バクテリア細胞質の全原子分子動力学計算 | 理化学研究所
要旨 理化学研究所（理研）杉田理論分子科学研究室の杉田有治主任研究員、理論科学連携研究推進グループの優乙石研究員と米国ミシガン州立大学のマイケル・ファイグ教授らの国際共同研究グループ※は、バクテリア[1]の細胞質[2]の全原子モデルを作成し、スーパーコンピュータ「京」[3]を用いた大規模分子動力学計算[4]によって、細胞質中での生体分子の複雑な挙動を原子レベルで解明しました。 細胞内の細胞質は、体積の約70％が水で占められています。残りの30％はリボソーム[5]などの超分子、タンパク質やRNA（核酸）などの生体高分子、アデノシン三リン酸（ATP）やアミノ酸などの代謝物、イオンで占められています。このような分子で混み合った環境（細胞内分子混雑環境）での生体分子の構造、動態、機能発現のメカニズムは、実験的にも理論的にも解明が難しく、原子・分子レベルの解像度では十分に理解されていませんでした。
光の性質利用し瞬時に答え 画期的計算法として注目 | NHKニュース
最先端のコンピューターでも計算が難しいとされる、１００億通りを超える膨大な組み合わせの中から、最も適した答えを求める問題を、光の性質を利用することで、瞬時に解くことに日本の研究グループが成功し、次世代コンピューターにつながる画期的な計算手法として注目されています。 この手法は現在のコンピューターのように、一つ一つすべてのケースについて数値計算を行うものではなく、光が持つ物理的な性質を利用して答えを求めようという全く発想が異なるものです。 グループでは全長１キロの光ファイバーの中に、組み合わせを調べたい数だけ、光の粒子を使って一種の磁石を作り出す新たな装置を開発し、「２０００個の点を最もエネルギーを使わずに２つに分ける方法」を解くことに挑戦しました。 この問題では、組み合わせが１００億通りを超え、最先端のコンピューターでも計算が難しいとされています。 実験の結果、新たな装置では２０００個の点
構造式を楽に描くコツ！？ テクニック紹介 | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき 構造式を楽に描くコツ！？ テクニック紹介 2015/5/25 化学者のつぶやき, 実験・テクニック, 書籍・ソフト・Web ChemDraw, 有機化学 コメント: 0 投稿者: アセトアミノフェン みなさんは、構造式をどうやって描いていますか？ ChemDraw でいちから描くのも楽しいですが、今回は忙しいみなさんのための手抜きで楽に構造式を完成させる方法をご紹介します。 1. ダウンロードできる MOL ファイルを活用せよ！ Web サイトの中には、構造式のデータを MOL ファイルという形式で提供してくれている場合があります。たとえば、無料のオンライン化学情報データベースとして有名なものでは ChemSpider Chemical Book 日化辞 Web 等が挙げられます。例えば ChemSpider で“maitotoxin”を検索してみます。ChemSpide
シュプリンガー、“でたらめ論文”検出プログラムを公開
シュプリンガー(Springer)は3月23日、仏ジョゼフ・フリエ大学と共同ででたらめ論文を検出するソフトウェア「SciDetect」を開発・オープンソースで公開した。 シュプリンガー・サイエンス・アンド・ビジネス・メディアは科学技術論文を掲載する出版グループ。SciDetectは論文のテキストを検索し、埋め込まれたXMLやPDFのリンクを参照、文章自体の正当性(少なくともでたらめでないか)を判断する(閾値は設定できる)。 これは「SCIgen」などの自動論文ジェネレーターへの対抗措置。2005年にMITの学生が作成したソフトSCIgenは、一見それらしく見える(内容はまったく意味をなさない)科学論文を自動生成する。このでたらめ論文に気づかずSpringerを始めとした複数の大手科学ジャーナルがSCIgen作成の偽論文を掲載したことで大きな問題となった。偽数学論文、偽物理論文用ジェネレータ
研究不正を疑われない画像処理とは？――アドビが説明会を開催
アドビ システムズは2014年12月18日、大学向け事業についての記者説明会を開催した。大きなテーマとなったのは、大学の研究分野における画像処理の問題。学術論文における不正な画像処理が問題となるなか、研究者の間では画像補整自体を悪とみなす傾向が出ているという。説明会には、研究者向け画像解析ソフトの開発などを手掛ける、エルピクセル 研究開発本部の湖城恵 技術アドバイザーがゲストスピーカーとして登場（写真1）。科学的な正しさを追求するうえで、適切な画像補整は欠かせないと訴えた。 実験データとして得られた画像を補整する行為を「データのねつ造」と捉えたり、良心がとがめると感じたりする研究者は少なくないという。だが湖城氏は、これらを“悲しい誤解”だと指摘する。なぜなら「（補正前の）現画像が真実かといえば、全く違う」（湖城氏）からだ。画像は、顕微鏡やカメラの設定、ボケや光の散乱などによって変化する。適
電子実験ノートもクラウドの時代？ Accelrys Notebook | Chem-Station (ケムステ)
化学者のつぶやき 電子実験ノートもクラウドの時代？ Accelrys Notebook 2014/12/11 化学者のつぶやき, 製品情報 クラウド, 電子ノート コメント: 0 投稿者: webmaster 昨今のSTAP細胞から発生した「実験ノート問題」を覚えている方は多いことでしょう。意図せずして一般的にも実験ノートの大事さが伝わったと事件でした。科学者なら当然ですが、実験ノートは正確かつ適切に行なった実験に関して記さなければなりません。 一方で、近年のペーパーレス社会において、論文を読むのも各種機器分析もほぼPCをつかいます。ほとんどがデジタルデータというわけです。それに対して、実験ノートはどうでしょうか？企業においては電子ノート化がかなり以前から進んでいますが、大学の研究室はやはり紙ベースの実験ノート。アナログデータです。書いたほうが覚えるとかパラパラ見れるのがよいとかアナログの
スプーン一杯で1テラバイトの情報が保存可能な「液体」のストレージが誕生 | IDEAHACK
これが実用化されたら、、、未来が想像もつかない。 ミシガン大学とニューヨーク大学のチームが共同で、液体に情報を保存できるストレージの研究を進めているようです。 液体中に浮遊するナノ粒子のクラスターを使うことで、０と１でのみ状態を把握していた従来式のコンピュータ以上に情報を格納することが可能。 言うなればルービックキューブのように同じ体積でも様々なストレージ状態に変化させることが出来るため、より多くの情報量を保存可能なのだそうです。 中央のスフィアに１２の粒子が繋がったクラスターであれば、８００万種の状態を持つ事になり、それは2.86バイトのデータ量に相当するとのこと。 シミュレーションによると、このクラスターを３％の濃度で含んだ液体は、スプーン一杯で１テラバイトの情報が保存可能という結果に。 ミクロな視点で見ると原理は理解できそうですが、液状の物質にデータを書き込んだり取り出したりする様子
体臭で生体認証、スペイン研究チームのレポート
セキュリティ・ベンダーなどのブログから、新たな攻撃の手口や動向など、知っておきたい内容の記事を紹介する。今回の一つめは、一風変わった生体認証の話題だ。 スロバキアのイーセットは、スペインのマドリード工科大学の生体認証研究チームが発表した興味深い調査報告について、ブログで紹介した。それによると、体臭を高い精度で個人識別に利用できるという。 同研究チームがスペインの防衛関連事業イリアシステマスと共同で行った研究では、体臭による個人識別に85％の確率で成功した。体臭の化学パターンは、疾病や食事、あるいは消臭剤や香水といった要素による影響を受けないという。 虹彩識別や指紋識別など既存の生体認証はエラー率が低いが、犯罪歴と結びつけて考えられやすいため、不快な印象を与える傾向があると研究者らは主張している。 顔認識システムはそれほど不快ではないが、エラー率が高くなる。体臭ベースの生体認証なら、検問所な
ビッグデータが一変させる化学研究の未来像 | Chem-Station (ケムステ)
GoogleやFacebookのような人類の生活に欠かせないものになりつつある情報の集約と提供を行う企業は、我々の生活を一変させてしまいました。 近年の科学では膨大なデータを扱う事が普通になって来ました。ゲノム情報やタンパク質のX-線構造解析、大気や流体の解析、化学反応の経路探索や化合物の安定配座の検索などデータの塊のような情報がさらりと流れています。 筆者が大学生の時に買ったPCはメモリーがせいぜい8メガバイトでした。増設メモリーが8メガバイトで数万円です。さて最近ではUSBメモリーとして1ギガバイトの製品が1000円しないで売られています。ハードディスクは2テラバイトの製品が数万円で普通に売っていますよね。扱う事ができる情報が増えるに従って、様々な事が可能になり、生活や研究環境は大きく様変わりしましたが、これは一体どこまで増えるのでしょうか？ペタバイト？エクサバイト？ Nature C
遠く離れたラットの脳を接続、米・ブラジル間で成功
英科学誌ネイチャー（Nature）に掲載された2匹のラットの脳をつなげ、信号を送受信する研究の画像（2013年2月27日提供）。(c)AFP/NATURE/Katie Zhuang, Laboratory of Dr. Miguel Nicolelis, Duke University 【3月4日 AFP】複数の頭脳をつなぎ合わせて「スーパー脳」を創造する試みとして、遠く離れた北米と南米の実験室にいるラットの脳を電極でつなぎ、片方のラットが覚えたことを別のラットに伝えることに成功したという。2月28日の英科学誌ネイチャー（Nature）系オンライン科学誌「サイエンティフィック・リポーツ（Scientific Reports）」に報告が掲載された。 ラットの大脳皮質に電極を埋め込み、南米ブラジル・ナタル（Natal）の研究機関にいるラットから米ノースカロライナ（North Carolina）
朝日新聞デジタル：念じて、家電を操作する家 京都で報道陣に公開 - 科学
ブレーン・マシン・インターフェースによって動く電動車いすと、手を使わずにチャンネルが変えられるテレビ＝１日午後、京都府精華町、高橋一徳撮影 【小宮山亮磨】念じるだけで家電製品などを思いのままに動かせる「ブレーン・マシン・インターフェース」の技術を採り入れた家を、通信会社らが出資してつくった国際電気通信基礎技術研究所（ＡＴＲ）などが京都府精華町につくり、報道陣に公開した。体の不自由な人や高齢者らを補助する生活環境づくりを目指している。 頭にかぶった特殊な装置が利用者の脳血流の変化と脳波を読み取って無線で送信。ネットワークにつながったコンピューターが、意思を判断して機器に指令する仕組み。成功率は今のところ７〜８割で、念じてから最短６．５秒で判断できるという。 この日は、車いすに乗った男性が部屋を移動しながら、手を一切使わずにテレビのチャンネルを変えたりカーテンを開け閉めしたりした。研究は
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