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igraphパッケージの使い方 1. グラフオブジェクトの作成と取り扱い - もうカツ丼はいいよな
近頃Rのigraphパッケージで遊んでるんだけど割と面白いので使い方を忘れないうちにメモっておく． グラフはプロットした方が理解しやすいんだけどとりあえず今回はグラフオブジェクトの作成と要素へのアクセスとかその辺．プロットは次回． グラフって何ぞとか用語の意味とかはグラフ理論 - Wikipedia． グラフオブジェクトの作成 基本 エッジをベクトルにまとめてgraph()関数に与えることでグラフオブジェクトが作成される．デフォルトで有向グラフ．有向，無向の制御は引数directedにTRUEかFALSEを与えることで可能．ループや多重エッジも含める事ができる． > ## エッジの一覧をgraph()関数に与える > edge <- c(0,1, 0,2, 0,3, 1,2, 2,2, 1,3, 1,3) > g <- graph(edge, directed=FALSE) > g Ver
Ｒのグラフィックス
もどる 複雑系ネットワーク クラスター係数の計算 無向グラフにおけるあるノードのクラスター係数とは、そのノードと（直接）リンクの張られているノード間にリンクが張られている割合のこと。例、ノードAはノードB,C,Dとリンクで結ばれており、B,C,Dの間ではB,C間だけリンクが張られているとすると、ノードAのクラスター係数は3分の1（B,D間とC,D間のリンクが張られていないため、B,C,D間の可能なリンク3本のうち、1本しかリンクがない）。 リンクリスト（片方向リンク）bbとノード数mを与えて、すべてのノードのクラスター係数を計算する。 clust = function(bb, m) { cl = rep(0,m); for(k in 1:m) { ed = sort(c(bb[which(bb[,1]==k),2], bb[which(bb[,2]==k),1])) # kを端点とするリ
igraphパッケージの使い方 2.グラフオブジェクトのプロット - もうカツ丼はいいよな
プロット igraphパッケージにはグラフオブジェクト(igraphクラス)をプロットするためのplot.igraph()関数が用意されている．勿論，使う場合はplot()関数にグラフオブジェクトを渡すだけでいい． > ## plot.igraph()が用意されている > g <- graph.tree(15) > plot.igraph(g) > ## plot()にigraphクラスのオブジェクトを渡せば呼び出される > plot(g) デフォルトではノードの配置は毎回変わる(後述)． レイアウト デフォルトではプロットの際にノードはランダムに配置される．ノードの配置はplot()のlayout引数にノードの座標を与えることで操作できるが，この座標をアルゴリズムによって決定し出力する関数がいくつか用意されている．これらの関数はlayout.から始まる名前を持っている． > ## lay
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[R] Ceiling to the nearest ten?
R言語で統計解析入門： 散布図によるデータの視覚化 梶山 喜一郎
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