Python環境構築ベストプラクティス2019
Python環境構築ベストプラクティス2019 Published at: 2019-02-18 / Updated at: 2019-05-14 Web上には新旧さまざまなPython環境の構築の方法が乱れており, 正しい情報にたどり着けない人がいて不憫なので2019年2月現在のベストプラクティスをPythonを使いたい人の属性ごとに紹介したいと思います. 自分がどのような環境を作ればいいかわかったなら公式ドキュメントというほぼ絶対的な1次資料を元に最高の環境を作っていきましょう. For Beginners とりあえずPythonを勉強してみたい, 手軽に手元にあるデータを解析してみたいという人はこちらです. プログラムをガリガリ書いていくのではない場合, 自分のPCに環境構築する必要はありません. Googleが提供しているColaboratoryを使いましょう. 苦労することなくP
テンクー、東大のがん遺伝子パネル検査の先進医療Bに伴う情報解析を受託 | マイナビニュース
東京大学(東大)発ベンチャーのテンクーは、東京大学医学部附属病院(東大病院)が東大独自のがん遺伝子パネル検査「Todai OncoPanel」の臨床性能試験を先進医療Bとして開始するにあたって、その情報解析を受託したことを発表した。 東大では、Todai OncoPanelについて、2017年より臨床研究として実際に活用する形で、実用性の調査が進められてきたが、その際のシステムとして、電子カルテは富士通が、ゲノム検査は理研ジェネシスが、そして遺伝子変異と薬剤との関係などを整理した知識データベースの構築や がん患者の遺伝子変異に合わせたレポート作成についてはテンクーがそれぞれ協力してきており、今回の受託は、その成果を受けてのものとなる。 2017年より開始した臨床研究の際のスキーム (出典:東大の「Todai OncoPanel」の先進医療B開始発表資料) 新たなプロジェクトにおいても同社は
東大、独自がん遺伝子パネル検査の臨床性能試験を先進医療Bで開始 | マイナビニュース
東京大学(東大)は10月4日、東大が独自に開発を進めているがん遺伝子パネル検査「Todai OncoPanel(東大オンコパネル)」の臨床性能試験を先進医療Bで開始することを発表した。 がん遺伝子パネル検査は、1回の検査で、複数の遺伝子を網羅的に解析することで、がんの原因となる遺伝子の異常の判別や、治療に向けた情報の取得などを行なおうというもの。国内外のさまざまな研究機関や企業などが、その研究開発に取り組んでいる。 東大オンコパネルは、東京大学大学院医学系研究科 間野博行教授(現 国立がん研究センター 研究所長)の研究室が中心となって開発された東大独自のがん遺伝子検査パネル。2017年から東京大学医学部附属病院(東大病院)にて臨床研究として実際に使用してその実用性が調査されてきたが、その後、先進医療Bとしての実施に向け、2018年4月に先進医療技術部会にて適用を受けたのち、同7月に先進医療
DNAのメチル化を切り替える因子の同定法を開発 | 理化学研究所
要旨 理化学研究所（理研）ライフサイエンス技術基盤研究センター細胞機能変換技術研究チームの鈴木貴紘研究員と鈴木治和チームリーダーらの研究チーム※は、DNAメチル化を制御する転写因子[1]を効率的に同定する方法を開発しました。 ヒトの体には300種類以上の細胞があるといわれており、それらの細胞は全て同じ遺伝子のセット（ゲノム）を持っています。それぞれの細胞が異なる機能を持つためには、その細胞に必要な遺伝子だけがオンになり、それ以外の遺伝子はオフのまま抑制されなければなりません。この遺伝子発現のオン、オフを決めているものの一つがDNAのメチル化修飾[2]です。DNA上には遺伝子の発現を制御する領域（プロモーター[3]）があり、この領域がメチル化されると遺伝子の発現はオフに、脱メチル化されるとオンになります。研究チームは2017年9月、転写因子のRUNX1[4]タンパク質が部位特異的なDNA脱メ
【集中連載・がん治療の革命？！ プレシジョン・メディシン（高精度医療）①】 国立がんセンターを中心に進む全国プロジェクト「SCRUM－Japan」（上） | がん情報サイト「オンコロ」
次世代シークエンサーを使って、がんの組織の遺伝子変異（異常）を調べ、一人ひとりの患者に最適な薬を選ぶ「プレシジョン・メディシン」が、昨年11月に、「ＮＨＫスペシャル」で紹介され反響を呼びました。日本では現在、国立がん研究センター東病院を中心に「SCRUM-Japan（スクラム・ジャパン）」と呼ばれるプレシジョン・メディシンのプロジェクトが進んでいます。スクラム・ジャパンとはどういうプロジェクトなのか、がんの患者が参加するにはどうしたらよいのか、事業代表者としてプロジェクトを統括する国立がん研究センター東病院長の大津敦先生にインタビューしました。 全国遺伝子スクリーニングで患者の選択肢を増やす ― SCRUM－Japan（スクラム・ジャパン）とは？ 大津先生 がんの患者さんの病変から採取した組織の遺伝子異常を調べ、それぞれの遺伝子異常に合った治療薬や診断薬の開発を目指す日本初の産学連携全国が
集中連載・がん治療の革命？！「プレシジョン・メディシン（高精度医療）③」 がん研究会が「がんプレシジョン医療研究センター」を始動 | がん情報サイト「オンコロ」
HOME > 特集 > 集中連載・がん治療の革命？！「プレシジョン・メディシン（高精度医療）③」 がん研究会が「がんプレシジョン医療研究センター」を始動 がん研究会（東京都江東区有明、以下、がん研）が、昨年10月にがんプレシジョン医療研究センターを開設。同会が運営するがん研有明病院の患者を始めとする国内のがん患者を対象に、がんのゲノムや遺伝子発現(RNA)などの解析を行い、プレシジョン・メディシンを提供する準備を進めています。がん研のがんプレシジョン医療研究センターが目指すのはどういった医療なのか、がん研研究所長で同センター所長を兼任する野田哲生先生にインタビューしました。 ― がんプレシジョン医療（CPM）センター開設の経緯を教えてください。 野田先生 がん研では、2001年にゲノムセンターを開設し、がんの本態を理解することを目的に、次世代シークエンサーを活用して、がんのゲノムDNAやR
【集中連載】がん治療の革命？！プレシジョン・メディシン④「近畿大クリニカルシーケンス」が実践する〝早い″〝安い″遺伝子解析 | がん情報サイト「オンコロ」
大学病院や国立がん研究センターなどで、次世代シーケンサー（クリニカルシーケンサー）を使って、がんの組織などの遺伝子異常を調べ、一人ひとりの患者に最適な薬を選ぶ「プレシジョン・メディシン」（高精度医療）の研究が進んでいます。なかでも、近畿大学ライフサイエンス研究所ゲノムセンターでは、がんの種類を、肺がんなどに限定せずに固形がんの患者に対する遺伝子解析を行っています。どのような人なら遺伝子解析が受けられるのか、その仕組みを、同研究所ゲノムセンター教授の西尾和人先生に聞きました。 自施設内の次世代シーケンサーを駆使して2週間以内に遺伝子診断 ― 近畿大学ライフサイエンス研究所ゲノムセンターで実施されているプレシジョン・メディシンの仕組みと特徴を教えてください。 西尾先生 われわれが実施している「プレシジョン・メディシン」は、個々の患者さんのがんの組織などを使って遺伝子解析を行い、最適な治療法を選
【集中連載】がん治療の革命？！プレシジョン・メディシン⑤ ３学会合同で進む遺伝子解析の標準化 | がん情報サイト「オンコロ」
次世代シーケンサーを使って、がんの組織などの遺伝子異常を調べ、一人ひとりの患者に最適な薬を選ぶクリニカルシーケンスとよばれる「プレシジョン・メディシン」（高精度医療）の活用が広がってきています。しかし、がん患者がプレシジョン・メディシンを実際に一般診療で受けられるようになるにはいくつかの課題を解決する必要があります。近畿大学ライフサイエンス研究所ゲノムセンター教授としてプレシジョン・メディシンを行いつつ、課題解決に取り組む西尾和人先生にインタビューしました。 前回記事：「近畿大クリニカルシーケンス」が実践する〝早い″〝安い″遺伝子解析 全国で複数のがんプレシジョン・メディシンプロジェクトが進行中 ― 近畿大学ライフサイエンス研究所ゲノムセンターの「近大クリニカルシーケンス」、国立がん研究センター東病院を中心にオールジャパンで展開する「スクラム・ジャパン（SCRUM-Japan）」など、次世
【集中連載】がんの革命？！プレシジョン・メディシン⑥ 京都大学医学部附属病院などで進む「オンコプライム」を用いた遺伝子診断・治療とは（上） | がん情報サイト「オンコロ」
HOME > 特集 > 【集中連載】がんの革命？！プレシジョン・メディシン⑥ 京都大学医学部附属病院などで進む「オンコプライム」を用いた遺伝子診断・治療とは（上） 次世代シーケンサー（網羅的遺伝子解析技術）を使って、がんの組織などの遺伝子異常を調べ、一人ひとりのがん患者に最適な治療薬を選ぶ「プレシジョン・メディシン」（高精度医療）が注目を集めています。京都大学医学部附属病院（以下。京大病院）で、2015年4月から「オンコプライム（OncoPrime）」を用いたプレシジョン・メディシンを行う同院がんセンターがん薬物療法科教授の武藤学先生に、その仕組みと成果について聞きました。 ― 京大病院で実施されているプレシジョン・メディシンの仕組みを教えてください。 武藤先生 京大病院で2015年4月から導入したオンコプライムは、手術や生検で採取した患者さんのがんの組織から抽出したDNAを次世代シークケ
【集中連載】がん治療の革命？！ プレシジョン・メディシン⑨ 北海道がんセンターでスタート、慶應大学病院で開始予定の「プレシジョン検査」とは | がん情報サイト「オンコロ」
北海道がんセンター（札幌市白石区）は、今年7月から、一人ひとりの患者さんに適した治療である「プレシジョン・メディシン」を実現するため、「がん遺伝子外来」を開設し、次世代シークエンサーを用いて、160遺伝子を網羅的に調べる「プレシジョン（PleSSision）検査」を実施しています。年内に、慶應義塾大学病院（東京都新宿区）でも、「プレシジョン検査」が本格始動する予定です。両院で「がん遺伝子外来」を担当する北海道がんセンター・がんゲノム医療センター長（慶應義塾大学病院腫瘍センター客員教授兼任）の西原広史先生に、「プレシジョン検査」について解説してもらいました。 160遺伝子を解析し最適な治療選択目指す ― 「プレシジョン検査」は、どのような遺伝子検査ですか。 西原先生 患者さんの腫瘍から採取した組織からDNAを抽出し、160遺伝子について次世代シークエンサーを用いて網羅的に解析し、一人一人の患
NovaSeq 6000システムのリソース
NextSeq 1000 および NextSeq 2000 より高い効率かつより少ない制約下で、多種多様な新旧アプリケーションにわたって新たな科学の探究を可能にする画期的なベンチトップシーケンサー 詳細はこちら
海水からのDNA解析により周辺に生息する魚種の8割を検出する技術 - JST
科学技術振興機構(JST)は1月12日、海水中に含まれる排泄物などのDNAから周辺に生息する魚種を明らかにする技術を使うことで、従来の目視調査で観察により得られる種の8割を検出できることを確認したと発表した。 同成果は、神戸大学の山本哲史 学術研究員、京都大学の益田玲爾 准教授、北海道大学の荒木仁志 教授、龍谷大学の近藤倫生 教授、神戸大学の源利文 特命助教、千葉県立中央博物館の宮正樹 生態・環境研究部長らによるもので、詳細は科学誌「Scientific Reports」に掲載された。 従来、魚類生物相調査は目視や漁具を利用するため、多くの労力と時間、高度な専門知識を必要としていた。そうした労力を軽減する技術として、近年、排泄物などとして水中に放出された魚類のDNAを解析する「環境DNA多種同時検出法(メタバーコーディング)」の活用に期待が集まっており、これまで世界中の海や川をフィールドと
バクテリア細胞質の全原子分子動力学計算 | 理化学研究所
要旨 理化学研究所（理研）杉田理論分子科学研究室の杉田有治主任研究員、理論科学連携研究推進グループの優乙石研究員と米国ミシガン州立大学のマイケル・ファイグ教授らの国際共同研究グループ※は、バクテリア[1]の細胞質[2]の全原子モデルを作成し、スーパーコンピュータ「京」[3]を用いた大規模分子動力学計算[4]によって、細胞質中での生体分子の複雑な挙動を原子レベルで解明しました。 細胞内の細胞質は、体積の約70％が水で占められています。残りの30％はリボソーム[5]などの超分子、タンパク質やRNA（核酸）などの生体高分子、アデノシン三リン酸（ATP）やアミノ酸などの代謝物、イオンで占められています。このような分子で混み合った環境（細胞内分子混雑環境）での生体分子の構造、動態、機能発現のメカニズムは、実験的にも理論的にも解明が難しく、原子・分子レベルの解像度では十分に理解されていませんでした。
人工知能 病名突き止め患者の命救う 国内初か | NHKニュース
東京大学医科学研究所が導入した２０００万件もの医学論文を学習した人工知能が、専門の医師でも診断が難しい特殊な白血病を僅か１０分ほどで見抜き、治療法を変えるよう提案した結果、６０代の女性患者の命が救われたことが分かりました。人工知能は、このほかにも医師では診断が難しかった２人のがん患者の病名を突き止めるなど合わせて４１人の患者の治療に役立つ情報を提供していて、専門家は「人工知能が人の命を救った国内初のケースだと思う」と話しています。 このうち６０代の女性患者は当初、医師から「急性骨髄性白血病」と診断されこの白血病に効果がある２種類の抗がん剤の治療を数か月間、受けましたが、意識障害を起こすなど容体が悪化し、その原因も分かりませんでした。このため、女性患者の１５００に上る遺伝子の変化のデータを人工知能に入力し分析したところ、人工知能は１０分ほどで女性が「二次性白血病」という別のがんにかかっている
ゲノムも“世界共通”から“日本独自”に | Science Portal - 科学技術の最新情報サイト「サイエンスポータル」
ヒトゲノムの解読は、2003年に完了し、全配列が決定した。決定したデータは国際参照配列※1として公開され、今では世界中のゲノム研究を支えている。だが今年4月、東北大学東北メディカル・メガバンク機構は、この国際参照配列の日本人版とも言える「日本人の基準ゲノム配列」を作成した。国際参照配列との違いは何だろうか。それを可能にした高度な技術や、もたらす利益についても紹介する。 ※1 国際(ヒトゲノム)参照配列／ヒトゲノムの全染色体の塩基配列。学術組織ゲノムリファレンスコンソーシアムが管理し、繰り返し改訂を行っている。今最も新しいのは「GRCh38v1」というバージョン。 日本人特有のゲノム配列がある? ゲノムは生命の設計図とも言われ、その本体はDNAという長いひものような物質だ。DNAは、4種類のヌクレオチドという化学物質の長いつながりで、それぞれ、A(アデニン)、G(グアニン)、T(チミン)、C
肝臓がん300例の全ゲノムを解読 | 理化学研究所
要旨 理化学研究所（理研）統合生命医科学研究センターゲノムシーケンス解析研究チームの中川英刀チームリーダー、藤本明洋副チームリーダー、国立がん研究センター がんゲノミクス研究分野 柴田龍弘分野長、十時泰ユニット長、東京大学医科学研究所附属ヒトゲノム解析センターの宮野悟教授、広島大学大学院医歯薬保健学研究院の茶山一彰教授らの共同研究グループ※は、日本人300例の肝臓がんの全ゲノムシーケンス解析[1]を実施し、それらのゲノム情報を全て解読しました。この研究は、国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）[2]のプロジェクトの一環として行われ、単独のがん種の全ゲノムシーケンス解析数としては世界最大規模となりました。 日本では、年間約4万人が肝臓がんと診断され、3万人以上が亡くなっています。特に、日本を含むアジアで発症頻度が高く、主な原因は肝炎ウイルスの持続感染です。B型（HBV）やC型肝炎ウイルス（
産総研：染色体の大規模構造変異を高精度に検出できるアルゴリズムを開発
発表・掲載日：2016/02/02 染色体の大規模構造変異を高精度に検出できるアルゴリズムを開発 －細胞のがん化の原因究明とがんの早期発見につながることへ期待－ ポイント 超並列DNAシーケンサーで得られる正常およびがん細胞ゲノム配列のビッグデータを高速・高精度に比較 がん化した組織中のがん細胞の比率が低くても、がん細胞中の構造変異を高精度に検出可能 がん細胞に特有のDNA変化を早期に検出し、的確な治療法を選択することが可能になることを期待 国立研究開発法人 産業技術総合研究所【理事長 中鉢 良治】（以下「産総研」という）創薬基盤研究部門【研究部門長 織田 雅直】 ゲノム機能情報研究グループ 瀬々 潤 主任研究員、山形 浩一 元産総研特別研究員（現 中央大学 助教）と国立大学法人 大阪大学【総長 西尾 章治郎】（以下「大阪大学」という） 大学院 医学系研究科 竹田 潤二 教授らのグループは
さまざまながんで異常発現するRNAを多数発見、バイオマーカー候補に - 理研
理化学研究所(理研)は12月24日、多様な臓器のがんで異常な発現を示すRNAを多数発見したと発表した。これらのRNA群はがん診断の新たなバイオマーカーとなる可能性があるという。 同成果は、理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター ゲノム情報解析チーム ピエロ・カルニンチ チームリーダー、ボグミル・カチコフスキー 国際特別研究員と、オーストラリア・ハリー・パーキンス医療研究所 アリスター・フォレスト 教授らの研究チームによるもので、11月9日付けの米科学誌「Cancer Research」オンライン版に掲載された。 同研究チームは、理研が主導する国際研究コンソーシアム「FANTOM5プロジェクト」の一環として、さまざまな臓器・組織のがんに由来する225種の細胞株と、それらに対応する339種の正常細胞を対象に、がん細胞で発現が変化するRNAを解析。この結果、多くのがん細胞株で発現が上
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中国のゲノム研究所、「究極のシークエンサー」の開発に着手──米市場を巡る競争が激化
Single-cell RNA-seq discovers a wealth of new RNA markers that define discrete groups of neurons | RNA-Seq Blog