計算加速
高速に計算するための様々な方法の研究 ハードウエア、ソフトウエアによる様々なアプローチで、数値計算・シミュレーションを加速する研究について 会津大学 コンピュータ理工学部 准教授 中里直人 Naohito NAKASATO, Assistant Professor, School of Computer Science and Engineering, University of Aizu CV.pdf nakasato@u-aizu.ac.jp 適応精度メニーコアコンパイラ Compiler_For_High_Performance_Computing_With_Many_Core_Accelerators XXXについて LLVMメモ GRAPE-DR GRAPE-DR model 450 : 使用方法まとめ Programming RV770/Cypress GPU How t
Blog: 並列化されたTreeコードのサーベイ – 計算加速
ツリーのデータ構造として、Barnes&Hut(1986)のFortranでの実装では、八分木をポインタ(のようなもの)で表現していた。この素直な実装は、ある節(以下cell/セル)の粒子が少ない場合には、効率が悪い。そこで、fully threaded treeという方法では、八分木の代わりに2つのポインタでツリーを表現できる。というのは、この論文とは関係ない背景知識で、この論文ではhashを使って直接ツリー構造を保持するという手法を提案している。ハッシュに使うキーはMortonキーと呼ばれる、三次元の粒子座標を一次元の値にマップしたものである。Mortonキーは、3 bitごとに区切られていて、八分木のある階層のどの三次元象限にいるかに対応しており、このキーが計算できると、簡単にツリー上の上の階層や下の階層のキーを計算できる。粒子の分布を一次元であらわすことができるのなら、これほどよい
CRAY X-MP
CRAYのアセンブリ言語(CAL)について CRAYのアセンブリ言語(CAL)は基本的に、 左に操作(演算)結果が入る先を記述する。 一般のマイクロ・プロセッサのアセンブリ言語では、左に命令(オペレーション)を 記述するので、違和感があるだろう。 結果格納先には、レジスタだけではなく、,A0,1 のように、 メモリへのストアも、記述される。 演算(オペレーション)は、右の2つのオペランドの間に、 + (加算) - (加算) > (シフト) などを記述する。 また、第2オペランドの頭に、「f」を付加して、浮動小数点演算を示す。 例えば、 「 v3 v1+fv2 」 は、v1とv2を浮動小数点ベクトル加算して、 結果をv3に格納するこ とを示す。 なお、ジャンプ命令や、特殊な制御命令は、操作(オペレーション)などが 左に書かれる。 Cray X-MP/24の素晴らしい参考書 The Cray
プログラミング - [物理のかぎしっぽ]
各種プログラミング言語についての情報です．LinuxやCygwinなどのコマンドライン環境を前提としているものが多いです．プログラミングの全体的な解説というよりも，なにかプログラムを組む際にプラスαになるものを目指しています．
偏微分方程式の数値解法 - Wolfram Mathematica 8 Documentation
線の方法による数値解法とは，偏微分方程式を解くための方法である．まず，1つの次元以外のすべての次元で離散化し，その準離散的な問題を常微分方程式(ODE)あるいは微分代数方程式(DAE)系として積分するものである．このメソッドの大きな利点は，ODEとDAEを数値的に積分するために開発された高度な汎用メソッドとソフトウェアが利用できる点である．線の方法が適用できるPDEでは，このメソッドが非常に有効であることが多い． ODEとDAEの積分法には，初期値（コーシー(Cauchy)）問題のソルバが使われるので，PDEの問題は少なくとも一次元の初期値問題として整っているものでなければならない．このため，ラプラス(Laplace)方程式のような純粋な楕円方程式は除外されるが，効率的に解くことのできる大部分の発展方程式は残される．
SAMRAI | Computing
SAMRAI: Structured Adaptive Mesh Refinement Application Infrastructure Exploring application, numerical, parallel computing, and software issues associated with structured adaptive mesh refinement The Center for Applied Scientific Computing (CASC) at Lawrence Livermore National Laboratory is developing algorithms and software technology to enable the application of structured adaptive mesh refinem
The Barnes-Hut Algorithm
The crucial idea in speeding up the brute force n-body algorithm is to group nearby bodies and approximate them as a single body. If the group is sufficiently far away, we can approximate its gravitational effects by using its center of mass. The center of mass of a group of bodies is the average position of a body in that group, weighted by mass. Formally, if two bodies have positions (x1, y1) an
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Parallel Programming Laboratory
https://www.mcs.anl.gov/petsc/index.html
Adaptive Blocks: A High Performance Data Structure
Gerris Flow Solver Programming Course for Dummies - Gerris
http://www.dcc.fc.up.pt/~fds/aulas/PPD/0708/lect10-loadbalance-1x2.pdf
Bibliography - Gerris
Donna Calhoun
http://www-personal.umich.edu/~jpboyd/BOOK_Spectral2000.html
Enzo
Good night, Posterous
Chapel: Presentations
Adaptive Mesh Refinement for Poisson's Equation
CCSE AMR