tSNEであそんでみた - ノンコーディングRNAネオタクソノミ
ここのところ発生生物学界隈では1細胞解析が大ブームです。「マウスの初期胚完全に理解した」みたいなサイトも整備されてきて、その勢いとどまるところを知らず。「細胞ばらしてクラス分けしただけで何が嬉しいの？」とか言ってる口の悪い人もいるようですが、「ス、スゲエ、、、」というのがやはり多くの人にとっての第一印象ではないかと思います。で、この一細胞解析で必ずと言って出てくるのがtSNE解析。膨大な遺伝子発現のデータから、この細胞は似ている、この細胞は似ていない、と、二次元プロット上に可視化することができる解析法になります。専門的には「次元下げ」というみたいですが、これ、eCLIPのデータで使ってみたらいろんな転写産物を細胞タイプみたいに分類できるかも？ということで、こちらの記事を参考に、ちょっと遊んでみました。 eCLIPはご存知の通り、多数のRNA結合蛋白質がどのRNAに結合しているのかを調べたデ
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