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二段階の電気泳動によりタンパク質を二次元に分離する手法です。一般的に、一次元目は等電点電気泳動によりタンパク質を分離し、二次元目はSDS-PAGEにより分子量で分離します。いずれの手法も分離能が非常に高いので、細胞全タンパク質を数千以上にもおよぶスポットに分離することができます。プロテオーム解析において、二次元電気泳動手法は中心的な役割を担っており、再現性と解像度に優れた固定化pH勾配(Immobilized pH Gradient, IPG)法を一次元目泳動に用いることが一般的になっています。また、より多くのスポットを得るために、幅広いpHレンジの分離結果を基にしてNarrow pH IPGゲルで目的pH部分のみを分離したり、20 cm以上の大型ゲルを用いて二次元目電気泳動を行うこともあります。プロテオーム解析では、データの再現性と共にスループット(処理能力)も重要な課題です。多サンプル
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