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ggplot2 を使って MA プロットを作成|Ash
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遺伝子発現の変動を表示する方法として、ボルケーノプロットを紹介しましたが、もう1つよく使われるプロ... 遺伝子発現の変動を表示する方法として、ボルケーノプロットを紹介しましたが、もう1つよく使われるプロットとして、MAプロットがあります。もともと、マイクロアレイのデータを表示するのに用いられていましたが、RNA-seq のデータにも用いられます。 MA プロットに用いるデータ遺伝子発現の変動をスコア化したデータは、logCPM, logFC, p-value などの値を含みます。このうち、MA プロットに用いるデータは、 logCPM と logFC です。(一方、ボルケーノプロットは、 logFC と p-value) > de_result <- read_tsv("./results/edgeR.DE_results") > de_result # A tibble: 27,882 × 5 GeneID logFC logCPM PValue FDR <chr> <dbl> <dbl>