ネットワーク可視化プラットフォームCytoscapeの現状まとめ - Qiita
Cytoscapeとは？ Cytoscapeとは、欧米の研究機関によって開発されているオープンソースのネットワーク可視化ソフトウェアプラットフォームです。ネットワーク（数学の用語ではグラフ）可視化ソフトウェアとは、要するにデータを分析して、最終的には以下の様な描画を行うものです。 元となる情報は基本的に何でも良いので、以下の様な分野で利用されています: 遺伝子ネットワーク分析（主な開発目的です） ソーシャルネットワーク分析（日本語でも幾つか著作のあるJames Fowler教授にも協力していただいています） コンピュータ・ネットワークの可視化とセキュリティ分析 オントロジー等、グラフ構造を持つデータの可視化 このソフトウェアはもう10年以上も開発が続いています。私もカリフォルニア大学のチームの一員として、かなり初期から開発に加わっておりますが、私の努力不足もあり、日本語のドキュメントはとて
D3.jsをつかってData-Drivenにリッチなグラフやチャートを作成しよう - Tech-Sketch
Webやスマートデバイス、センサーなどあらゆるものから情報を収集出来るようになり、世の中には膨大なデータが溢れかえっています。 また、ビッグデータやデータサイエンティストといったキーワードに注目が集まり、データ活用への期待が高まっています。しかし、単純に収集したデータはそのままでは見づらく、そこから意味を汲み取るのは困難です。 そこで、データの見せ方や伝え方が重要になってきます。 インフォグラフィックスやデータビジュアライゼーションといったキーワードにも注目が集まりつつありますね。 本記事ではD3.jsというJavaScriptのライブラリを利用し、このブログ(Teck-Sketch)のはてなブックマーク数や、世界の国別の人口の比較を視覚的に分かりやすく表現していきたいと思います。 インフォグラフィックス？データビジュアライゼーション？ キーワードとしてインフォグラフィックスとデータビ
アソシエーション分析＋グラフ構造可視化 ({arules} + {arulesViz}) で教師あり学習の変数重要度を可視化する - 渋谷駅前で働くデータサイエンティストのブログ
グローバルTokyoRで何話そうかなー、と思っていたんですがそう言えば主賓がvisualizationの人なんだったっけなぁということで、可視化の話にでもしようかなと。ということで、僕の大好きなネタでもやろうかと思います。 それは、「とにかく{arules} + {arulsViz}で可視化してしまえ」戦略。基本的に世の中のデータマイニングにせよ分類問題にせよ、実は様々な説明変数の共起（？）関係で表せることが多く*1、そういう時は何だかんだでassociation rulesを使うのが一番手っ取り早いんですよね。僕自身の勉強不足を補う目的からも（汗）、ちょっと書いてみようと思います。 アイテム間の条件付き確率たくさん→ベイジアンネットワークもどき→有向非循環グラフ 基本的に、association rulesはアイテム間の共起確率をある状態に対する条件付き確率として出すものです*2。そして
Wonder Graph Generator
Wonder Graph Generator Value Label Value Label Value Label Value Label Value Label なんらかのバイアス 時空のゆがみ
震災ビッグデータの可視化コンテンツ
Google・Twitterにより2012年に開催された「Project 311 - 東日本大震災ビッグデータワークショップ」の成果物2点を公開しています。上の映像は、最終報告会における渡邉英徳のプレゼンテーションのようすです。 Project Hayano - 放射性ヨウ素拡散シミュレーションのマッシュアップ ワークショップ期間中に、東京大学の早野龍五教授とのコラボレーションにより制作されたコンテンツです。半減期が8.1日と短いため、福島第一原子力発電所事故発生後の実態が掴めていない放射性ヨウ素の拡散状況を、国立情報学研究所、海洋開発研究機構、SPEEDIなどによる複数のシミュレーションデータを重層することで可視化する試みです。 このコンテンツは、原発事故発生後の放射性物質拡散状況の解明に寄与するとともに、将来に向けた災害状況速報システムのあり方を提案することを目的として制作されました。
Fruchterman, Reingold のグラフ描画アルゴリズム - 私の図書館
はしがき 1991 年に発表されたグラフ描画アルゴリズムです。 こちらが掲載されている論文も今日現在で Google Scholar 調べの引用数が 1592 と凄いです。 アルゴリズム このアルゴリズムも Kamada, Kawai の方法と同様に、最初に頂点の位置を決定し、その後、頂点同士を結ぶ直線で辺を表す形のアルゴリズムです。 頂点の位置は、次の二つの原理に従うように決定されます。 頂点同士が近過ぎない。 隣接する頂点がそれなりに近い。 より具体的には、各頂点の初期位置をランダムに決定した後、アルゴリズムはある回数だけ次の過程を繰り返します。 各頂点に働く斥力をヒューリスティックに計算する。 各辺の端点同士に働く引力をヒューリスティックに計算する。 引力、斥力、温度を元に各頂点の次の位置をヒューリスティックに計算する。 描画領域からはみ出した頂点の位置を修正する。 温度を下げる。
Graphvizによる有向グラフの自動生成 « Stop Making Sense
August 2011 (1) July 2011 (1) June 2011 (2) April 2011 (2) March 2011 (2) February 2011 (2) January 2011 (6) December 2010 (6) November 2010 (5) October 2010 (8) September 2010 (2) August 2010 (3) July 2010 (9) June 2010 (4) March 2010 (1) February 2010 (7) January 2010 (2) Graphvizとは AT&T研究所が開発したグラフ描画ツールです。 ただし、折れ線グラフや棒グラフみたいなExcelで作成するようなグラフではなく、ダイヤグラムや有向グラフなどが対象となります。 Graphvizの公式サイト Graphvizを使う
データを分かりやすくスタイリッシュに可視化できるJavascriptライブラリ「D3.js」
どんなに情報をまとめても、それを可視化して見ている人にうまく伝えるのは至難の技です。そんな時にデータをスタイリッシュかつ見やすいグラフにしてくれるのが、様々なデザインのJavascriptがダウンロード可能なライブラリ「D3.js」です。 D3.js - Data-Driven Documents http://d3js.org/ D3.jsを使って作ったグラフの事例を公式ギャラリーから見ることが可能で、これらのグラフにもとになる素材(スクリプトのソース)がGitHubで入手可能です。 Gallery · mbostock/d3 Wiki · GitHub デザインの一例は以下から。 ◆:Bubble Chart 作成例によっては、ページに直接コードが記載されているものもあります。 ◆:Four Ways to Slice Obama’s 2013 Budget Proposal - In
Google Sites: Sign-in
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Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization
NRNB and Cytoscape Introduction to the National Resource for Network Biology How to Cite Cytoscape Cytoscape project needs your support! Please cite the original Cytoscape paper when you use Cytoscape. This is critical to sustaining our federal funding. Shannon P, Markiel A, Ozier O, Baliga NS, Wang JT, Ramage D, Amin N, Schwikowski B, Ideker T. Cytoscape: a software environment for integrated mod
最近ツイッターで見かけて気になったサイト【主に可視化関係】
最近ツイッターで見かけて気になったサイトを紹介します。 紹介って言うか自分用メモです。 デザインの綺麗さって大事だよね、とか、面白い可視化の例とかを紹介します。 2カ月で150万件もレビューされたレストランガイドアプリ「NESS」 2カ月で150万件もレビューされたレストランガイドアプリ「NESS」 http://blogs.itmedia.co.jp/saiqos/2011/12/21000150iphonen-e557.html このアプリ自体はどうでもいいんですが、アプリの背景画像の綺麗さが印象に残ったので紹介します。 最近たくさんのソーシャルゲームがリリースされています。それもカードゲームばかり。 こんなんばっかりでユーザは飽きないのかなぁと思っていたんですが、最近は「美しすぎるカードゲーム」とかいう広告をすごく見かけるようになりました。 やっぱり、見た目の綺麗さっていうのはとても
概要 | Gephi, オープンソースのグラフ可視化ソフトウェア
Gephi は、グラフの探索や分析を行う必要のあるユーザー向けのツールです。Gephi は、たとえて言えば、データを対象に扱う Photoshop のようなものです。ユーザーは描画されたグラフと対話し、構造や形状、色などを操作しながら、隠された属性を引き出します。Gephi が目標としているのは、データ解析の支援を通じて、仮説を立てたり、パターンを直感的に把握したり、データソーシング時に構造的な特異点や欠陥を分離したりできるようにすることです。Gephi は、伝統的な統計手法を補うツールです。今日では、インタラクティブなインタフェースを備えたビジュアルシンキングを行うことによって、推論が容易になることが知られています。Gephi は、視角分析論 (Visual Analytics) の学問分野で登場したパラダイムである探索的データ解析のためのソフトウェアです。 リアルタイムでの可視化 非常
ブログについたTwitterやはてブの反響を可視化するiPhoneアプリ、『Feedback』をリリースしました - ninjinkun's diary
ブログに付いたTwiter, Facebook, はてブ等、ソーシャルボタンの数を記録し、可視化するiPhoneアプリ、『Feedback』をリリースしました。 Feedback iPhone App - Visualize your blog's impact 渾身のブログエントリーを書いた後、ブクマの数が気になってひたすらページをリロードし続けた経験はないでしょうか。僕自身が毎回そんなことをしているのに気づいて、iPhoneアプリにしてみました。 このアプリに自分のブログを登録しておくと、RSSを読み込んで最新の記事のソーシャルボタンの数を集計してくれます。集計した数値はiPhoneアプリのDBに記録されるので、増えていく数をグラフ化したり、前回との差分を表示することができます。 自分でも毎日使っています。時たまブクマがたくさんついたときはもちろん嬉しいですが、何気ないエントリにスター
Gephi - The Open Graph Viz Platform
Support us! We are non-profit. Help us to innovate and empower the community by donating only 8€: Applications Exploratory Data Analysis: intuition-oriented analysis by networks manipulations in real time. Link Analysis: revealing the underlying structures of associations between objects. Social Network Analysis: easy creation of social data connectors to map community organizations and small-worl
Gephi:Wiki
マニュアル 用意されたマニュアルや資料を参考に自分で Gephi を使ってみる。 Gephi リリース - これまでにリリースされたバージョン Gephi のインストール - 最新バージョンの Gephi をコンピュータにインストールする手順 ユーザーマニュアル - 最新バージョンの Gephi を使うためのステップバイステップガイド 開発者ハンドブック - 最新バージョンの Gephi で開発するためのステップバイステップガイド GUI - 最新バージョンの Gephi のグラフィカルユーザーインタフェースの簡単な説明 データセット - 実際に Gephi で読み込んで表示可能 トラブルシューティング - NetBeans と Gephi に関する問題とその対処方法 コネクタ - 独自のデータを Gephi に読み込む方法、およびデータをほかのアプリケーションにエクスポートする方法 コミ
仮説『日本のメイドブームの可視化（第1～5期）』[特集] | [SPQR]日本のメイドカルチャー史アーカイブ
多様に存在するメイドブーム＝日本の「メイドの曖昧性と特徴」 「メイドブーム」という言葉で検索をすると、「メイドブームは終わった」という声を見かけます。しかし、ここでいう「メイドブーム」は非常に曖昧だと私は思います。語り手によって「メイドブーム」の内容が異なるからです。 2005～2006年ぐらいに見られた「メイド喫茶の出店ラッシュ」をメイドブームとする人もいれば、アニメ版『まほろまてぃっく』（2001年,2002年）をメイドブームの牽引役とする紹介テキストもあります。詳しい方の間では、作品内で脇役だったメイドを「主体」にした『殻の中の小鳥』（1996年）がメイドブームを起こしたと周知されています。 これらは、観測者によって「メイドブームの定義」が異なることで生じています。日本のメイドブームは私の観測では5回あります。そのピーク・世間に広く届いたのが「メイド喫茶ブーム」（私の定義では第4期：
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