慶応大、SBMLに完全準拠した待望の生化学シミュレータの開発に成功
慶應義塾大学(慶応大)は4月18日、システム生物学の計算モデルを表現するためのXMLベースの記述言語「Systems Biology Markup Language(SBML)」に完全準拠した生化学シミュレータ「LibSBMLSim」の開発に成功し、現在1000種以上あるというSBMLで書かれた生化学反応の数理モデルを利用し、シグナル伝達、代謝、細胞周期、生体リズム、免疫、がんなどの細胞のさまざまな現象のシミュレーションが可能となったと発表した。 成果は、同大 理工学研究科 修士課程2年の瀧沢大夢氏(当時)、同・1年の中村和成氏(当時)、同・2年の田平章人氏(当時)、同・1年の松井達広氏(当時)、同・生命情報学科4年の近原鷹一氏(当時)、同・理工学部の広井賀子専任講師、同・舟橋啓准教授らの研究チームによるもの。研究の詳細な内容は、4月5日付けで英国科学誌「Bioinformatics」に掲
JSでアメーバのシミュレーション作ってみた | fladdict
jsでアメーバのシミュレーションを作ってみるなど。ブラウザで5分ほど放置しておくと自然淘汰でなんか生まれます。要HTML5環境(iPhoneだと重すぎる)。 スケッチの製作環境を、Flashからprocesing.jsに移動しようかなぁというテスト。「x‐DESIGN――未来をプロトタイピングするために」の一章を読んだら、なんか無性になにかを作りたくなったので、作ってみた。 processing.jsライブラリの勉強に、アメーバのシミュレーションを作成。 今までJavaScriptでのスケッチには、creative.jsを使ってたんですが、簡単なスタディにはprocessingのほうがいいかもしれない。 Daniel ShiffmanのFlockingとかを脳内イメージしながら、適当に書いてみた・・・はずが完成したら別物に アメーバは、細胞が単体のうちはブラウン運動する程度しかできない。と
大学院シミュレーション学研究科 | 兵庫県立大学
Graduate School of Simulation Studies シミュレーション学研究科 シミュレーション学研究科は、スーパーコンピュータ「京」が神戸ポートアイランドに設置されるのに合わせて、大学院修士課程として2011年4月に開設されました。本研究科ではシミュレーションを単なる道具ではなく、１つの学問体系として「シミュレーション学」を提唱しています。この新しい分野を自分自身の力で切り拓いていこうとする意欲ある人が参加しています。 本研究科のディプロマポリシー・カリキュラムポリシー・アドミッションポリシーはこちらです。 新入生・在校生の皆様へ 新型コロナウイルスに伴う情報など、最新の情報については 情報科学研究科のサイト をご覧ください。 お知らせ： 博士論文・修士論文の発表会が 2023 年 2 月 10 日（金） に開催されます。 修士論文の発表会が 2022 年 9 月
rubyで3D物理シミュレーション - urekatのスカンク日記３
rubyからODEを使えるようになったのでとりあえずうp。 http://ssktkr.com/ode-ruby5.tgz こんなソースで3Dシミュレーションできます！ require "ode" require "draw_stuff" require "pp" require "dl" $world = Ode::World.new $world.gravity = [0.0, 0.0, -0.2] # 重力設定 $space = Ode_lib.dHashSpaceCreate(nil); # 衝突用空間の創造 $contactgroup = Ode_lib.dJointGroupCreate(0); # ジョイントグループの生成 $ground = Ode_lib.dCreatePlane($space, 0,0, 1.0, 0.0); # 平面ジオメトリの生成 def rand_
zunda framework - neuron simulator
zunda frameworkは，コンダクタンスベースの神経細胞モデルを構築し4次のルンゲ・クッタ法またはオイラー法でシミュレーションできるようにするフレームワークです。このフレームワークはC#で書かれていて.NET Frameworkで実行されます。 モデルの構築にはこのフレームワークで定義されているクラスを継承することで新しい細胞を定義し，いくつかのイオンチャネルやシナプスを追加します。それぞれのチャネルの特性やシナプスの特性はプログラミング上で数式などで定義します。 ライセンス ライセンスは，zlib/libpngです。日本語訳。 ダウンロード zunda framework プロジェクト本体（サンプル付き） zundaframework.zip チュートリアル Hodgkin Huxley モデル リファレンス zunda framework API Referenceをご覧くださ
による数値計算 - Google 検索
コンピュータによる数値計算法のロングセラーテキストです． 【本書の特長】 ・基礎的な事項を簡潔に説明． ・例題を手計算で解くことで，計算の流れを身につける．
Ajax/Railsを用いた大規模 シミュレーションコードの Web化
Loading… Flash Player 9 (or above) is needed to view presentations. We have detected that you do not have it on your computer. To install it, go here. Ajax/Railsを用いた大規模 シミュレーションコードの Web化 - Presentation Transcript Ajax/Railsを用いた大規模 シミュレーションコードの Web化 江本雅彦＠核融合科学研究所 共同研究のための環境整 備 共同研究者の為の基盤整備 共同研究者が、遠隔地からLHD実験に参加しや すいように、環境整備を進めてきた。 計算サーバ データーベース 生データ表示 基本設計 対象ユーザ = 短期滞在の共同研究者 LHDの実験システムを常時使用して
松本 眞氏特別講義 「間違いだらけの擬似乱数選び」
■ 略歴 ■ 松本 眞 （まつもと・まこと） 昭和 62年 東京大学理学部情報科学科 卒業 平成 1年 東京大学大学院理学系研究科修士課程（情報科学専攻）修了 東京大学大学院理学系研究科第一種博士課程（数学専攻）進学 平成 2年 同 中途退学 平成 2年 京都大学数理解析研究所助手 平成 7年 慶応大学理工学部専任講師 平成 9年 ドイツ マックス プランク数学研究所滞在研究員併任 平成 10年 フランス ニース大学数学科招聘講師併任 慶応大学理工学部助教授 平成 11年 九州大学大学院数理学研究科助教授 アメリカMSRI数理科学研究所滞在研究員併任 平成 12年 京都大学総合人間学部助教授 受賞 Institute of Combinatorics and its Applications: 1997年度 Kirkman Medal (1999年3月受賞) 日本数学会建部賢弘賞 (19
MASコミュニティ - 構造計画研究所
社会などの複雑系を分析できる手法「マルチエージェント・シミュレーション(MAS)」について紹介し、 「artisoc」でシミュレーションを体験できるサイトです。 ぜひ複雑系の素晴らしい世界を体験し、ご自身で構築してみてください。
Fenrir's BLog: リアルタイム gnuplot
計算結果を結果が出次第、流れるようなグラフにしたい、そんなことがありました。そこでプログラムとグラフ描画ソフトのgnuplotをつないで、リアルタイムでグラフをかけないかということを考えてみました。 gnuplotへはパイプという方法で外部のプログラムからコマンドを流し込むことが可能です。 *NIXではpopen(プログラムパス、開くモード)、Windowsでは_popen(プログラムパス、開くモード)という関数を実行すると、指定したプログラムが起動し、かつそのプログラムへのパイプが開かれます。パイプといっても、関数の実行結果はファイルへのポインタ(FILE *)なので、あとはこれに対して指定したプログラムに送りたいデータをfprintfあたりで流し込んでやればOKです。終了したらpclose(*NIX)または_pclose(WIndows)でパイプを閉じましょう。 今回はプログラムパスが
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ローレンツアトラクタ (The Lorenz Attractor)
— ローレンツアトラクタを描画する, あるいはそれに類似することをするときのために. — ソースコード l1.c /* ローレンツ方程式のカオスのストレンジアトラクタを描く. */ /* ** ローレンツ方程式の説明についてはlorenz.hのコメント文を参照せよ. ** アトラクタとは時間とともに体積が縮小する散逸力学系において ** 過渡状態経過後の定常状態のことである. ** カオスのアトラクタを特に, ストレンジアトラクタト呼ぶ. ** 常微分方程式の数値計算にはルンゲクッタ法を用いた. ** ルンゲクッタ法の説明についてはrk.hのコメント文を参照せよ. ** 描画にはgnuplotを用いた. ** このプログラムはlinuxで動作確認している. */ #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include "rk.h" #include
数値計算 - MacWiki
数値計算ライブラリ[編集] ATLAS[編集] Automatically Tuned Linear Algebra Software (ATLAS) http://math-atlas.sourceforge.net/ https://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=23725 Absoft Fortran には、ATLAS の 64bit 版が付属しているそうです。 http://www.hulinks.co.jp/software/pf_mac/section01.html Bayes++[編集] Bayesian Filtering Classes for C++ Kalman filter や各種の非線型フィルタの数値計算ライブラリ http://bayesclasses.sourceforge.net/Bayes++
Tips for the Numerical Computation using GNU/Linux
この上限の値を超過すると数値計算上は無限大と扱われてInfとなります． (上記の記述はSun Forte Developerのマニュアルの「数値計算ガイド」を参考にしました．) (発生場所の特定方法) InfやNaNが発生する場所を特定したい． 演算の結果が上記のInfやNaNとなる時の検出のために SigFPE(Floating Point Exception, 日本語では演算例外もしくは浮動小数点例外) というシグナルがあるのですが，数値計算を行う上では不合理なことに， デフォルトでは演算例外が起こってもSigFPEを発生せずに計算が続行されます． そのため，InfやNanの発生場所の特定のためには， 演算例外でこのSigFPEが発生するようにすればよいことになります． (すると，Kernel側でシグナルを検出してプログラムが停止します．) しかし，デバッグのためにプログラムをわざわざ
神経活動を微分方程式で表してみよう
脳には様々なタイプの神経細胞が存在しています。タイプによって細胞体や神経突起の形が異なったり、発現しているたんぱく質（マーカー蛋白）が異なったりします。そして何より重要なことに、発火のパターンが異なります。 神経細胞の挙動を模倣するモデルを設計するとき、できる限り簡単な数式で、かつ、できる限り多彩な挙動を示すモデルが望まれます。2003年にユージン・イジケヴィッチ（Eugene M. Izhikevich）が提唱したモデルは、計算負荷の軽減と挙動の多様性において、理想に近い数理モデルです（欠点は数式に電気生理学的な意味を見出すのが困難(?)なことでしょうか）。ここではそのモデルを取り上げたいと思います。 ここで使われる数式は４つの変数（v, t, I, u）を含む簡単な常微分方程式（ODE）です。二つの式で成り立っていますので、いわゆる連立線形常微分方程式と呼ばれるタイプになります。 一つ
Ruby for Science
Ruby for Scientific Computing Rubyで科学計算する例の紹介です。事例追加をお待ちしています。 カテゴリは後で調整するかもしれません。-masa *1 *2 *3 *4 *5 Ruby科学計算関連総合 SciRuby - Since June 2005, by Ara T. Howard. るびま0006 Ruby Library Report [第5回] 数値計算と可視化 - 著者： 堀之内 武 各分野での利用 Mathmatics - 数学 Algebra - 計算代数 Polynominal - by 児玉さん Algebra - by 原さん - 多変数多項式環のグレブナ−基底の実装。 Ruby Mathematica - MathematicaへのRubyインタフェース。 「プログラミングのための線形代数」 - 平岡和幸著 Earth Science
【オブジェクト工房】第 1 弾 ライントレーサ・シミュレータ
1. はじめに 本連載はライントレーサをシミュレートするアプリケーションを作成する過程でどのような分析・設計・実装を行うか、実践を通じてまとめたものです。前編では、ライントレーサ・シミュレータ（*1）の分析を「どんなシミュレータを作成するか」という視点から説明しました。中編では、「どうやって目的を達成するか」という視点から設計について説明します。 本記事では、設計を行う際の入力として UML による分析モデルを用い、どのように設計モデルにマッピングさせていくかについて触れます。 対象となる読者としては、業務や研究などで設計・実装を行っている方を想定しています。 特に、分析工程での成果物を、設計工程の成果物に変換する際に何を手がかりにすればよいのか迷う方、日々の設計作業で設計判断の根拠に自信が持てない方を対象としています。また、実装者の方（設計を受け取って実装をする方）ですが、受け取った設計
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