bzip2 and MAPREDUCE-13270 18 Mar 2017 少し前だけれど、HADOOP-13270について書こうと思う。 Hadoop MapReduceフレームワークはInputFormatというインターフェースを通じて様々なフォーマットのファイルを読むことができる。単純なテキストファイルを一行ずつ読んだり、Avroなどのシリアライゼーションフォーマットやgzipなどの圧縮フォーマットもサポートしている。 InputFormatはgetSplitsというメソッドで一つのファイルを複数のSplitという単位に分割することが要求される。 1つのMapperは1つのSplitを読んで処理を行うため、このSplitを作る方法をInputFormatが知らないと巨大なファイルを複数のMapperで分散して処理できないのでSplitの作り方はMapReduceを効率的に走らせるため
The GZIP sizes are for the files as downloaded from the EBI Mirror FTP site in early September 2011. I then decompressed them, and re-compressed as BGZF using bgzip from samtools, or as bz2 using bzip2. I presume that both the original GZIP file and the BGZIP file are using the same default ZLIB compression settings. As I noted before, the 64kb block size currently used in BGZF is hurting it in th
bzip2 is a free and open-source file compression program that uses the Burrows–Wheeler algorithm. It only compresses single files and is not a file archiver. It relies on separate external utilities for tasks such as handling multiple files, encryption, and archive-splitting. bzip2 was initially released in 1996 by Julian Seward. It compresses most files more effectively than older LZW and Deflate
We've realized a bit too late that archiving our files in GZip format for Hadoop processing isn't such a great idea. GZip isn't splittable, and for reference, here are the problems which I won't repeat: Very basic question about Hadoop and compressed input files Hadoop gzip compressed files Hadoop gzip input file using only one mapper Why can't hadoop split up a large text file and then compress t
仕様 RFC 1952 にも書いてあるよ A gzip file consists of a series of "members" (compressed data sets). The format of each member is specified in the following section. The members simply appear one after another in the file, with no additional information before, between, or after them. gzip ファイルのフォーマットは単に member の連続でしかないとのこと。 なら member の連続どうしの gzip ファイルを 2 つ以上つなげても同じだよね。 実際にやってみよう $ echo hello | gzip -c > he
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