新型コロナウイルス感染症に関連する会議の議事録が作成されていないことが大きな問題となっている。 現在焦点が当たっているのが、新型コロナウイルス感染症対策本部の決定によって立ち上げられた専門家会議の議事録がないこと(発言者がわからない議事概要と速記録が存在)、対策本部の会合の前に意見調整を閣僚や官僚などが行っている「連絡会議」の議事の記録が全くないこと(概要すらない)である。 当初、菅義偉官房長官などは、これらを作らない理由を、公文書管理法の「行政文書の管理に関するガイドライン」の「歴史的緊急事態」に基づいて説明を行ってきた。 「歴史的緊急事態」における記録の作成についてのルールは、「政策の決定又は了解を行う会議等」(A)は「開催日時、開催場所、出席者、議題、発言者及び発言内容を記載した議事の記録」の作成義務があるが、「政策の決定又は了解を行わない会議等」(B)はその義務は書かれていない。