当山は臨済宗南禅寺派に属し吉祥山正伝護国禅寺という。創立者は東巌慧安禅師である。 文応元年(1260)に中国の栄より来朝した、兀菴普寧禅師に師事すること多年、遂にその蘊奥を極められたという。 文永十年(1273)に聖護院の静成法印が東巌禅師に帰依し、亀山天皇の勅許を蒙り京都烏丸今出川付近に祭殿一宇を建立したのに始まる。 後、弘安五年(1282)賀茂の祠官森経久が西賀茂の地に荘園を寄附され、現在の地に再建したのである。 元亨三年(1323)後醍醐天皇より勅願寺の綸旨を賜り、堂塔伽藍は完備し洛北の名刹として偉観を誇った。 しかるに応仁の兵火にあい堂宇は悉く烏有に帰し、一山の衆徒は四方に離散し再び荒廃する有様となった。 その後豊臣秀吉が天下を統一すると、天正十三年(1585)寺領及山林の朱印状を附し再興をはからんとしたが果さず、徳川家康に至って寺領及境内地の朱印状が与えられ再興されることになった