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【GWAS】PLINKによる主成分分析(PCA)の結果をプロットする - Qiita
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【GWAS】PLINKによる主成分分析(PCA)の結果をプロットする - Qiita
本記事について 遺伝統計解析ソフトウェアPLINKを用いて主成分分析(Principal Component Analysis, PCA... 本記事について 遺伝統計解析ソフトウェアPLINKを用いて主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)を行なった結果を2次元平面上にプロットするスクリプトを書いた。 スクリプトの入力・出力ファイルと実行方法を紹介する。 スクリプトはこちら(GitHubへのリンク) 入力ファイルの準備 1. 主成分負荷量データの準備 ファイルフォーマット 1列目に家族ID, 2列目に個人ID, 3列目以降に主成分負荷量が入っているファイルを準備する。このようなフォーマットのファイルは、PLINKを用いて主成分分析を行うことで得られる。