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コンピュータ・ITと化学に関するbean_heroのブックマーク (9)

  • free chemistry software

  • 3Dモデルっぽい分子構造をパワポだけで簡単に作成する方法

    専用ソフトなどを使用せず、PowerPointだけで分子構造を示す図形を作成する方法を、カリフォルニア大学ロサンゼルス校で化学者として働くMitch André Garciaさんが公開しています。 Making Sexy Molecules in Powerpoint » Chemistry Blog http://www.chemistry-blog.com/2015/06/17/making-sexy-molecules-in-powerpoint/ 3Dモデルっぽい分子構造を作成するのに使用するのはPowerPointのみ。Mitchさんの解説では使用しているPowerPointのバージョンについて何も触れられていなかったのですが、今回は「Microsoft Office Standard 2007」のPowerPointを使って実際に分子構造の作成にチャレンジしてみました。 3D風

    3Dモデルっぽい分子構造をパワポだけで簡単に作成する方法
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    bean_hero 2015/06/24
    そのうちパワポだけで製作した分子モデルのアニメも登場しそう
  • 構造式を楽に描くコツ!? テクニック紹介 | Chem-Station (ケムステ)

    化学者のつぶやき 構造式を楽に描くコツ!? テクニック紹介 2015/5/25 化学者のつぶやき, 実験・テクニック, 書籍・ソフト・Web ChemDraw, 有機化学 コメント: 0 投稿者: アセトアミノフェン みなさんは、構造式をどうやって描いていますか? ChemDraw でいちから描くのも楽しいですが、今回は忙しいみなさんのための手抜きで楽に構造式を完成させる方法をご紹介します。 1. ダウンロードできる MOL ファイルを活用せよ! Web サイトの中には、構造式のデータを MOL ファイルという形式で提供してくれている場合があります。たとえば、無料のオンライン化学情報データベースとして有名なものでは ChemSpider Chemical Book 日化辞 Web 等が挙げられます。例えば ChemSpider で“maitotoxin”を検索してみます。ChemSpide

    bean_hero
    bean_hero 2015/05/25
    構造式のOCRも侮れないレベルになってきたのかな。5-6年ほど前にお試ししたソフトでは、結合の太さやフォントの種類によって読み取り精度が激変した覚えがある。
  • ブラウザからの構造式検索で研究を加速しよう | Chem-Station (ケムステ)

    一般的な話題 ブラウザからの構造式検索で研究を加速しよう 2015/4/1 一般的な話題, 化学者のつぶやき, 書籍・ソフト・Web ケモインフォマティクス コメント: 0 投稿者: アセトアミノフェン 最近、こんなサイトを発見しました。 Welcome to www.cheminfo.org どういうサイトかというと… ブラウザの上で構造式を描いて、さまざまな情報にアクセスできる! これはすごい! というわけで、いくつかの機能をここでご紹介します! すべて Google Chrome ならサクサク動きますので、ぜひ使いながら読んでみてください。 1. Wikipedia の化学物質を構造式から検索 Wikipedia structure search というエンジンでは、構造式をブラウザ上で描画し、検索することができます。 左側の構造式エディタで構造式を編集すると、その都度リアルタイムに

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    bean_hero 2015/04/01
    Wikipediaを構造式検索! ひょっとするとSMILESやInChIを読みに行ってるのかな
  • 電子実験ノートもクラウドの時代? Accelrys Notebook | Chem-Station (ケムステ)

    化学者のつぶやき 電子実験ノートもクラウドの時代? Accelrys Notebook 2014/12/11 化学者のつぶやき, 製品情報 クラウド, 電子ノート コメント: 0 投稿者: webmaster 昨今のSTAP細胞から発生した「実験ノート問題」を覚えている方は多いことでしょう。意図せずして一般的にも実験ノートの大事さが伝わったと事件でした。科学者なら当然ですが、実験ノートは正確かつ適切に行なった実験に関して記さなければなりません。 一方で、近年のペーパーレス社会において、論文を読むのも各種機器分析もほぼPCをつかいます。ほとんどがデジタルデータというわけです。それに対して、実験ノートはどうでしょうか?企業においては電子ノート化がかなり以前から進んでいますが、大学の研究室はやはり紙ベースの実験ノート。アナログデータです。書いたほうが覚えるとかパラパラ見れるのがよいとかアナログの

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    bean_hero 2014/12/12
    アクセルリスだとPipelinePilotでの各種データ連携もセットで売り込んでるのかな
  • スパコン「京」、抗がん剤候補物質を続々発見 : 科学 : YOMIURI ONLINE(読売新聞)

    スーパーコンピューターの可能性を探るシンポジウム「スパコン『京』の今後はどうなるの?」が24日、東京都文京区の東京大学伊藤謝恩ホールで開かれ、約410人が聞き入った。 シンポは理化学研究所(理研)の主催。 平尾公彦・理研計算科学研究機構長は、昨年9月に格稼働した「京」の成果として、新たな抗がん剤の候補物質を10種類以上発見したことなどを紹介。新浪剛史・ローソン代表取締役CEOは「スパコンの高い計算技術は、競争力強化や社会問題の解決に不可欠」と期待を寄せた。 パネル討論ではノンフィクション作家の山根一眞さんら6人が、次世代のスパコン開発について意見を交わした。

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    bean_hero 2013/08/25
    どういう「候補」かなぁ。今にも臨床試験に入れるものが10個残ってるなら凄いかもだけど、最初のin silico計算レベルで10個ならよくある話。何個拾うかは足切りラインの設定次第。それにローソンが何でまた。
  • IT創薬の希望の星:スパコン「京」で挑む世界最大の創薬データベース構築

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    bean_hero 2013/07/04
    標的がタンパク質とは限らないし、働きの足りない標的を活性化するものもある。ちと細かいことだけど。
  • iPadで計算化学にチャレンジ:iSpartan | Chem-Station (ケムステ)

    計算化学という分野は、主にPC等の計算機によって分子の構造やその性質、変化等をシミュレーションする、という研究を行なっています。 昔は、計算用のPCも計算用のソフトも非常に高価であったため、専門の研究者がいなければ大学などでも購入しない、というのが一般的でした。しかし、最近では通常のPC程度でも、高分子でなければ比較的信頼性の高い様々なデータを計算によって求めることが出来るようになりました。 ごく最近、さらにその計算化学を手元のタブレットでできちゃう!?という驚愕アプリが登場しました。 それが、iSpartanです。 iSpartanってどんなアプリ? 化学研究者によく使われている分子モデリングソフトウェアspartanの機能を一部アプリに移植したものと考えればよいでしょう。 iSpartanでは、自分で分子構造を作図し、この二次元のスケッチを三次元構造に変換します。その後、配座解析を実施

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    bean_hero 2013/04/03
    iPadで計算化学、凄い事かも
  • ビッグデータが一変させる化学研究の未来像 | Chem-Station (ケムステ)

    GoogleやFacebookのような人類の生活に欠かせないものになりつつある情報の集約と提供を行う企業は、我々の生活を一変させてしまいました。 近年の科学では膨大なデータを扱う事が普通になって来ました。ゲノム情報やタンパク質のX-線構造解析、大気や流体の解析、化学反応の経路探索や化合物の安定配座の検索などデータの塊のような情報がさらりと流れています。 筆者が大学生の時に買ったPCはメモリーがせいぜい8メガバイトでした。増設メモリーが8メガバイトで数万円です。さて最近ではUSBメモリーとして1ギガバイトの製品が1000円しないで売られています。ハードディスクは2テラバイトの製品が数万円で普通に売っていますよね。扱う事ができる情報が増えるに従って、様々な事が可能になり、生活や研究環境は大きく様変わりしましたが、これは一体どこまで増えるのでしょうか?ペタバイト?エクサバイト? Nature C

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    bean_hero 2013/04/01
    今日だから書けたかもしれないが、可能性は充分にありと思った
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