかなかのパフォーマンスではないだろうか。 CもC++もNumpy系の数値計算ライブラリも使わないでこれだから、いいですねえ。 使い方 読み込むデータファイルをタブ区切りで用意する。 1カラム目はデータの識別用ID文字列、2カラ