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The superfamily of G-protein coupled receptors (GPCRs) forms the largest class of cell surface receptors and regulates various cellular functions responsible for physiological responses. GPCRs represent one of the most important targets for modern drugs. Over 200 human-derived GPCRs still remain "orphans" with no identified natural ligands and functions, and dentifying new ligands of such orphan G
結晶構造 - Wikipedia
走査型トンネル顕微鏡により観測されたグラファイト表面の結晶構造 結晶構造（けっしょうこうぞう） とは、結晶中の原子の配置構造のことをいう。 分類[編集] 結晶構造は「基本構造」と「格子」の2つから成る。つまり基本構造と格子が決まれば、結晶構造も決まる。 基本構造とは一つの「格子点」に付随する構造である。ここで、格子点とは周囲の環境が同一である点のことをいい、特定の原子の位置には限られない[1]。 また格子点は並進操作により無限に再現され、「格子」を作る。 格子点を結んだ領域で、適当な並進操作を繰り返すことで全空間を埋め尽くすことのできるものを「単位格子」と呼ぶ（「単位」という名前がつけられているが、いくら大きくてもいくつ格子点を含んでいても構わない）。 単位格子の中で格子点が頂点だけのもの、つまり格子点を平均で1つ含むような単位格子を「基本単位格子（または単純単位格子）」と呼ぶ。 結晶格子
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Swiss PDB Viewerについて
できます． 普通はホモロジーモデリングということをやります． 以下，私が学生時代に作ったマニュアルの一部です． 参考になればよいのですが・・・． 1. モデリングしたいタンパクの一次構造データのFASTA formatを入手する ． FASTA formatは，配列既知のタンパクならSWISS-PROTでダウンロードでき る．未知のタンパクでも同様のフォーマットでテキストファイルにすれば 利用可能． 2. 立体構造のテンプレートとなるタンパクのPDBファイルを入手する． 上で得た一次構造のアミノ酸配列をSWISS-MODEL Blast ( http://www.exp asy.org/swissmod/SM_Blast.html )で検索すると，一次構造で相同性を有 し，かつ三次構造が解明されているタンパク質を見つけ出すことが出来る ． 3. 一次構造データを開く． Swiss PdbV
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Dr. Feller Webpage
Structural and kinetic modeling of an activating helix switch in the rhodopsin-transducin interface
Receptors - getting the message across
Molecular tinkering of G protein‐coupled receptors: an evolutionary success | The EMBO Journal
Squid rhodopsin
Crosstalk in G protein-coupled receptors: Changes at the transmembrane homodimer interface determine activation — PNAS
Structural role of bacterioruberin in the trimeric structure of archaerhodopsin-2 - PubMed
Online Structure Alignment Resources
Molecular basis of transmembrane signalling by sensory rhodopsin II–transducer complex - Nature
Adrenergic receptor - Wikipedia
http://www3.interscience.wiley.com/journal/107642864/abstract)
Constraint (computational chemistry) - Wikipedia
Identification of two distinct inactive conformations of the β2-adrenergic receptor reconciles structural and biochemical observations
Helix movement is coupled to displacement of the second extracellular loop in rhodopsin activation - Nature Structural & Molecular Biology
A Ligand Channel through the G Protein Coupled Receptor Opsin