インターネットで実名でレスバしてたらISPの社長から脅迫された話。そして17年後… - rna fragments
「インターネット老人会 Advent Calendar 2023」3日目の記事です。 「インターネット老人会」ということで、今日は日本の商用インターネット接続サービスが始まった前後の頃の話をしたいと思います。 今日は fj の話をしようと思うがその前に… インターネットで必要なことはすべて NetNews で学んだ fj というバトルフィールド fj で議論した相手から脅迫される そして17年後… 因縁の再戦 最後に 今日は fj の話をしようと思うがその前に… インターネットと言えば今は Web *1 のことですが、Web が普及する以前、1990年代初頭から世界規模のネットコミュニティが既にあったことをご存知でしょうか。その名を NetNews といいます。 NetNews は一言で言うなら公開メーリングリストのようなものです。あるいは分散型掲示板とも言えるでしょうか。メッセージの形式
自己複製する最小のRNAを発見
原初のRNAから進化の過程を紐解いていく 生命の起源に迫る成果 発表のポイント RNAが最初の生命システムであるという仮説において、単純で短いRNAから生命の大きな特徴でもある自己複製ができるRNAがどのように生まれたかは謎とされてきました。 本研究では、わずか20塩基の短いランダム配列のRNA集団から特定のRNA配列と構造が自発的に出現すること、またそれらのRNAを基に、特定の20塩基のRNAが自己複製することを世界で初めて実証しました。 自己複製という生命に普遍的な現象が、原始の地球に供給された単純な生体分子でも容易に起きた可能性を示しており、生命の起源の解明につながることが期待されます。 概要 早稲田大学理工学術院専任講師の水内 良 (みずうち りょう) と東京大学大学院総合文化研究科教授の市橋 伯一 (いちはし のりかず) らの研究グループは、原始地球にも存在しえた短いランダム配列
米国南カリフォルニア沿岸に生息するカリフォルニア・ツースポットタコは、環境が変化すると短時間で多くの神経系のRNAを編集することが最新の研究で明らかになった。（PHOTOGRAPH BY TOM KLEINDINST/MARINE BIOLOGICAL LABORATORY） タコをはじめとする頭足類は、脊椎動物以外では最も知能が高い動物の1つで、パズルを解くなどの複雑な作業をすることができる。しかし、頭足類の脳は私たち人間の脳とは大きく異なり、複雑な神経系が全身に張り巡らされている。その驚くべきしくみの科学的解明は、まだ始まったばかりだ。（参考記事：「きっと驚く タコの不思議」） 例えばイカやタコなどの頭足類は、遺伝情報の伝達やタンパク質の合成といった重要な機能を担うRNA分子を編集する能力が非常に高い。6月8日付けで学術誌「セル」に発表された論文で、米国南カリフォルニア沿岸に生息するタ
by Robin Gwen Agarwal (ANudibranchMom on iNaturalist) 変温動物であるタコは体温調節の機能を体内に備えていません。そのためタコの脳は、水温の変化に対して常に危険にさらされています。しかし非常に高い知能を持つタコは水温の変化に応じて、神経細胞のRNAをその場で書き換える機能を備えています。その結果タコは水温の高低に対応しているという研究結果が、シカゴ大学海洋生物学研究所のジョシュア・ローゼンタール氏らの研究チームによって示されました。 Temperature-dependent RNA editing in octopus extensively recodes the neural proteome: Cell https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.05.004 Octopuses Can Rewire
絶滅種からRNA抽出 世界で初めて成功
フクロオオカミ（別名：タスマニアタイガー）の標本を見るダニエラ・カルソフ氏（哺乳類担当）。ストックホルムにあるスウェーデンの自然史博物館で（2023年9月26日撮影）。(c)Jonathan NACKSTRAND / AFP 【9月27日 AFP】スウェーデンのストックホルム大学（Stockholm University）の研究者がこのほど、絶滅したフクロオオカミ（別名：タスマニアタイガー）の試料から初めてRNAの抽出に成功したと明らかにした。 研究を共同で率いたストックホルム大学のロべ・ダレン（Love Dalen）教授（進化ゲノム学）によると、絶滅種からのRNAの抽出および配列の解析はこれまで成功していなかった。 同教授は「絶滅種からのRNA抽出の成功は、将来的に絶滅種の復活を可能にさせるための小さな一歩となる」と語った。 研究チームは、スウェーデンの自然史博物館（Museum of
【読売新聞】 新しい系統に属する可能性が高いＲＮＡウイルスを発見したと、筑波大などの研究チームが発表した。見つけたのは九州地方の高温酸性の温泉で、チームはウイルスを「ＨｓＲＶ（温泉ＲＮＡウイルス）」と名付けた。論文が、科学誌「ネイチ
RNA-seqデータ解析では、健常者と疾患患者、コントロールと薬剤刺激など、様々な発現変動遺伝子（DEG）を取得するかと思います。しかし、多変量となる遺伝子から手作業でDEGを抽出するのは大変です。 ここでは、DEGの抽出方法としてDEseq2ライブラリを用いて行う方法を解説します。 これによりRNA−seqデータから簡単にDEGが抽出できるようになります。ぜひ挑戦してみましょう。
ローカル上でRNA-seq解析環境の整え方がわからない方はいませんか？また自分のPCが推奨環境のものではなく、環境依存のエラーに困っている方はいませんか？ そのような方に向けてブラウザ上でRNA-seq解析データの定量ができるRaNA-seqをご紹介いたします。 RaNA-seqを使える様になると自分のPC上でRNA-seq環境を整える必要がなく環境依存エラーの解決をしなくても良くなります。是非やってみましょう！ RaNA-seqとは？ RaNA-Seqは、RNA-Seqデータを迅速に解析するためのオープンなバイオインフォマティクスツールです。FASTQファイルの定量、品質管理メトリクスの計算、差次的発現解析の実行、機能解析による結果の解釈を可能にする完全な解析を数分で実行します。手持ちのFastqファイルをRNA-seq解析の複雑な環境構築なしでブラウザ上で実行できることで定評があります
Cytoscapeの魅力の一つは、その豊富なプラグイン（アプリとも呼ばれる）です。これらのプラグインは、ユーザーが特定の分析やビジュアライゼーションのニーズに合わせてCytoscapeの機能を拡張することを可能にします。 Cytoscapeのプラグインリストは、Cytoscape App Store（http://apps.cytoscape.org/）で確認でき、Cytoscape開発チームによって知られているすべての公開プラグインがリストアップされています。 今回は遺伝子発現データの可視化、ネットワーク解析、および生物学的経路の探索を助ける代表的なプラグインを解説したいと思います。 Cytoscapeをインストールする まずはCytoscapeをインストールしていきましょう。以下のサイトにアクセスしてダウンロードしてください。 https://cytoscape.org/ ダウンロード
【バイオインフォマティクス】CellBenderでSingle Cell RNA-seqデータのノイズ除去を行う【scRNA-seq】 - LabCode
scRNA-seqデータはクオリティコントロール(QC)をすると聞いたことがあるかもしれませんが詳しく理解ができていない人もいるのではないでしょうか。 ここではSingle Cell RNA-seqサンプルをCellBenderを使ってノイズを除去する方法を学びます。 これまで漠然としていたscRNA-seqのクオリティコントロールについてわかるようになります。ぜひ挑戦してみましょう。 CellBenderとは？ CellBenderには解説ページが用意されているので、今回はこちらをもとに解説していきます。 CellBenderとは、scRNA-seqデータにしばしば存在する実験的なノイズやアーチファクト（背景ノイズ、ドロップアウト、空のドロプレットなど）を処理するためのソフトウェアです。 空のドロプレットの識別：ドロップシーケンシングでは、細胞がキャプチャされなかったドロプレットでもRN
すべての生物に共通である「死」。 つまり、生物の進化の最初から「死」はインプットされていたことになる。 ベストセラー『生物はなぜ死ぬのか』の著者である小林武彦氏が「死の起源」を探る！ （本記事は小林武彦『なぜヒトだけが老いるのか』から抜粋・編集したものです。） 「よどみ」に生まれた生命のタネ「RNA」 一番最初の生物を作った進化とは、いったいいかなるものだったのでしょうか。これは、コンピュータにたとえると「プログラム」のようなものです。プログラムは、簡単に言うと規則です。たとえば「AとBを足して平均をCとする、それを繰り返す」みたいなものです。 進化のプログラムの最初は、単純な「物質」からのスタートです。地球上の生命は38億年前に熱水が噴き出し、温度が高く化学物質が常に供給されるような比較的小さな「よどみ」で起こったと考えられています。このような場所は化学反応が起こりやすいのです。生き物は
未知の微生物が発見されたかもしれない研究をみて2014年に同じテーマで「みなしごRNA」と題して応募したが「存在しなかったらどうする？」と落とされた話
GIGAZINE(ギガジン) @gigazine 科学者が「正気の沙汰じゃない」と口走る新発見、人体から発見されたウイルスでもバクテリアでもない謎の生物的存在「オベリスク」とは？ gigazine.net/news/20240207-… 2024-02-07 06:00:20 リンク GIGAZINE 科学者が「正気の沙汰じゃない」と口走る新発見、人体から発見されたウイルスでもバクテリアでもない謎の生物的存在「オベリスク」とは？ 腸内細菌などのバクテリアとは違って、ウイルスは独自に増殖することができず代謝もしないことから、長年にわたり生物か非生物か議論の的になっています。そんなウイルスよりもさらに小さく単純ながら、これまで発見されているものとは明らかに異なることから、新しく「オベリスク」との名称が与えられた存在の発見についての論文が発表され、科学界から大きな注目を集めています。 230 u
史上初、絶滅種のRNA抽出に成功！ - ナゾロジー
絶滅したタスマニアタイガーの復活は近いかもしれません。 スウェーデン・ストックホルム大学（Stockholm University）はこのほど、約130年前のタスマニアタイガーの標本からRNAを抽出し、配列の解読に成功したと発表しました。 RNAは、設計図であるDNA情報をもとに身体の組織を作る上で欠かせない存在です。 また絶滅動物からRNAが抽出されたのは史上初めての成果となります。 研究の詳細は、2023年9月19日付で科学雑誌『Genome Research』に掲載されました。 RNA for the first time recovered from an extinct species https://www.su.se/english/news/rna-for-the-first-time-recovered-from-an-extinct-species-1.675743 R
１３０年前のタスマニアンタイガーの標本から組織サンプルが採取されＲＮＡの解読に成功した/Emilio Mármol Sánchez （ＣＮＮ） スウェーデンの研究チームが、絶滅したタスマニアンタイガーの標本からＲＮＡを抽出し、解読することに初めて成功したとして、１９日の科学誌ゲノム・リサーチに論文を発表した。 ＲＮＡはストックホルムのスウェーデン自然史博物館が収蔵している１３０年前のタスマニアンタイガーの標本から採取された。研究チームはタスマニアンタイガーの遺伝子機能解明に役立つとして期待を寄せる。 「ＲＮＡは、細胞や組織を調べてタスマニアンタイガーが死ぬ直前に保全されていた真の生態を発見できるチャンスを与えてくれる」と研究者は解説する。 タスマニアンタイガーは有袋類の肉食動物で、オーストラリアのタスマニア島を除いて２０００年ほど前に世界から姿を消した。タスマニア島でも欧州からの入植者によ
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水温低下で脳のRNAを編集するタコ、「寒さ対策」か、驚きの発見
タコは自分のRNAを書き換えることで水温の変化に適応しているという研究結果
「温泉ＲＮＡウイルス」雲仙や霧島で見つかる…７０度以上で存在し「段違いに新しい発見」
【R】DEseq2を用いた RNA-seq解析データの発現変動遺伝子抽出【RNA-seq】 - LabCode
【RNA-seq】RaNA-seqを用いたRNA-seq発現量の定量【バイオインフォマティクス】 - LabCode
【RNA-seq】Cytoscapeの使い方【ネットワーク解析】 - LabCode
「死の誕生」が生物の起源？……自己増殖マシーン「RNA」が「壊れる」ことで全てが始まった！（小林 武彦）
【やじうまPC Watch】 生命起源の鍵？自己複製できる最小のRNAを早稲田大/東大が発見
絶滅種のＲＮＡ抽出に初成功、タスマニアンタイガー復活の取り組みに期待