夏休みの初日、ハンドボール部に所属している琉花は、部活で友人とトラブルを起こし、夏休みの部活出入り禁止を命じられる。 暇な時間を持て余した彼女は、ふと思い立って東京へと向かった。 そこで彼女は夜の海に飛び込む褐色の青年を目撃する。驚いて彼を助けに向かった彼女は、彼の肌に「光る何か」を見た。 それは彼女が幼少の頃、地元の水族館で見つけた「水族館の幽霊」だった・・・。 故郷へと戻った彼女は、地元の海で再びその褐色の青年を目撃する。彼の名前は「海」だった。 彼は、全身に入れ墨をし、地元の海でサーフィンをしているジムという男の下で暮らしていたが、何とジュゴンに育てられたという過去を持っていた。 そしてもう1人、ジムの下では同じくジュゴンに育てられたブロンドへアの青年「空」が暮らしていた。 琉花は部活がなく、持て余した時間を水族館の手伝いをしたり、「海」や「空」と過ごしたりすることに充てるようになる