Taverna - Apache Incubator
Taverna is a domain-independent suite of tools used to design and execute data-driven workflows. 2018-07-18 Retired 2 legacy git repos (INFRA-16698) 2018-02-26 New PPMC member: Sagar 2018-01-17 Release: taverna-server-3.1.0-incubating 2016-12-01 New mentor: Stian Soiland-Reyes 2016-10-20 New committer: Rajan Maurya 2016-10-20 New committer: Sagar 2016-09-20 New committer: Thilina Manamgoda 2016-07
Computational Research and Development
Welcome to the Computational Research and Development Group (CRD) homepage. We are part of the Genome Sequencing and Analysis Program at the Broad Institute. This site presents tools we have developed for genome assembly and variant detection. We thank the National Human Genome Research Institute and National Institute of Allergy and Infectious Diseases for supporting the development of these tool
Savant Genome Browser
The Savant Genome Browser is a desktop visualization tool for genomic data. It was primarily developed for visualizing high throughput (aka next generation) sequencing data, although it can be used to visualize virtually any genome-based sequence, point, interval, or continuous dataset. The program was written by Marc Fiume, Vanessa Williams, and Andrew Brook of the Computational Biology Lab at Un
Structural type system - Wikipedia
This article needs additional citations for verification. Please help improve this article by adding citations to reliable sources. Unsourced material may be challenged and removed. Find sources: "Structural type system" – news · newspapers · books · scholar · JSTOR (July 2011) (Learn how and when to remove this template message) A structural type system (or property-based type system) is a major
Whole genome alignment howto - genomewiki
2018 UPDATE NOTE This page is an interesting historical discussion and well worth the read. HOWEVER, please note, the UCSC tool chain command: DoBlastzChainNet.pl can now perform this entire sequence of events in your environment with your selected genome sequences. doBlastzChainNet.pl The procedure described here is for a lift over construction between two different species genomes. There is a di
FASTQ format - Wikipedia
FASTQ format is a text-based format for storing both a biological sequence (usually nucleotide sequence) and its corresponding quality scores. Both the sequence letter and quality score are each encoded with a single ASCII character for brevity. It was originally developed at the Wellcome Trust Sanger Institute to bundle a FASTA formatted sequence and its quality data, but has recently become the
次世代シーケンサー お悩みカウンセリング
次世代シーケンサーでは様々な解析が可能です。次世代シーケンサーの種類により有効リード長や一回に出力できるリード数は大幅に異なります。また、解析の種類によりリード長の影響が大きいものや、リード数が多い方が望ましい場合があります。下の図はそれらの関係を示すものです。（注意：下図は一般的な傾向を示すものであり、解析結果の品質などを保証する情報ではありません） 解析手法は日進月歩で進化しており一概には論じられませんが、たとえば、GS FLX TitaniumTMはリード長が400bpと比較的長いため、de novoアセンブルに適していると言えます。ただし、GS FLX TitaniumTMとIllumina Genome AnalyzerTM IIx や従来のSanger法のリードを組み合わせてゲノムを解読するハイブリッド法も開発が進められており、GS FLX TitaniumTMだけでde no
次世代シークエンサ(NGS)解析で使われるソフトの簡単なまとめ - Loud Minority
2010/5/25．EST assemblerのViewerに関して追記 2010/6/9. ちょいちょい追記しています． 2010/7/26. ちょいちょい編集しました． 少し調べたのでまとめを晒してみる．比較的よく使われて沿うなソフトをまとめてみました．既に解析をガシガシやられている先人の方から，こんなソフト使ってるよーとか，そんなん使わん，とか突っ込み歓迎です．あとソフトが見つからないところが有るので，補完コメントいただけると助かります． 主に2つの用途があると思います． ゲノム配列既知の種にNGSで読んだshort readをmapping ゲノム配列未知の種からNGSで読んだshort readのESTをアセンブル (注)NGSの機材のメーカーIllumina/SOLiD/454によっても利用できるソフトウエアが変わります*1が，以下では一緒くたにして書いてあるので注意してくださ
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定兼 邦彦 - 資料公開 - researchmap
Genome sequence assembly primer
Novocraft.com: Novocraft
生物情報科学科 情報基礎実験 ３年生冬学期 10/26 – 11/5 （森下研究室担当）
Current release of Repbase Update - GIRI
Publications - The MarthLab
Site not found
https://hgwdev.cse.ucsc.edu/~kent/src/unzipped/hg/doc/liftOver.txt
clustalw
東京大学理学部 生物情報科学科
SNPs in high LD
GATK