Enformerの紹介 - Qiita
#はじめに DeepLearningを使ったバイオインフォマティクス分野のキラーアプリというとAlphaFold2が一世を風靡していますが、AlphaFold2を作ったDeepMind社が同じく作成したEnformerというアプリ、当然ながらDeepLearningを使っているわけですが、AlphaFold2に比べるとほどんどガン無視な状態です。この記事ではそんな可哀そうなEnformerについて解説したいと思います。 #Enformerって何？ 一言でいうと「BERTの入力にゲノムの塩基配列を使ったもの」ということになります(以下では基本的にBERTの内容は理解できているという前提で書いていますのでBERTのアーキテクチャーが解ってないという人はまずはBERTを勉強してから読んで下さい)。実のところただこれだけだったら先行研究もありDNABERTなどもそれにあたります。じゃあ、Enfor
人工知能研究の新潮流2 ～基盤モデル・生成AIのインパクト～｜戦略提案・報告書｜研究開発戦略センター（CRDS）
エグゼクティブサマリー 本報告書は、人工知能（AI）技術の研究開発における「第4世代AI」と「信頼されるAI」という二つの潮流を踏まえ、AI技術の社会的価値を高め、日本の国際競争力を強化するための研究開発の戦略提言と、それらに関連の深い研究開発領域の動向をまとめたものである。同様の位置付けの報告書「人工知能研究の新潮流～日本の勝ち筋～」を2年前（2021年6月）に公開したが、その後、基盤モデル・生成AIがブレークし、社会に大きなインパクトを与え、研究開発戦略・政策の検討も活発に行われている。そこで、今回、2年前の報告書をアップデートし、「人工知能研究の新潮流２～基盤モデル・生成AIのインパクト～」と題して公開することにした。本報告書は2部構成をとり、第1部では基盤モデル・生成AIのインパクトを踏まえた研究開発の二つの潮流と戦略提言の内容、第2部ではそれらと関連の深い研究開発領域の動向や国際
LK-99は本当に常温常圧超伝導を達成しているのか - 理系のための備忘録
先月末、「常温常圧で超伝導を示す物質が作成できた」というニュースが飛び込んできた。合成の成功を主張しているのは韓国の高麗大学の研究チームである。超伝導転移温度は歴代最高温度を大幅に塗り替える127℃と報告されており、これが常圧（大気圧）下で超伝導性を発現するとのことである。現在様々な追試が世界中で進められており、ネット世界をリアルタイムで大いに騒がせている。 本稿では、現時点におけるこの周辺の状況について情報を整理したい。 プロローグ：Lu-HN系の超伝導性？ 時はやや遡り、今年の3月。アメリカ合衆国ロチェスター大学の教授であるランガ･P･ディアス（Ranga P. Dias）の研究グループは、294 K（≈ 20.85℃）、1万気圧（≈ 1 GPa; 1ギガパスカル）の条件で含窒素ルテチウムハライド結晶（Lu-HN系）が超伝導性を示すと主張する成果をNature誌において報告した[1]。
ビッグモーター店舗前ストリートビューに除草剤が写り込む。「いまも使ってる？」質問に店側の回答は…（篠原修司） - エキスパート - Yahoo!ニュース
「街路樹を除草剤で枯らした」疑惑に対して、「（除草剤での雑草取りは）10年ぐらい前の話で、いまはそういった指導はしていない」と回答したビッグモーターですが、今年6月に撮影されたビッグモーター郡山店のストリートビューに除草剤が写り込んでいたことが見つかり、騒ぎとなっています。 新社長「雑草に撒いた除草剤が影響を与えてしまったというのはある」 この問題は7月23日から24日にかけてSNSを中心に「ビッグモーター店舗前の街路樹だけ不自然に枯れている」と話題になり、「ビッグモーター側が故意に除草剤を撒いているのではないか？」と騒がれていたものです。 ビッグモーターは7月25日に開いた記者会見で、この件に対して「かれこれ10年ぐらい前の話だと思うんですけども、いま現時点ではそういった指導はしておりませんし、そういった常識もあわせ持っているつもりではあります」と和泉新社長が回答していました。 つまり、
ビッグモーター社問題の着地｜山本一郎（やまもといちろう）
概要については、私の有料メルマガ『人間迷路』のほうにも書きましたが、今日になって、かなりハイアングルな事件ネタに進展しそうだということで、どう処理すんのという話を簡単にしたいと思います。 まず、今回国土交通省がようやく聞き取りに新社長が応じるビッグモーター社の返答次第で、いろいろ取り消しになります。で、まだ方針が決まっていないのは「ビッグモーター社がアカンので会社をアカンとする」のか、「これに不正な整備等に関わった資格を持つ個人個人が違反を行ったのだから、過去にさかのぼって、これらの人たちを個別に特定して資格停止などの処分をする」のかで、でかい分かれ道があります。 ここで参考になるのは俺たちの和泉洋人大先生が活躍された、2005年に発覚した耐震偽装事件です。一級建築士の構造計算書偽装の問題で、業界横断で起きていた慣行にメスが入った問題でしたが、この際の処理ではあくまで耐震偽装に直接かかわっ
【記者発表】タンパク質が「形」を保つ力の超並列測定法 ――タンパク質科学のAI開発にも貢献――
○発表のポイント： ◆タンパク質の構造的な安定性を超並列に測定する方法を開発した。 ◆従来は一度に1種類のタンパク質についての構造安定性しか測定できなかったが、90万種類程度をまとめて測定することに成功した。 ◆疾患の原因となるアミノ酸変異の特定やタンパク質医薬の効率的な合成を補助するAI開発への貢献が期待される。 タンパク質構造安定性に重要な部位を示した「解剖図」 ○発表概要： 東京大学 生産技術研究所 坪山 幸太郎 講師 (研究当時、ノースウェスタン大学、ポスドク)と、ノースウェスタン大学 ガブリエル ロックリン 助教らによる研究グループは、タンパク質の構造安定性を効率よく測定する方法の樹立に成功しました。 タンパク質の構造安定性とは、タンパク質が特定の機能的な構造をどれだけ保ちやすいかを示す指標で、機能を示すタンパク質分子の割合を規定するため、非常に重要な性質の1つです。今までは、一
AI開発の新たなパラダイム「基盤モデル」とは
さて、視覚・言語を扱う基盤モデルとしては、2021年の CLIP がブレイクスルーでした。CLIPはテキストと画像を同じ特徴空間に写像する2つのエンコーダからなります。CLIPを使うと、次のようにして任意の画像分類問題を追加の学習なしで解くことができます。まず、各候補クラスを文章の形式（例：「犬の写真」）にした後、テキストエンコーダに入力します。次に、分類したい画像を画像エンコーダに入力します。最後に、画像から得られたベクトルと候補クラスたちから得られた複数のベクトルとのコサイン類似度を計算し、最も類似度が高いクラスを出力結果とします。 CLIPによるゼロショット画像分類の方法。OpenAI Blogより引用 CLIPは画像とテキストというモードの異なる情報を意味的な近さによって結びつけることを可能にしました。CLIPを教師のようにして使うことで、テキストから画像を生成するモデルを訓練する
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人工知能でタンパク質をデザイン 齋藤 裕
The human genome’s vocabulary as proposed by the DNA language model GROVER
人工知能研究の新潮流２ ～基盤モデル・生成 AI のインパクト～
書道展で達筆すぎる『アイドル』があって誰もが目を奪われてく→とんでもない経歴の持ち主だった「アイドルの意味変わる」
Towards Generalist Biomedical AI00514-2)
https://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(23)00514-2
戦国武将列伝3 関東編【下】 戎光祥出版｜東京都千代田区から全国へ本をお届け
Autoencoder-transformed transcriptome improves genotype-phenotype association studies
https://www.cs.cmu.edu/~jianma/talks/LLM-CGSI-slides-public.pdf00675-X)
Functional viromic screens uncover regulatory RNA elements
https://www.science.org/content/blog-post/protein-design-ai-way
Mega-scale experimental analysis of protein folding stability in biology and design - Nature
AI tools are designing entirely new proteins that could transform medicine