昔のDNAシーケンス法の思い出
Ｊｕｎ Ｙａｓｕｄａ @jyasuda1 久しぶりにツイートする。今日は爺臭く昔話など。私が研究の世界に入って今度の4月で満22年になる。最初にやっていたのがDNAシークエンスの実験だった。 2013-03-22 21:54:06 Ｊｕｎ Ｙａｓｕｄａ @jyasuda1 （昔のシークエンス）当時はラジオアイソトープ標識によるサンガー法が主流で、いまだPCRも使用されていなかった。標識各種は32Pと35Sがあったがプロに愛好されていたのは35Sのほうである。その理由は35Sのほうがきれいに読めるからだ。 2013-03-22 21:55:49 Ｊｕｎ Ｙａｓｕｄａ @jyasuda1 （昔のSeq2）今にして思えば32Pはエネルギーが強すぎてバンドが太くなったりとか、コントラストがつきすぎて薄いバンドを読むにはプライマーの近傍が読めないとかあったので、35Sのほうが良かったのだろう。昨日ま
エリート意識と研究者 [理系脳毒之助日記]
エリート意識と研究者 Tweet ポスドク人生に挫折した匿名研究者が書いた文章が話題になっている。以下は元記事全文を引用しながら、自分が読みながら率直に思ったことを書いてみたい。 万人が読むか読まないかを自由に判断できるネット上でまで、そんなことを気にする必要があるのだろうか。 私は小さい頃から自分はエリートで歴史に名を残す人物になると思っていた。幼稚園の頃に既に自分は周りとは違うという意識があった。小学校では天才だと色々な人から言われた。有名な中高一貫校を出てT大学に入った。大学院での研究では同期よりも先輩よりもimpact factorの高い雑誌に論文が掲載された。これまでの研究室の歴史の中で自分の論文が一番高いimpact factorだった。しかし、自分だから当然の結果だと思っていた。そのときは、挫折などは凡人が感じるものだと心の底から信じきっていた。 僕は神童ではなかったしT大出
遠ざかる研究職ポスト、いかに研究のモチベーションを維持するか？
helpline @helpline ポスドク問題について。この先研究職のポストはどんどん先細っていく一方なわけだけど、研究者志望の人が研究職のポストに就くことを諦めて、しかし研究には未練があり続けたいという場合、どうモチベーションを維持したらいいのだろうか。 2012-07-03 23:55:42 helpline @helpline かつ学会側でも、研究職に就いている若手研究者はどんどん減ってきているわけだから、学会の運営や論文の質を維持するためには、研究職以外の職に就いているけれど研究を続けるモチベーションを持つ人を、基本的には歓迎しているという状況があると思う。 2012-07-03 23:59:44
「科学立国ニッポンの終焉」をシミュレートする — 大「脳」洋航海記
【研究 – 全般】 対岸の火事と呼ぶには生々し過ぎる：スペインで科学研究管轄省庁が廃止＆科技予算も6000億円以上カット 日本でも現実味を帯び始めた「ニュージーランド型の大学改革」 Natureが報じる「減り続ける日本の若手研究者と、低下し続ける日本のサイエンスの生産性」 相変わらず日本の論文生産数は減少し、論文の「インパクト」も伸び悩むまま：ESI2011を概観する / 再集計結果 - 当blog RIETI政策対談第7回「真の教育、研究水準の向上につながる大学改革とは」 もう何年来も日本のサイエンスというと研究業績面では良いニュースがあっても、景気面では良いニュースなんてものは殆ど聞かれないわけで・・・先日もNatureが「日本では若手研究者から減っていく」というショッキングなニュースを報じたばかりですが、この極端な不景気感はすっかり定着した感があります。 そしてあまり大々的なニュース
PhD大量生産時代 （ページ１）:: News Feature
Nature, (2011年) | doi:10.1038/472276a Published online 21 April 2011 世界では、これまでにないハイペースで博士号（PhD）が生み出されている。この勢いに歯止めをかけるべきなのだろうか。 David Cyranoski, Natasha Gilbert, Heidi Ledford 図１：博士号の増産傾向 | 拡大する 多くの国々では、高等教育の大幅な拡大によって、博士号の授与数が増加した。1998 年から2006 年までの全研究分野の博士号授与数の年平均伸び率を以下に示した。 SOURCE: OECD/CHINESE MINISTRY OF EDUCATION 博士号を手にした科学者が誇りに思うのは当然だ。今もそれは学界エリートへの立派な入場券であるが、かつてほどの輝きはない。経済協力開発機構（OECD）加盟国では、科学
研究にPCは必ず必要な道具なんだけど、使い方はやっぱり独学なんだろうか？ - 北の大地から送る物欲日記
「論文を Word で書く情報系の学生たち - ny23の日記」を読んで。 大学における卒論、修論などを書く環境、これは分野によって結構違ったりするのだけれども、自分の時代（今から15年くらい前？）でもWordは鬼門だった。昔からWordはうまく使いこなせなくて、DTPソフトであるPageMakerとか使って書いてた記憶が。博士課程の頃になり、TeXとかも使ってたけど、情報系に強くない人達にはこれは無理そうだなあ・・・とか思いつつ使ってた。 今や、レポートもPCで作成するようになり、卒論・修論や投稿論文など、いろんな文書を作る機会には事欠かない大学生だけど、そういうのを書く環境をどうやって学ぶかというと、別にそういう授業があったりはしないので独学で使って覚える！しかない。 ああ、今ならネットを検索すれば、便利な方法や使い方みたいなのがどっさり出てくるのか。 自分の頃にはまだまだネットは未開
文系の研究者になりたい人達に知っておいてほしいこと - bluelines
もしあなたが、大学の授業を通して学んだ学問分野に、ものすごく心を惹かれているとしましょう。あなたはこう考えます「この研究は面白いなあ。もっと勉強してみたいな。大学院に行くのもいいかもしれないな。ひょっとしたら、この研究を仕事にして、それで食べていけるようになるかもしれないし！」 このエントリは、そんな人に向けた、「研究で食べていくことを目指すときに、知っておいて欲しいこと」です。対象は、いわゆる「文系」に絞ります。理系でも当てはまる部分はあると思いますが、あちらにはまた色々と異なる慣習があるので。 まずは、「研究で食べていく」とはどういうことか。文系の学問分野においては、それは殆ど「大学の先生になる」ということと同義です。「大学の先生」には、大きく分けて二通りの形態があります。 専任 非常勤 専任は、「その大学でフルタイムで仕事をする人」です。授業を担当し、会議に出席し、大学運営における様
自分の研究ペースを掴むまでは大変だけどそこが踏ん張り所 - 北の大地から送る物欲日記
「研究室に配属された学部生の方へ つらい時、しんどい時、読んでください | 女性教授奮闘記 from Toyama」を読んで。 大学において、ただ授業を受けるのみだった学部時代から、研究室配属になって自分の席が与えられて研究に取り組む事になるのって非常に大きな変化で。 研究室に配属になるのって、大小の程度の差はあれ、数人〜数十人くらいの小さな会社に入社するようなものだったりします。それまでの学生時代とは全然別の生活が待ってる。だから、結構つまづいちゃう人も多い。親切な先輩とかが居て、研究室のルールとか過ごし方なんかを教えてくれたりする環境だとラッキーだけど、なかなかそうもいかない場合も多いので、自分なりに研究室での研究の仕方を学習する必要があります。 今は研究生活をブログで書いてる学生や教官も随分と増えましたから、そういうのを検索で探して参考に出来る部分を参考にしてみるのもいいかも。身の回
書いて直してを繰り返すことなしに完成しない卒業論文 - 北の大地から送る物欲日記
「卒業論文第0稿を1日ででっち上げる法 - 発声練習」を読んで。 理系な学生なら誰しも一度は通る始めて論文スタイルなものを自分の手で書くという作業の壁。 最初はとにかく何をどうやって書いたらいいものか、さっぱり。先輩の過去卒論を見たりしながら、見よう見まねでじわじわと書き始めるわけですが、なんせ始めて書く場合は全体像が見えないだけに、霧の中を手探りでゴールに向かっているようで、正しい方向に向かっているのか、自分は今ドコにいるのか、どの辺まで来たのかが分からず不安になる事しきり。 途中途中、余り細かいことにこだわりながら書いてても、結局後から何度も修正する羽目になるので、最初はとにかく全体像を作って形にするってところを目指すという方法は有効です。 続いて本文の執筆に入ります。まずは、論文で書きそうな文章を他の文献からコピペします。当然「コピペして良いのか？」という疑問が浮かぶと思いますが、構
研究者のための科学広報入門
研究者のための科学広報入門 はじめに 皆さん、こんにちは。基礎生物学研究所広報担当の倉田と申します。皆さんは広報というと、どんなイメージを浮かべますか？すぐに思い浮かぶのは「新商品売り出し広告」など商業活動に関するものかもしれませんね。それでは科学広報には、どんなイメージをお持ちでしょうか？基礎科学の広報では、新商品の代わりに、新しい研究成果を世に発信し、企業イメージの代わりに、研究現場の様子や研究者の素顔を発信しています。ここでは、科学広報の現場を、少しでもリアルにお伝えできたらと思っています。 研究所広報室の仕事 に続く ＿＿＿＿＿ 書いている人：倉田智子 総合研究大学院大学で生物学を学び、研究員として数年間研究現場で働いた後に、２００６年より研究所の広報室で科学広報の仕事に携わっています。カメラとビデオカメラと顕微鏡が好きで、広報室もいつのまにやら顕微鏡だらけに・・・ 総合研究大学院
国立大：運営費交付金４．８％大幅減 危機感、意見集め－－「特別枠」コンテスト向け - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
＜追跡＞ 日本が２年ぶりのノーベル賞決定に沸く中、基礎研究を支える大学の現場はかつてない危機感を募らせている。来年度予算の概算要求で、国立大運営費交付金や幅広い基礎研究を支援する科学研究費補助金の一部が「元気な日本復活特別枠」に回り、政策コンテストの結果次第では大幅減額の可能性があるためだ。１９日に締め切られる特別枠への意見募集には、科学技術予算が逆風にさらされた昨秋の「事業仕分け」の再現を恐れる大学関係者らからの投書が殺到している。【西川拓、永山悦子】 「ノーベル賞を生み出すような基礎的な研究を支える運営費交付金がこれ以上削られると、次世代の育成に災いをもたらす」 ノーベル化学賞受賞の吉報が舞い込んだ２日後の今月８日、全国に３２ある国立大理学系学部の学部長会議が、大学運営の基盤的な経費となる運営費交付金などの確保に向け、国民の支援を求める緊急声明を発表した。 学部長らは口々に、０４年の法
ついに国が「基礎研究体制の改革・合理化」に動き出した：持続発展可能なサイエンスを未来の子孫のために残そうという運動 – 大「脳」洋航海記
【研究 – 全般】 研究費・プロジェクト系教育経費の効果的予算措置に関する中間報告 （案） – 文部科学省予算監視・効率化特命チーム 熟議カケアイ – 文科省 政策創造エンジン もっと金が欲しいわけじゃない、ただ合理的なシステムを求めているだけ：神経科学の若手研究者たちによる公開提言 – 当blog 実は、しばらく前からこの件についての情報リークをいただいていたんですが、ついに公になったようです。この中間報告、タイトルこそ極めてお堅いものなのですが、その内容は非常に多岐に渡っていて網羅的で、ここ1年近く僕が取り上げ続けてきた「日本の基礎研究体制からムダをなくし」「予算を効率的に運用することで」「アカデミアに諸問題を解決する余力を与える」というテーマを全て満たす素晴らしいものになっています。 具体的には上記1番目のリンク先のPDFファイルをそのままご覧いただいた方が早いと思いますが、要約する
「仕分け」文科省反省…科学へ金の出し方研究します : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
文部科学省は来年度、科学技術への効率的な投資のあり方について研究するプロジェクト「政策のための科学」を発足させる方針を決めた。 科学技術の戦略作りに生かす。昨年の「事業仕分け」で研究の意義を十分に説明できなかった反省を踏まえ、研究投資の根拠を明確にする狙いもある。 生命科学やナノテクといった分野ごとに、科学への投資が生み出した経済波及効果や他の研究に与えた影響などを検証。最適な投資のあり方、政府予算の配分割合など戦略構築につなげる。投資効果を分析するためのデータベースの作成や指標作りについても研究を進める。 全国２〜４か所の大学院に「政策のための科学」の専門コースを設け、教育研究拠点を構築する。ほかに、公募のうえで選出した全国の研究者に補助金を出して支援する。文科省は研究成果を政策作りに生かすために専門部署を設ける予定だ。 科学技術分野では、予期せぬ発見が新分野を開拓するといった不確実な要
社説：人工細菌 ルールの検討を今から - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
いったいどんな潜在力をはらんでいるのか。すぐには予測のつかない生命技術が登場した。 米国の分子生物学者、クレイグ・ベンター博士のチームが作り出した「人工細菌」である。 まず、マイコプラズマと呼ばれる細菌の全遺伝情報（ゲノム）を解読し、その情報を基にゲノムを合成した。これを、別の細菌のゲノムと入れ替えると、人工ゲノムの情報に従って活動した。これが、「合成生物学」による人工合成細菌だ。 「なんだ、その程度か」と思う人もいるだろう。ゲノムを構成するＤＮＡは合成しているが、生物の重要な要素である細胞は別の細菌からの借り物だ。新たな生命を一から創造したわけではない。 新しい性質を持つ生物も、すでに「遺伝子組み換え技術」で作られている。今回も、その延長線上の技術ととらえることもできる。 しかし、あなどれない点も多い。従来の組み換え技術で変えられる遺伝子はごく一部だ。今回は、ゲノムを全部合成している。「
最新論文の解説はモラルハザードか？ - I’m not a scientist.
先日掲載した『人工細菌誕生』の論文を解説してみるに対して，「公開後1年以内の論文について，解説・講義などを公開することはモラルハザード*1だ」という指摘のメールが届いた． 自分としては寝耳に水の内容だったのだが，確かに公開されているとはいえ，商業論文誌に掲載された論文の内容を解説することが当然許されているものかどうか，深く考えていたわけではない．しかし，送られてきたメールは，内容に納得できない点が多々ある．そして，指摘は，このブログの存在意義の根幹に関わることでもある． はたして，最新論文の解説はモラルハザードなのだろうか？ 送られてきたメール どうやら個人あてのメールを全文公開したり，引用することは違法となる可能性が高いそうなので*2，ここでは全文を掲載することはせず，送信者が特定できない形で，送られた内容についてのみを要約する． 差出人は，学術論文のモラルハザードを管理する民間団体に所
脊髄損傷：安全なｉＰＳ細胞移植…マウスの運動機能回復 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
腫瘍（しゅよう）にならない人工多能性幹細胞（ｉＰＳ細胞）を選び、脊髄（せきずい）を損傷したマウスに移植、運動機能を回復させることに、岡野栄之・慶応大教授と山中伸弥・京都大教授の研究チームが成功した。ｉＰＳ細胞はさまざまな組織や臓器の細胞になり、再生医療への応用が期待されているが、腫瘍を作る危険性があった。米科学アカデミー紀要（電子版）で発表する。 研究チームはマウスの脳にｉＰＳ細胞を移植し、半年たっても腫瘍を作らなかったｉＰＳ細胞を選んだ。次に、さまざまな神経細胞になる神経幹細胞に変化させ、脊髄が損傷したマウスに損傷９日目に５０万個移植すると、だめになった後ろ脚を使って歩いたりできるまでに回復した。 一方、腫瘍化の可能性があるｉＰＳ細胞で同じように実験すると、運動機能は一時的に回復したが、約５週間後には脊髄内で腫瘍が形成され、機能も低下した。岡野教授は「安全性を厳密に評価すれば、ｉＰＳ細胞
＜ｉＰＳ細胞＞慶大チーム、血中のリンパ球から作成に成功（毎日新聞） - Yahoo!ニュース
血液の中にあるリンパ球の一種、Ｔ細胞から人工多能性幹細胞（ｉＰＳ細胞）を作り出すことに、福田恵一・慶応大教授（循環器内科）らが世界で初めて成功した。０・１ミリリットルの血液から従来の約３分の１の期間で作成できるほか、ｉＰＳ細胞の遺伝子も傷つけないため、従来より簡単、安全な作成方法という。２日、米科学誌「セル・ステムセル」で発表した。 ｉＰＳ細胞は当初、皮膚細胞に４種の遺伝子を組み込み作られた。４遺伝子の運び役にはレトロウイルスを使ったが、このウイルスは皮膚細胞の核の中に４遺伝子を組み込み発現させる。このため、元の細胞の遺伝情報が傷つけられｉＰＳ細胞ががん化する危険が指摘されたほか、皮膚細胞を取る時に肌に小さな傷をつける問題もあった。 新手法は、採血した血液中のＴ細胞を特殊な方法で活性化させつつ培養。活性化Ｔ細胞によく感染する「センダイウイルス」を４遺伝子の運び役に採用した。センダイウイ
産総研：水素で金属材料の強度が向上
国立大学法人 九州大学 村上敬宜 理事・副学長（独立行政法人 産業技術総合研究所 水素材料先端科学研究センター長）の研究グループは、水素が金属材料の疲労強度特性を低下させる「水素脆化」という過去４０年来、ミステリーといわれてきた現象を解明する重要な発見をしました。 過去の報告は、「材料中に水素が侵入すると材料の強度は低下する」とされ、このことは研究者の間では常識となっており、現象を説明するためのいくつかの理論も提案されています。村上理事・副学長の研究グループは、水素の影響を強調して調べるため、著しく多量の水素をステンレス鋼中に侵入させて実験を行ったところ、その結果は驚くべきことに、予想とは逆に疲労強度特性の著しい向上を示すというものでした。 この重要発見は、水素ステーションや水素燃料電池車の開発など安心・安全な水素エネルギー社会構築のために極めて大きな貢献をするものとして期待されます。 本
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2010/10/21 緊急声明 若手有期雇用研究者（いわゆるポスドク）の科研費応募資格について - 日本地球惑星科学連合 Japan Geoscience Union
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