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プログラミングと言語に関するmisomicoのブックマーク (1)

  • ゲノム言語ATGC

    ゲノム的にGCリッチなほうがいいだろうということで0と1にg,cをそれぞれ割り当てて数字を表現するようにしてる。exitコマンドには終止コドンを割り当てようかとも思ったが、なんとなくaaaにしてみた(polyA)。 しかも(というか当たり前だけど)blastでホモロジーサーチがかけられるし、multifastaにしておけばソース管理もできるうえに、データベース化してインデックスはっておけば、NCBIのツール群でコマンド一発で取り出せる。 ただ今回作ったHELLO_WORLDの配列はblastnだといい感じにヒットしなくて悲しかったので、blastxかけたらブラックコットンウッドからなんかひっかかった。 >gb|ABK94795.1| unknown [Populus trichocarpa] Length=229 Score = 33.5 bits (75), Expect = 5.9 I

    ゲノム言語ATGC
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