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ブックレビュー
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RDF 3 RDF @JST 2018/11/1 Linked Open Data RDF <http://dbpedia.org/resource/Japan> <http://dbpedia.org/ontology/capital> <http://dbpedia.org/resource/Tokyo> . @prefix : <http://dbpedia.org/resource/> . @prefix dbpedia-owl: <http://dbpedia.org/ontology/> . :Japan dbpedia-owl:capital :Tokyo . @prefix : <http://dbpedia.org/resource/> . @prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> . @pref
第2回 RDF 講習会 2017/10/4-5 のトーゴーの日シンポジウムにあわせて、10/6 に第2回 RDF 講習会を開催します。 今回のテーマは〜RDFの作り方〜です 開催概要 内容および対象者 RDFデータの利用の仕方として、既存のRDFデータと、自分がもっているデータを統合的に解析したいことがあります。その場合、自分のデータをRDF化することで、容易に既存のRDFデータと統合した利用を行うことができます。しかしながら、世の中にRDFの解説や講義はありますが、意外とRDFの作り方については見かけないのではないでしょうか。そこで、今回は、RDFの作り方に焦点をあてた講習会を行います。データをRDF形式で表現する方法にはいろいろなやり方がありますが、今回はTogoDBおよびD2RQ Mapperを利用することで、プログラミングをすることなくRDF化する方法を講義します。また、統合する対
RDF 講習会 2016/10/5-6 のトーゴーの日シンポジウムにあわせて、10/7 に第1回 RDF 講習会を開催します。 開催概要 内容および対象者 RDFやその関連技術に関する基礎から、SPARQLによるクエリの書き方まで、特に、生命科学分野のRDFデータに焦点をあてて解説し、既存のRDFデータを活用する方法の習得を目指します。対象者は、RDFやSPARQLに関しては事前知識を必要としませんが、講習会の内容を理解する上で、分子生物学の基本的な知識がある方が望ましいです。 日時と会場 開催期間:2016年10月7日(金) 9:30 受付 10:00〜12:00 「Linked Open Data と RDF」「NBDC, DBCLS における RDF への取り組み」 13:30〜16:00 「SPARQL入門」 開催場所:東京都千代田区五番町7 K's 五番町 科学技術振興機構 (J
データベースのRDF化ガイドライン !注意! 2017-05-15 バージョン 1.10.0 GitHub へ移行。今後は、GitHub が最新版です。(skwsm) バージョン 1.5.0 as of "2015-12-07"^^xsd:date バージョン 1.4.0 as of "2015-08-11"^^xsd:date 本ガイドラインのバージョン番号は セマンティック・バージョニング を採用 (2015-08-10) メジャーバージョンは、これまで作成した RDF/Ontology の大幅な更新が必要な非互換な改定を行った場合にインクリメント マイナーバージョンは、新しく情報を追加した場合にインクリメント パッチバージョンは、文言の改善など意味的に変更がない場合にインクリメント 「てにをは」や typo の修正については Wiki なのでバージョン変更なしに書き換え 2015-1
概要 関係データベース(RDB)などの非RDFデータに対してSPARQLで問合せを可能とするミドルウェア。現バージョンは1.9。 導入するにあたりドキュメント、および動画のチュートリアルが用意されている。 Java7必須 (ただし、マッピングファイルの生成にProtegeを使う場合) オントロジーとRDBスキーマを対応させるマップを生成するためにProtegeおよびそのontopプラグインを使うが、テキストエディタでも生成可能 SPARQLによるアクセス手段としてsesameを使うことが可能 (jettyを想定したサーブレットアプリが提供されている[1]) R2RML形式でのマッピングファイルの入出力に対応している[2]が、Protege経由 マッピングファイルに基づいてRDFのダンプファイルを生成することも可能[3] クエリ処理能力についてベンチマークを実施済[4] RDBの他にもExc
※ 2022年10月よりTogothonと改称しました。 ※ 2023年3月よりTogothon Wikiの運用をGitHub Wikiに移行しました → https://github.com/dbcls/Togothon/wiki SPARQLthon (スパークルソンと呼んでいます) はもともと、2013 年度の統合化推進プログラム成果発表に向けて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、オントロジーの構築・RDF の生成の促進と SPARQL 検索技術の向上を目指して 2012 年 10 月から有志によってミニ・ハッカソンのようなカタチで始められました。以後、毎月1回の開催となりライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場となってきています。また 2014 年 4 月からは、1
開催概要 開催期間:12月18日(木) 10:00 〜 19日(金) 18:00 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405) + 生命情報研究棟西棟 DBCLS アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。 お昼について 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことを
ここでは、サイズの大きなRDFをVirtuosoにロードする作業手順を紹介します。 対象としたデータはPubChemの一部のRDFですが、他のデータでも作業の流れは一緒です。 Virtuosoのインストール VirtuosoのOpenSource7.1(stable版)を使用する。 ※以下手順ではgitからソースを取得するため、デフォルトでその時点での最新バージョンをインストールすることになります ダウンロード ソースコードをダウンロードする用のディレクトリを作成してgitで取得する。 $ mkdir -p /home/bio/src/virtuoso71 $ cd /home/bio/src/virtuoso71 $ git clone git://github.com/openlink/virtuoso-opensource.git $ cd virtuoso-opensource $
ロード前の設定/事前知識 設定ファイルの変更(ロードに関連する箇所) 設定ファイル(virtuosoインストールディレクトリ/var/lib/virtuoso/db/virtuoso.ini)を修正する。 ロードするRDFのディレクトリの追加 ロードコマンド(TTLP_MT, RDF_LOAD_RDFXML_MT, ld_dir_all)で指定するディレクトリを追記する。 尚、デフォルトの"."はDBディレクトリなので、"virtuosoインストールディレクトリ/var/lib/virtuoso/db"の下にRDFを置くならこの設定の追加は不要 [Parameters] DirsAllowed = ., /home/my_name/store/virtuoso/share/virtuoso/vad, /home/my_name/rdf //ロードするファイルのディレクトリを追記 メモリの設
国内版バイオハッカソン BH13.13 2014年1月27日から31日 (2013年13月27日〜31日)にかけて、沖縄県名護市の万国津梁館にて国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会として、第4回 国内版バイオハッカソン BH13.13 を開催いたします。 主催:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 協力:海洋研究開発機構 (JAMSTEC) / 国際海洋環境情報センター (GODAC) 開催概要 開催期間:2014年1月27日(月)〜31日(金) 開催場所:万国津梁館(会場)、AJ幸喜リゾートホテル(宿泊) 空港と会場、会場とホテルの間が離れていますので、送迎のシャトルバスや民間の高速バスをご利用ください。 開催趣旨 DBCLS では、ライフサイエンスのデータベース統合についての技術開発を支援・最新技術の情報共有・実務者間での交流を促進する
お知らせ [2018年4月27日] だいぶ結果が溜まってきたことと、すでに開発が終わっているものがあるので、以後はSPARQLthon/SPARQL11testに調査結果を記述します。 Learning SPARQL 2nd Ed. のサンプルSPARQLクエリを全て処理させてパーズ可能であるかをテストする。 様々な実装に対して行うことで、実装間の比較が行える。 W3Cのテスト用リソース一式 (2013年8月時点でSPARQL1.1Recommendationに準拠か不明。) クエリの問題への対処 まずはApache Jenaについて試してみたところ、幾つかのクエリについてはPREFIX指定が抜けているものがあるなど幾つかの問題が判明したので、これを修正した。 PREFIX欠落 ex025.rq ex048.rq ex049.rq ex114.rq ex269.rq ex528.rq その
汎用 d3.js Data-Driven Documents サイト:http://mbostock.github.com/d3/ 技術:JavaScript, SVG bio-js サイト:http://code.google.com/p/bio-js/ 技術:JavaScript, prototype.js Spark サイト:http://km.aifb.kit.edu/sites/spark/ 技術:JavaScript, SPARQL ゲノム座標情報 Dalliance Genome Explorer サイト:http://www.biodalliance.org/ デモ:http://www.biodalliance.org/human/ncbi36/ -- NCBI36 技術:JavaScript, SVG, DAS jBrowse サイト:http://gmod.org/w
Galaxyツールを作る Galaxyにツールを組み込むには大きく分けて以下の二通り方法がある。 UNIXコマンドやスクリプトをGalaxyツールとして組み込む方法 外部のサイトをGalaxyの内部にツールとして組み込む方法 コマンドを利用したGalaxyツールの作り方 Galaxy ツールを作る/コマンドを利用したGalaxyツール を参照 外部サイトと連携を行うGalaxyツールの作り方 Galaxy_ツールを作る/外部サイト連携Galaxyツール を参照 GalaxyツールTips ひとつのツールから複数データセットを出力 ツールの設定ファイル内のoutputs要素へ複数のdata要素を定義することで、ひとつのツールから複数のデータセットを出力させることができる。また、ワークフロー上ではそれぞれの出力を次のツールの入力へと接続することができる。 設定ファイルのサンプル(multi_o
RSRuby Tigerでは、 $ export LD_LIBRARY_PATH=:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib $ ruby187/bin/gem install rsruby-0.5.1.1.gem -- --with-R-dir=$R_HOME Building native extensions. This could take a while... Successfully installed rsruby-0.5.1.1 1 gem installed Installing ri documentation for rsruby-0.5.1.1... Installing RDoc documentation for rsruby-0.5.1.1... $ R --version R version 2.8.0 (2
DBCLS 一部サービス停止のお知らせ (2020年2月14日(金) 17:00 - 2020年2月17日(月) 18:00) DBCLS 一部機器のネットワーク工事のため、 2020年 2月14日(金) 17:00 ~ 2020年 2月17日(月) 18:00 (予定) の間、一部サービスがご利用いただけません。ご不便をおかけしますが、 ご理解の程どうぞよろしくお願いいたします。 DBCLS server maintenance, 14 Feb 2020 Due to the system maintenance, our servicess will be temporarily unavailable. We are sorry for the inconvenience. Maintenance schedule: 14 Feb 2020 17:00 - 17 Feb 2020 1
統合データベース技術情報交換ワークショップ 10月18日から22日に伊豆修善寺にて、国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会を開催いたします。 ここ数年にわたって、ライフサイエンス統合データベースプロジェクトで蓄積してきた技術的なノウハウと国内のデータベース利用者のノウハウの交換を促し、今後に向けて国内のライフサイエンスデータベース技術のバージョンアップを目的としています。 主催:ライフサイエンス統合データベースセンター 共催:国立遺伝学研究所 DDBJ 開催趣意書 本年度は、内閣府の主導で平成18年度より始まった文部科学省ライフサイエンス統合データベースプロジェクトの最終年度にあたります。 ライフサイエンス統合データベースプロジェクトは、生命科学分野のデータベースを効率よく利用できるような環境を整備し、利用者にとっての利便性を高めることを目指して、様々な課題に取
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