東北大学 乾・岡崎研究室で 2016/01/25 に行われた研究会でショートトークを行った際に使用した GNU Parallel のイントロダクションです。
「今日から使い切る」�ための GNU Parallel�による並列処理入門
東北大学 乾・岡崎研究室で 2016/01/25 に行われた研究会でショートトークを行った際に使用した GNU Parallel のイントロダクションです。
スクリーンキャストで学ぶGNU Parallel
プログラムを並列処理する GNU Parallel 作者の Ole Tange が YouTube で GNU Parallel の初心者向けチュートリアル(スクリーンキャスト)を2本(ともに10分)公開していたので内容をざっとメモ。 GNU Parallel はコマンドラインツールなので、コマンドを実行しながらひたすらしゃべって解説しているだけ。 スクリーンキャストといっても、Web フレームワークのような華やかさは全くない。 Part 1: GNU Parallel script processing and execution GNU PARALLEL – BASIC USAGE GET GNU PARALLEL ダウンロードとインストール YOUR FIRST PARALLEL JOBS 合計1GB の大量のログファイルを圧縮&解凍 $ /usr/bin/time gzip -l
コマンドを並列に実行するGNU parallelがとても便利 - りんごがでている
最近のコンピュータは複数のCPUコアを持っているので並列にコマンドを実行することができます。 たくさんの同じようなファイルに同じ処理を実行することは、私のやっているバイオインフォマティクスではよくあります。 しかし自分で並列に実行するスクリプトを書くことはそれほど簡単ではなく、ログや実行結果の確認など煩雑な処理を書かなければいけません。 この記事では、そうした処理を簡単にするGNU parallelというツールを紹介します。 GNU parallel UNIX系のOSではインストールはとても簡単です。MacでしたらHomebrewを使って、Linuxでは各ディストリビューションのパッケージマネージャからインストールできます。 詳しくはGNU parallelのウェブページを参照して下さい(http://www.gnu.org/software/parallel/)。 Homebrew: b
GNU Parallel作者が書いたParallel:The Command-Line Power Toolを読んだ
プログラムを並列処理する GNU Parallel というプログラムがある。このプログラムの作者 Ole Tange が usenix February 2011, Volume 36, Number 1 に “The Command-Line Power Tool” という記事を書いていたので読んでみた。6ページで GNU Parallel の主要機能がひと通り解説されているので、GNU Parallel の機能をピンポイントでしか知らない人(=自分)が読むと、いろいろと使いどころが湧いて来ると思う。 GNU Parallel: The Command-Line Power Tool February 2011, Volume 36, Number 1 Authors: Ole Tange https://www.usenix.org/publications/login/februar
GNU Parallel- GNU Project - Free Software Foundation
GNU parallel is a shell tool for executing jobs in parallel using one or more computers. A job can be a single command or a small script that has to be run for each of the lines in the input. The typical input is a list of files, a list of hosts, a list of users, a list of URLs, or a list of tables. A job can also be a command that reads from a pipe. GNU parallel can then split the input and pipe
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