【Edward】MCMCの数学的基礎からStochastic Gradient Langevin Dynamicsの実装まで - Gunosyデータ分析ブログ
こんにちは。初めまして。 データ分析部新入りのmathetake(@mathetake)と申します。 先日個人ブログでこんなエントリを書いた人です: mathetake.hatenablog.com そんなこんなでTwitter就活芸人(?)として活動(?)してましたが、これからは真面目に頑張っていこうと思います。 今日はみんな大好きベイズモデリングおいて、事後分布推定に欠かせないアルゴリズム(群)の一つである*1 マルコフ連鎖モンテカルロ法(Markov chain Monte Carlo) 通称MCMCに関するエントリです。より具体的に、 MCMCの意義(§1.)から始め、マルコフ連鎖の数学的な基礎(§2.,3.,4.)、MCMCの代表的なアルゴリズムであるMetropolis-Hastings法(§5.)、その例の１つである*2Langevin Dynamics(§6.)、そして(僕
メレ子の生前葬 Mement Mori Journey to Ghana
このプロジェクトは、現在メレ山が亜紀書房のWebサイト「あき地」で執筆している連載「メメントモリ・ジャーニー」のサブ企画です。 メメントモリ・ジャーニーは、旅を通じて死について考える連載です。全15回の連載終了後、書籍としてまとめ、2016年夏頃の出版を予定しています。 旅と死について書いていくうちに西アフリカ・ガーナの装飾棺桶への興味が高まり、棺桶工房に取材するだけではもの足りないと思うようになりました。 「自分自身の棺桶をオーダーしたい」というのは、最初は冗談に近い思いつきでした。自分の棺桶を常にそばに置き、残りの人生をどう後悔しないように生きるかを考えるためのフックとしたい、という気持ちがだんだん強くなってきたのです。 しかし、現実的には西アフリカへの渡航費・輸送費なども含め、多額の費用がかかります（一部は出版社から負担していただけるものの、自己負担額が100～130万程度かかる見通
ggplot2再入門 - Cybozu Inside Out | サイボウズエンジニアのブログ
ドーモ、インフラチームの湯谷（@yutannihilation）です。 サイボウズ社内では活発に社内勉強会が行われています。そんな社内勉強会のひとつ、Rと統計の社内勉強会で発表したグラフ描画ツール「ggplot2」についての資料を公開します。 ggplot2再入門 from yutannihilation www.slideshare.net （アニメーションを省略したので少し見づらいスライドもあります。ご容赦ください） Rと統計の社内勉強会について Rと統計の社内勉強会は、マーケティングや開発など様々な部署のデータ分析に興味がある人が集まって始まった勉強会です。なんだかんだでもうかれこれ2年ほど続いています。 毎週一回昼休みに集まって、統計に関する本を輪読したり、統計に関連する話題を持ち寄って発表したり、統計的なマサカリが飛んで来たりします。 私は統計のことがあまり分からないので、こうい
可視化で理解する「負の二項分布」 - ほくそ笑む
みどりぼんでカウントデータの過分散対策のために使われると書かれている負の二項分布ですが、Wikipediaの説明を読んでもよく分かりません。 そこでおススメなのが、このスライドです。 負の二項分布について from Hiroshi Shimizu ようするに、負の二項分布は、 がガンマ分布に従うようなポアソン分布だと思えばだいたい OK みたいです。 今日はこれを可視化してみます。 負の二項分布(Negative Binomial Distribution) 負の二項分布はパラメータを 2つ持ちます。成功回数を表す と成功確率を表す です。 統計言語 R には負の二項分布に従う乱数を生成する関数 rnbinom() があり、これらのパラメータはそれぞれ引数 size と prob に対応しています。 したがって、, の負の二項分布は次のようにして描画できます。 negative_binom
もうGitは怖くない： 自信を持って使いたいあなたへ - 檜山正幸のキマイラ飼育記 (はてなBlog)
2014初頭に書いた「WindowsにおけるGit利用環境は整った： Git for Windows と SourceTree for Windows」の最後の文： ブランチは、Gitのなかで最も重要でありながら最も分かりにくい概念でしょう。表面的な言葉に騙されず、先入観を持たず、SourceTreeの視覚的表示（樹形図）の力を借りながら学習するのが、理解への一番の近道です。 そんへんの詳しいことはまたの機会に述べるかも知れません。 1年半以上たってしまいましたが、「またの機会」がやって来ましたよ。ええ、Gitの説明をします、ブランチを中心に詳しく。 「基礎編」と「ブランチ編」で2回に分けようかと思ったけど、長大な記事として一挙公開。これからGitを使う人が対象ではありません。Gitが何をやっているのか、自分が何をやっているのかイマイチ自信が持てない方向けです。 ブランチやマージって、なん
静音系ファンクが揺さぶるものは
静音系ファンクってなんだ？って話ですが、ファンクをあれこれ聴いていると、アッパーに持って行かない曲を耳にすることがあります。 数は多くないけど。 個人的にそうした曲を静音系とかダウナー系、あるいはイントロ曲って呼んでいます。 ヒタヒタとした感触の抑制されたリズム、デリカシーのあるホーンアレンジ、スペイシーなシンセ類、象徴的なフレーズを執拗に繰り返すメロディ楽器類。そうしたもので構成される静かでダウナーな雰囲気を持つ曲。 あるいは、今にもはじけ飛びそうなテンションをぐっと抑え込み、ひたすら熱をため込んでいく長い長いイントロのような曲。 それらは、ガツンとぶつかってくるのではなく、静かに体に注ぎ込まれ、内側からおれの体の中にある"動物/生物としての何か"を強烈に揺さぶるわけです。ファンクはもともとそうした部分を刺激する音楽ですが、これらはダイレクトに内面にリーチしてくるため、ファンクのコアを感
ISISについて：池内恵と対談
イスラム国躍進の構造と力 『公研』2014年10月号 「対話」 池内恵 VS 山形浩生 山形：イスラーム国の人たちの言動や行動を見ると、ずいぶんと前近代的で昔に戻ったかのような印象を受けます。その一方で彼らの意識には、中東の民主化への動きとも言える「アラブの春」が大きく関係しているのだと思います。池内さんは今回のイスラーム国の登場と「アラブの春」の関係をどのように捉えていらっしゃいますか。 池内：「アラブの春」が一回りしたことで中東地域に生まれた環境は、イスラーム国にとって非常に都合の良いものになりました。その環境と言うのは、中央政府の揺らぎ、弱体化であり周辺領域の統治の弛緩です。そこに、元来イスラーム国が依拠するイスラーム過激派の戦略論がぴたりと合わさった。９・１１テロに対して、アメリカは大規模な対テロ戦争を展開し、イスラーム過激派は軍事的にも情報的にも経済的にも追い詰められました。それ
ハッチポッチステーションの替え歌のレベルは異常 - まつたけのブログ
君は小宇宙（コスモ）を感じたことがあるか！？ 僕はない！でも僕は知っている、ハッチポッチステーションというかつて一世を風靡した伝説の教育番組の素晴らしさを！（毎回ビデオに録画してた）そしてグッチ裕三というたしかな芸歴を誇りながらもいまだ誰もその真価に気づいてはいない一人の孤高の天才の替え歌の異常なほどの素晴らしさを！ 僕は今こそ知ってほしい！ハッチポッチステーションの面白さを！そしてグッチ裕三という稀代の天才の替え歌の素晴らしさを！小宇宙（コスモ）なんて感じてる場合じゃねえぞ目ぇ覚ませ！ 君はハッチポッチステーションを見たことがあるか！？ ハッチポッチステーションという番組の紹介及びその素晴らしさについてはいくら語っても語り尽くせないので割愛。いくら言葉を尽くしても語り尽くせないことってあると思うんだ、まるであの日の俺たちみたいに。 だから俺たちはぬるいビールで乾杯してバカ騒ぎして笑い合う
ジャズは古臭いと思ってるあなたに捧げる10曲
今この増田を読んでるあなたは、「ジャズ」、と聞いたとき、何を思い浮かべますか。 十中八九、そこらへんのファーストフード店や喫茶店で流れている、”おしゃれ”な音楽を思い浮かべるでしょう。あるいは、スウィングガールズ効果で、吹奏楽界隈でも一時期流行ったSing Sing Singのような曲も、頭の中で流れるかもしれません。 これは、まさにそうした人々のための増田です。広いジャズ世界の中でも極々一部の曲を聴いてジャズを知った気になる、あるいはジャズはどこか古いものだと思ってしまう、これほどもったいないことはありません。 前置きが長くなりますが、以下から本題です。動画サイトへのリンクも張っておいたので、気に入った方は今後のジャズ界の振興のためにもAmazonなりiTunesなりなんなりで高音質のものを買ってください。 "Not Yet" by Michle Camilohttp://youtu.b
Does screening for disease save lives in asymptomatic adults? Systematic review of meta-analyses and randomized trials
Does screening for disease save lives in asymptomatic adults? Systematic review of meta-analyses and randomized trials 1Stanford Prevention Research Center, Department of Medicine, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA, USA 2Department of Health Research and Policy, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA, USA and 3Department of Statistics, Stanford University School of
ダメな統計学：目次｜Colorless Green Ideas
2017年1月20日追記：『ダメな統計学――悲惨なほど完全なる手引書』という本が出版されることになった。この本は、ここに掲載されているウェブ版の『ダメな統計学』に大幅に加筆したものだ。ウェブ版の『ダメな統計学』を読んで興味を持った方は、書籍となった『ダメな統計学』をぜひ読んでいただければと思う。書籍版の詳細については「『ダメな統計学――悲惨なほど完全なる手引書』の翻訳出版」という記事をご参照願いたい。 ここに公開する『ダメな統計学』は、アレックス・ラインハート (Alex Reinhart) 氏が書いたStatistics Done Wrongの全訳である。この文章は全部で13章から構成されている。詳しくは以下の目次を参照されたい。 はじめに データ分析入門 検定力と検定力の足りない統計 擬似反復：データを賢く選べ p値と基準率の誤り 有意であるかないかの違いが有意差でない場合 停止規則と
とある農薬のはなし「クロロタロニル」について | Chem-Station (ケムステ)
一般的な話題 とある農薬のはなし「クロロタロニル」について 2014/11/17 一般的な話題, 化学者のつぶやき 農薬 コメント: 0 投稿者: Tshozo 【2014年11月18日・意味上 問題のある部分を削除し（『（クロロタロニル）原液をぶちまける』）、細かい表現を見直しました 申し訳ありません】 Tshozoです。今回、少し気になった材料がありましたので紹介いたします。 気になったという材料は、下の材料。「クロロタロニル(正式名称2,4,5,6-tetrachloroisophthalonitrile)」というものです。 クロロタロニルとは 正直この材料、見た目には健康的にはあんまりいい印象を受けません。Cl付いてるし、CN付いてるし。少しでも合成をかじった方なら普通下水に捨てたりする気は起きない代物でしょう。で、何に使うのか。結論から言うと、農薬の一種です。R. Carson著
シングルアームの生存率解析デザイン - r-statistics-fanの日記
生存曲線のシングルアーム試験 知り合いが試験を計画しているようだ。 なお、結局関係各所を通すには大学の統計家のcheckが 必要とのことで、素人の私など出る幕はない。 しかし、興味があるのでやってみる。（もともと興味だけで動いている） ２アームならば、色々関数も知っているし、シミュレーションの スキルも磨いており、およそ考えられるデザインには何でも 対応できるだろう。 しかし、historical controlに対する１アームは、よく考えたら 試したことさえ無い。 すぐに出来るかと思ったら、数時間かかってしかも、Webと 結果が合わない。なんかおかしい。 結局、まあ、手法の違いということで理解した。 結論から言うと、必要なNの数は Crabの the parametric exponential estimates＜＜＜exact binom ＜ Kaplan-Meier surviva
生存曲線下面積RMST(Restricted mean survival time)～比例ハザード性が仮定できない生存曲線での代替手法 - r-statistics-fanの日記
生存曲線下面積RMST(Restricted mean survival time)というのを聞いた。 論文の多くは田舎病院では入手できなかったが、下記は読めた。 Royston, P. & Parmar, M.K., 2013. Restricted mean survival time: an alternative to the hazard ratio for the design and analysis of randomized trials with a time-to-event outcome. BMC medical research methodology, 13(1), p.152. Uno, H.他, 2014. Moving Beyond the Hazard Ratio in Quantifying the Between-Group Difference
マーケットバスケット分析による検索キーワードのグルーピングと視覚化 - 廿TT
検索キーワードを分類して整理したい Google アナリティクスの検索キーワードレポート、そのまま全部見るのは大変なので、なんらかの方法で要約したい。 セッション上位10件を見ると、「割れ窓理論」系のワードと「cd 収納術」系のワードに分けられそうな感じがする。 検索キーワードをどう分類するか、いろいろな方法が考えられると思う。 （正直、〇〇分析とかやるよりも grep 文字列マッチングで地道に集計したほうが手堅く有益な気がしなくもないが…… → ブランド指名系検索キーワードの構成比を図示（R + Google アナリティクス） - 廿TT ） ここではアソシエーション分析（マーケットバスケット分析）をやってみる。 マーケットバスケット分析とは、よくある「この商品を買った人はこんな商品も買っています」というあれだ。 この分析手法は、ある商品とある商品が買い物カゴに入る同時確率を推定して、設
日本は、LGBTの取り組みが遅れている――国会議員へのLGBT施策インタビュー/谷合正明参院議員（公明党）×明智カイト - SYNODOS
日本は、LGBTの取り組みが遅れている――国会議員へのLGBT施策インタビュー 谷合正明参院議員（公明党）×明智カイト 政治 #LGBT#いのち リスペクト。ホワイトリボン・キャンペーン 谷合正明参院議員は「性同一性障害に関するプロジェクトチーム（PT）」の座長として中心的な役割を果たしてきました。インタビューを通して見えてきたことは谷合正明参院議員が性同一性障害にかぎらず、いろいろなマイノリティの人たちに光を当てていくのが政治家の使命だと考えていることです。そして、多様性の共存が図れるよう、共生社会を創るために努力されている姿でした。LGBTの取り組みについても期待したいと思います。（明智カイト） マイノリティの法制度に関心を持つ議員は少ない 明智 ではまず自己紹介をお願いします。 谷合 公明党所属の参議院比例区選出の議員です。岡山市在住で、おもに中四国地域を中心に活動しています。参院議
創られた「野生の王国」セレンゲティ――自然保護と地域住民の受難/岩井雪乃 - SYNODOS
タンザニアのセレンゲティ国立公園は、アフリカでもっとも有名な自然保護区の一つである。四国と同じ面積をもつ広大な平原では、360度の地平線の上をゾウ、ライオン、キリンなどの大型動物が闊歩し、その姿を求めて観光客が世界中からやってくる。中でも有名なのは、100万頭のヌーが生息することである。「ヌーの大群が川に向かって飛びこむシーン」はテレビの自然番組でおなじみであり、たいていの場合ナレーションは、「人間の存在しない野生の王国」としてセレンゲティを紹介する。 しかし、そのイメージは、実は私たちを含む先進国の人間が勝手に創ったものなのだ。セレンゲティが国立公園になる以前は、周辺に暮らす複数の民族がこの地域を利用しており、人びとが行き交う「人間の大地」だった。「野生の王国セレンゲティ」「稀少動物の最後の楽園」といったイメージは、地域住民を強制的に移住させた上で創られたものなのである。 先進国では「善
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「内積が見えると統計学も見える」第5回 プログラマのための数学勉強会 発表資料
https://www.jstage.jst.go.jp/article/nenpouseijigaku/59/2/59_2_276/_pdf
温暖化科学論争への応用哲学的視点 : HUSCAP