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ApptainerでNextflowのコンテナを動かそうとして苦戦した話 | DevelopersIO
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ApptainerでNextflowのコンテナを動かそうとして苦戦した話 | DevelopersIO
Apptainerはイミュータブルなコンテナイメージ形式を採用しているため、SIFコンテナ作成後にイメージ内... Apptainerはイミュータブルなコンテナイメージ形式を採用しているため、SIFコンテナ作成後にイメージ内を変更することはできません。 こんにちは!コンサル部のinomaso(@inomasosan)です。 前回はApptainerというHPCに特化したコンテナプラットフォームをインストールして簡単な動作検証を実施しました。 せっかくなので、Nextflowというオープンソースで開発されている大規模なバイオインフォマティックス解析で使われているワークフローエンジンを、Apptainer上で動かそうとしたのですが、意外と苦戦してしまったのでブログにまとめていきます。 先にまとめ Apptainerはイミュータブルなコンテナイメージ形式のため、基本的にはビルド以外でイメージ内に追加のパッケージ等の導入不可 Definition Fileの%postセクションで新しいソフトウェアやライブラリを