STAP細胞の非実在について＃５ | kahoの日記 | スラド

とりあえず論文が撤回の方向に進んでいるようでいくらか安心しました． 真相の解明までいくか分かりませんので，10%程度の安心ですが． 誤解を受けないように明記しておきますと，今日までこの解析を行うにあたって私は一切の圧力も感じませんでしたし，協力してくださった皆さんのおかげで大変助けられました．頭に血が上った上に何の制限もなかったおかげで，周りが見えなくなって大失敗もしましたが． 一段落したことで今回がSTAPについて書く最後になるかと思います．今回の大本のメディアからも問い合わせを受け，本名を出しても構わないと返答しましたので，これからはコメントをするとしても公式な手続きを踏んだものになるかと思います． ”input”の解析でまだここに書いていなかったものとして，CNV（copy number variation）解析を最後に書き留めます． これはChIP-seqの”input”データとい

[tetrahymena]

後でこういう追跡もできるよ、という意味で、論文掲載時における公共DBへのデータ提出の重要性を改めて認識。

[biochem_fan]

私もSNPで同様のことを試みたが、本記事にもある通り、depth の低さが原因でESCと{STAP, STAP-SC, FI_SC}の近さが、C57BL/6 x 129/svという共通の遺伝的背景に由来するのかそれ以上か判断できなかった。CNVに着目したのは慧眼だと思う

[michiki_jp]

ドラマを見ているようだ。当初の華々しい成果、漫画みたいな設定、用語のわからなさ、湧き出す研究者の意地と本質。フィクションであったらどれだけよかっただろうか。

[rna]

画像関係のはミスとか取り違えとかちょっと盛ったとかの可能性はあったけど、kaho氏の一連の指摘が正しければ根本的にヤバい。STAP幹細胞がT細胞由来だという証拠が確認されなかったのは理研も認めたけど、その先は…

[augsUK]

理研CDBは論文撤回でフェードアウトを狙っているようだから、捏造があったどうかという非常に重要な点を明らかにするための重要な方法だから期待しています。/"ES細胞とSTAP細胞はCNVに差がなく，ほぼ同一"おいおい。

[naya2chan]

これこそ、「データをきちんと見る眼」と言えるかもしれないな。多角的に検討すること。分野は全然違えど見習いたい。

[arisane]

STAP細胞の記事でよく見かけた「匿名で批判とか怪文書にしか見えない」「論文で反論しろ」「足を引っ張ってるようにしか見えないからやめろ」といった的外れ(？)なブコメがなくなって寂しさを感じる

[monsterdoctor]

後はこの結果を確かめるだけだろう。この事件を通じて次世代シーケンサーの威力を思い知らされた。

[keloinwell]

STAP細胞のCNVがES細胞と完全一致したそうです。あくまで解析の結果ですが。

[hisawooo]

遺伝子解析の勉強になった。解析過程は難しいが「ESとSTAPが遺伝子をみたら同じ物だった」なだけで結論は難しくない。（あがっている遺伝子のデータが間違ってる可能性はまだあると最後に皮肉ってる）

[Rlee1984]

ひー；　真実が探究されるのは、良いニュース。ぬか喜びした人にとっては残念なニュース。病気でつらいなーと思ってる人のことを考えたら、ちょっと複雑。

[blackshadow]

“ES細胞とSTAP細胞はCNVに差がなく，ほぼ同一"これで詰みだな。本論から逸れるが、ChIPのデータは大概ピーク以外カバレージ薄いのにこれだけ有意な情報抽出できるのかと素直に驚き。

[kmiura]

ロンパの鏡。ロンパ脳な方々もありあまるロンパエナジーをこんな風に使ったらいいのに、と思う次第。

[synonymous]

インフォマティックスの仕事の実際を垣間見た気分。

[STARFLEET]

検証お疲れ様です、という感じですね。

[invictus]

"ChIP-seq実験をするときにサンプルを間違えて，同じ細胞を4回使ってしまったのかも"一応 可能性としてはまだ色々ありうると。"大本のメディアからも問い合わせを受け，本名を出しても構わないと返答しました"おお。

[deamu]

ぜんぜんわからん。

[REV]

「一回目は偶然、二回目は必然」みたいな言葉は無かったっけ？

[T-norf]

勉強になるｗ。今回やってる評価については、本質的な判断はできないけど、結構無理してる感じもするなぁ。「少量NGSデータのCNV解析」みたいな論文になったりして

[mbr]

しびれた。データの少なさを工夫と先行研究でもってカバーするそのやり方に。シーケンシングは専門外なので過剰に感激しているのかもしれないけれど、見習わなければならないなあ、と。結果については想定通り。

[arvante]

"CNVというのは，ゲノム中で生じるコピー数の変化のこと" で、STAP細胞の元となったとされるCD45+細胞とES細胞の差が245なのに対し、 "ES細胞とSTAP細胞はCNVに差がなく，ほぼ同一である" と。…事実が明らかになりつつある。

[lotiontissue]

この人の言い分の方を疑ったりして正直すまんかった。

[segrokamome]

STAPの件ではこの方を筆頭に、研究者同士のやりとりが面白かった。経験不足の若手によるケアレスミスであってくれればいいが。理研はなにせ戦前からのアレで政治がからむから、真相究明は難しいと思う。

[houyhnhm]

ほむ。

[godmother]

そうか。“STAPを抽出したマウスからES細胞を作成したとしても説明がつかないように思われます．どのような原因でこういった結果になったかは特に論評しません．”

[urashimasan]

　CNVでみるとCD45+,TS,その他の3群にわかれると。FI-SCはTS(CD1-GFP由来？)じゃなかった。

[tsutsuji360]

よかったね

[als_uz]

自分が遺伝子系さっぱりわからないことがわかってしまった

[RocRoc36]

こりゃすごい。なんか犯人を追い詰める探偵っぽいよな。この結果みたとき興奮しただろうな〜。

[ka-ka_xyz]

"CD45+細胞はSTAP/STAP幹細胞/ES細胞とは由来が異なることが（略）．また，ES細胞とSTAP細胞はCNVに差がなく，ほぼ同一" この評価が妥当かどうか判定するだけのバックグラウンドが無いので判断は保留。