時系列データ／BRINインデックス対応 - KaiGaiの俺メモ
PG-StromにBRINインデックス対応機能を実装してみた。 まずは、以下のEXPLAIN ANALYZEの実行結果をご覧いただきたい。 条件句で参照しているymd列は日付型（date）で、テーブルにデータを挿入する際には意図的に日付順にINSERTを行っている。 postgres=# EXPLAIN (analyze, buffers) SELECT * FROM dt WHERE ymd BETWEEN '2018-01-01' AND '2018-12-31' AND cat LIKE '%bbb%'; QUERY PLAN ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
GPUDirect SQL on NFS-over-RDMAを試す - KaiGaiの俺メモ
タイトルでほぼほぼ出オチですが、先日、NVIDIAからCUDA Toolkit 11.4と共にリリースされた新機能GPUDirect Storage 1.0のドキュメントを読んでいると、面白い記述を見つけた。 曰く、MOFEDドライバ5.3以降と、Mellanox Connect-X4/5の組み合わせで、NFS-over-RDMAとGPUDirect Storageを組み合わせ、リモートのNFS区画からローカルのGPUへと直接のデータ転送を行う事ができるようになる、と。 14.10. NFS Support with GPUDirect Storage This section provides information about NFS support with GDS. 14.10.2. Install GPUDirect Storage Support for the NFS Cli
秒速で10億レコードを処理する話 - KaiGaiの俺メモ
これまでのPG-Stromの性能測定といえば、自社保有機材の関係もあり、基本的には1Uラックサーバに1CPU、1GPU、3～4台のNVME-SSDを載せた構成のハードウェアが中心だった。*1 ただソフトウェア的にはマルチGPUやNVME-SSDのストライピングに対応しており、能力的にどこまで伸ばせるのかというのは気になるところである。 そこで、方々に手を尽くして、次のようなベンチマーク環境を整備してみた。 （機材をお貸し頂いたパートナー様には感謝感激雨あられである） 4UサーバのSYS-4029GP-TRTというモデルは、GPUをたくさん乗っけるためにPCIeスイッチを用いてPCIeスロットを分岐している。ちょうど、PCIeスイッチ1個あたり2個のPCIe x16スロットが用意されており、同じPCIeスイッチ配下のデバイス同士であれば、完全にCPUをバイパスしてPeer-to-Peerのデ
gstore_fdw: GPUメモリをSQLで読み書き、そして…。 - KaiGaiの俺メモ
昨年、PGconf.ASIAで発表したPL/CUDAによる創薬ワークロードの高速化実験のテーマであるが、 kaigai.hatenablog.com 実測したベンチマークを見ると、奇妙な傾向が見てとれる。 このワークロードにおける計算量は「Qの行数×Dの行数」であるので、Dの行数が同じ1000万行であるならば、Qの行数が1000のケース（22.6s）に比べ、Qの行数が10のケース（13.4s）の実行時間はもっと顕著に短時間でなければならない。 計算量が1/100なのに、実行時間は半分弱にしかなっていない。 実はこれは、化合物同志の類似度を計算するための時間だけでなく、PL/CUDA関数に与える引数をセットアップするための時間に12秒程度を要しており、アムダールの法則を引用するまでもなく、類似度の計算を高速化するだけでは処理速度はこれ以上伸びないのである。 PL/CUDA関数の引数として行列
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