Bioinfo ComicsAuthor: Shun Kodate kodate [at] sb.ecei.tohoku.ac.jp Website Twitter この 作品 は クリエイティブ・コモンズ 表示 - 非営利 - 改変禁止 4.0 国際 ライセンスの下に提供されています。 気軽にひとこと コマンド一覧（コピペ用）
なぜバイオインフォマティクスの解析はタダではないのか - こんな時間ですがパスタを茹でます
この記事は Why Bioinformatics Analysis Is Not Free - MassGenomics http://massgenomics.org/2015/10/ngs-analysis-not-free.html の日本語訳です。ところどころ意訳していますが、主旨は変えていません。 This article is translated from “Why Bioinformatics Analysis Is Not Free - MassGenomics” http://massgenomics.org/2015/10/ngs-analysis-not-free.html . I would like to thank Dan for his great and important blog post! == NGSの発展は遺伝学の分野にとって大きな助けになってい
オオカミ少年 | kahoの日記 | スラド
STAPの話題は＃５で最後にと述べましたが，少しだけ追加する必要ができましたので補足を． 聞く所によると犯人探しのようなことが起きているようでとても残念です． 今回私が投稿した内容は，神戸でNGS解析を担当した研究者を批判するものでは全くありません． アップロードされたデータや解析内容から伺えることは，彼らは言われたデータをただとって，言われたように解析したのだろうということです． 外部に対してはプロジェクトの一員としてある程度の責任はあると思いますが，内部的には被害者という側面もあると思っています．恐らくサンプルの細胞名すら聞かされていなかったのではないでしょうか． 本当に彼らが不正な論文に加担しようとしていたのだとしたら，アップロードするデータをいくらでも加工出来たはずですが，ごく正直に，きれいなデータ（このおかげでかなり助かりました）を提供したというのが生データを見た私の印象です．
新しいバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU」を開発 | 理化学研究所
新しいバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU」を開発 ―ゲノム上の数千もの転写活性を視覚化、解析し、データを共有― ポイント 複雑なゲノム機能解析システムをWeb上で実現 バイオインフォマティクスの専門家以外でも直感的に操作可能 小規模の研究室でも大規模データセットの比較研究が容易に 要旨 理化学研究所（理研、野依良治理事長）は、ゲノム配列のデータ解析とゲノムブラウザ[1]が連動したバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU（ゼンブ）」を開発しました。ZENBUは誰でも無償で利用でき、次世代シーケンサー[2]から量産される大量の遺伝子発現情報の解析や視覚化、さらにはデータ間の比較を容易に行うことが可能です。これは、理研ライフサイエンス技術基盤研究センター（渡辺恭良センター長）機能性ゲノム解析部門（ピエロ・カルニンチ部門長）のアリスター・フォレストチームリーダー、ジェシカ・セヴェリン
SSBD: Systems Science of Biological Dynamics
http://ssbd.qbic.riken.jp/ has been obsoleted on 2020/12/24, but is accessible for backward compatibility. Please visit the new site https://ssbd.riken.jp/. Systems Science of Biological Dynamics database (SSBD:database) provides a rich set of open resources for analyzing quantitative data and microscopy images of biological objects, such as single-molecule, cell, gene expression nuclei, etc. Quan
Courseraでバイオインフォマティクスのオンライン授業がスタート - Wolfeyes Bioinformatics beta
トップレベルの大学の授業が無料で受けられるウェブサービス「Coursera」で，UCSDのバイオインフォマティクスのコースが10月からスタートする．Courseraでは初の英語で行われるバイオインフォマティクス分野のコースだ． Bioinformatics Algorithms (Part 1) | Coursera This course will cover some of the common algorithms underlying the following fundamental topics in bioinformatics: assembling genomes, comparing DNA and protein sequences, finding regulatory motifs, analyzing genome rearrangements, identif
ゲノマーと情報科学について(続き)
Masahiro Kasahara @mkasahara .@taroleo TL を見るに、パーソナルゲノムとか Illumina とか全ゲノムシークエンシングとかをビッグデータ的に話して、情報な人が、ACGTをテキストで使うとかどんだけ無駄、とか、シェルスクリプトで数百TBのデータ処理してるとか草不可避、みたいな流れだったくさい。 2013-08-26 13:14:16
バイオと情報科学の関係について
Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube ちょっと煽って言うなら「ゲノムの問題を理解して処理効率の良いプログラムを書ける人を雇うコスト＞＞＞プログラムなど書いたこと無いバイオの人に Perl で100倍遅いプログラムを書いて貰って実行するコスト」 2013-08-25 17:05:25 Masahiro Kasahara @mkasahara @hikita @dmikurube というか、そもそもゲノムの問題を理解してくれる人が希少なので、Google に行くようなハイレベル人材じゃぜんぜんなくていいのです。TopCoderで言えば青コーダーぐらいでいい。この業界、青コーダーならトップ2-3%ぐらいだと思う。 2013-08-25 17:10:34
バイオインフォマティクスによる遺伝子発現解析
GLMM in interventional study at Require 23, 20151219Shuhei Ichikawa
理研がゲノム解析を支えるシステムを報道陣に公開、「4日かかっていたものが2日に」
写真2●理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター機能性ゲノム解析部門ゲノムネットワーク解析支援施設の近藤直人施設長 独立行政法人の理化学研究所は2013年7月10日、ゲノム解析を支えるシステムを報道陣に公開した。理研では次世代シーケンサー（遺伝子解析装置）の導入で、飛躍的にデータ量が増えている。こうした「ビッグデータ」を保存するためのシステムの詳細を解説した。 理研のライフサイエンス技術基盤研究センターは、大学や製薬会社などに向けて、ゲノムデータの解析を受託するサービス「GeNAS」を運営している。今回は、この4月に稼働を始めたGeNAS用のデータ保存システムを公開した（写真1）。新たに導入したディスクストレージとテープストレージは、それぞれ300TB（テラバイト）と4PB（ぺタバイト）のデータを保存できる。 このシステムは、日本IBMの分散共有ファイルシステム「General P
バイオインフォマティクス人材に関するアンケート
バイオインフォマティクス人材に関するアンケート アンケートは終了いたしました。 たくさんのご応募ありがとうございました。 © Macromill,Inc. All Rights Reserved.
バイオインフォマティックス - チームラボ株式会社
統計確率的手法及びデータマイニングを応用した ”責任遺伝子同定システム”の理論構築 バイオインフォマティクスシステムの開発 大手電機メーカー・大手製薬会社と共同開発し、 疾患の原因となる責任遺伝子の同定システムの 理論構築及びコア部分の開発構築をしました。 今日、全世界でゲノムの解析が行われていますが、中でも疾患の原因となる遺伝子 （責任遺伝子）を発見し、その遺伝子操作を行うことによって病気を治すことは 課題の一つとされています。 膨大な遺伝子配列の中から、どの部分がどういう機能を担っているのかを 解析する手法はまだ確立していません。 弊社では現在、統計分野での豊富な知識を生かし、 大手電気メーカーと大手製薬会社との共同プロジェクトを進めています。 理論作成を担当し、多変量解析（確率統計の手法の一つ）を応用した 最先端の責任遺伝子同定補助システムを開発いたしました。 このシステムはクライア
DBCLS Galaxy メンテナンスのお知らせ ｜ DBCLS
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター Address 〒277-0871 千葉県柏市若柴178-4-4 東京大学柏の葉キャンパス 駅前サテライト6階 TEL. 04-7135-5508 （代表） FAX. 04-7135-5534 （代表） 〒411-8540 静岡県三島市谷田1111 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター W412 links 統合ホームページ DBCLS on YouTubeLive Japan alliance for Bioscience Information (JBI) データサイエンス共同利用基盤施設 情報・システム研究機構 バイオサイエンスデータベースセンター 文部科学省 © 2014 DBCLS, Licensed under Creative Commons Attri
藤博幸「はじめてのバイオインフォマティクス」「タンパク質機能解析のためのバイオインフォマティクス」: ホットコーナー
ブログ(iiyu.asablo.jpの検索) ホットコーナー内の検索 でもASAHIネット(asahi-net.or.jp)全体の検索です。 検索したい言葉のあとに、空白で区切ってki4s-nkmrを入れるといいかも。 例 中村(show) ki4s-nkmr ウェブ全体の検索 ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。 --- http://iiyu.asablo.jp/blog/2010/09/30/5377471 三中信宏「生物系統学」、計算分子進化学、ゲノム進化学の本も で、 --- ここから --- お、計算分子進化学というのもあるのね。あ、藤博幸先生だ。やはり、から んでるのか。 http://www.amazon.c
IBMがゲノムビジネスに本格参入するらしい
先日リリースされたニュースによると、IBMがゲノム解読ビジネスに本格参入する気らしい。 関係業界（うちの業界だけど）にとっては、結構インパクトがあるニュースだ。 一つ目はゲノム解析装置の開発で、ロシュと提携するというもの。 IBM to commercialize genome reading - BusinessWeek IBMは、ヒトゲノムを解読する低コストのデバイスを構築するために、医療機器メーカーのロシュと提携した事を6日に発表した。 「この技術が商業化されるまで、まだ10年以上かかるかもしれませんが、一度これが成れば、あらゆる医師に患者のゲノム構成を調べる低コストで迅速な方法を提供できるようになります」とIB研究所のコンピュータ生物学シニアマネージャー、Ajay Royyuruは語った。「ゲノム解読のコストは低下し、解読速度も早くなって来ていますが、そこにはまだコスト、解読速度、
生命情報学系論文誌の傾向と対策 - Loud Minority
幸せなバイオインフォマティクス研究生活を送るために、論文誌の傾向と対策です。 バイオインフォマティクス（生命情報学、生物情報学）分野は幅広い生命科学分野をカバーしているので雑誌によって傾向があります。その傾向をまとめてみました。円の大きさは、その雑誌に載ったときの社会的なインパクトの大きさです。バイオインフォ関係の論文が掲載される雑誌は数多ありますが、ここで選択したのは以下の基準で選びました。 生物実験無しでコンピュータ及び数式的な解析だけで載る可能性が有る 種や現象に偏りすぎていない（そのため遺伝学系の雑誌や植物など種を特定したものを省いてあります） ざっくりとした傾向として、 一般的なキャッチーさが求められる雑誌 Nature, Science, Nature系列(Biotechnology, Genetics, Methods), Cell(上記図に忘れています), PNAS 生物学
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