PL/CUDAによるIn-database Analytics ～創薬におけるワークロードを例として～ - KaiGaiの俺メモ

やや場違い感が否めないが、今週、ＣＢＩ学会（計算情報化学生物学会）の2016年大会でポスター発表を行ってきた。 発表タイトルは『Efficient Similarity Search Using Multiple Reference Molecules on PG-Strom architecture』というもので、要は、創薬分野で新薬の候補となる化合物を類似度サーチする際に、PG-Stromを用いて高速かつIn-Databaseで行ってしまおうという試みである。 前提となる利用シーンは、例えば次のようなシチュエーションである。 ある疾患には特定のたんぱく質が作用する事が分かっており、また、世界各地で発表される研究論文の中には『このたんぱく質には〇〇〇という化学物質が活性を持っている』というような事が記載されている。こういった組合せは別に１：１という訳ではなく、別の研究論文には化合物△△△

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"PL/CUDAというのはPG-Stromが提供するPostgreSQLのProcedural Languageの一つで、SQL関数の定義部分にCUDAコードを直接記述する事ができる"