Swiss PDB Viewerについて
できます． 普通はホモロジーモデリングということをやります． 以下，私が学生時代に作ったマニュアルの一部です． 参考になればよいのですが・・・． 1. モデリングしたいタンパクの一次構造データのFASTA formatを入手する ． FASTA formatは，配列既知のタンパクならSWISS-PROTでダウンロードでき る．未知のタンパクでも同様のフォーマットでテキストファイルにすれば 利用可能． 2. 立体構造のテンプレートとなるタンパクのPDBファイルを入手する． 上で得た一次構造のアミノ酸配列をSWISS-MODEL Blast ( http://www.exp asy.org/swissmod/SM_Blast.html )で検索すると，一次構造で相同性を有 し，かつ三次構造が解明されているタンパク質を見つけ出すことが出来る ． 3. 一次構造データを開く． Swiss PdbV
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