6万円で買える自宅用DNA増幅装置「OpenPCR」 /バイオハッカー・ジャパン
PCR(Polymerase Chain Reaction:ポリメラーゼ連鎖反応）とは必要な遺伝子を含むDNAを無限に増やすことの出来る技術で、現代分子生物学の基礎となる技術です。この技術を発明した研究者キャリー・マリスは1993年にノーベル賞を受賞しています。 研究所などにあるPCR装置は数10万円、高い装置では100万円以上と高額ですが、この装置が行っている事は非常に単純で、温度を繰り返し上下しているだけです。PCR装置の別名は「サーマルサイクラー（繰り返し温度変更装置）」とも呼びます。 具体的には「増やしたい遺伝子を含む微量のDNA」と「増やしたい遺伝子配列の先頭と後方を示す目印（プライマー）」、増幅させるための酵素、DNAの元（モノマー）を1つのチューブに入れ、そして 94℃(およそ1分）→およそ60℃（およそ1分）→72℃（およそ1分）→と20～30回繰り返すだけです。1サイクル
オープンソースとサイエンスコモンズ - resolution
先日のイベントでは、オープンアクセスでも広義のオープンアクセス、すなわち学術情報への自由なアクセス全般について触れられていて、オープンデータの話もいろいろ聞けたのでよかった。研究データをオープンにしてもらうのが大変という話を聞いていると、なんとなくソースコードの公開を思い出したので、この辺りを対比して考えてみることにする。ちなみにオープンデータの必要性については、 Numerous scientists have pointed out the irony that right at the historical moment when we have the technologies to permit worldwide availability and distributed process of scientific data, broadening collaboration a
Introducing DataFu: an open source collection of useful Apache Pig UDFs
Introducing DataFu: an open source collection of useful Apache Pig UDFs At LinkedIn, we make extensive use of Apache Pig for performing data analysis on Hadoop. Pig is a simple, high-level programming language that consists of just a few dozen operators and makes it easy to write MapReduce jobs. For more advanced tasks, Pig also supports User Defined Functions (UDFs), which let you integrate custo
GPL適用のソースコードを他言語に移植してBSDライセンスに変更できるか | オープンソース・ライセンスの談話室
Twitterに「#笑ってはいけないSIer」というのが流れていまして、そこから枝分かれてして「「そもそもOSSがサポート無いと使えない。GPLは禁止。OSSを使うのに研修を受ける必要がある。OSSのソースを読むのは禁止。#笑ってはいけないSIer」から派生したGPLについての談義 – Togetter」というのが出てきました。 そのなかのGPLなソースコードについて説明されていることが、すこーし違うんじゃないかなぁ、と思うところがあり、私なりに調べてみました。 #2011-11-19 AM8:30 「短いコード」と「結論」を追記 #2011-11-20 AM5:30 「運用」を追記。「結論」を修正 #2012-01-20 AM0:30 短いコードにいくつかの具体例を追記してみた #2013-07-20 PM10:20「二次創作同人”小説”」に関する記述を追加 著作権の適用範囲 著作権の保
Introducing Curator — The Netflix ZooKeeper Library
by Jordan Zimmerman Open Source at NetflixWe are committed to Open Source Software at Netflix. We’ve blogged about it in the past. Today we are announcing a portal for open source projects from Netflix. The portal is currently hosted on Github. There are several projects in the pipeline (including Curator which we’re announcing today): Curator — The Netflix ZooKeeper LibraryAstyanax — The Netflix
チケットレコメンデーション - 西尾泰和のはてなダイアリー
Python温泉にて「チケットがたくさん山になっているとヤル気がそがれたりどれからやったらいいか悩むのに時間を使ったりしてしまうので、オススメのチケットを選んでくれるシステムがあったらいいんじゃないの？」って話題になったのでコンセプトプルーフを実装した。 とりあえずRubyのRedmineからチケットを適当に取ってきて実験。recommend()ってやるとオススメのチケットを1つ教えてくれる。 In [2]: recommend() Windows環境で日本語を含むパスに対して、File.expand_path が存在しないパスを返すパターンが存在する。これはちょっとなー、自分向きじゃないなぁ(OS依存だし)、別のがいいなぁ、と思ったのでno()と答える。すると別のチケットを提案してくれる。 In [3]: no() Please backport r33556 (Bug #5243)うん
“パッチモンスター”、RubyのなかださんもHeroku社員に！：Rails Hub情報局：エンジニアライフ
Salesforce.comの創業者でCEOであるマーク・ベニオフ氏は、Heroku買収に際してRuby開発コミュニティを支援していくと表明していましたが、その言葉には全く誇張がなかったようです。 すでにRubyの生みの親である、まつもとゆきひろさんをHerokuがRubyチーフアーキテクトとして迎え入れたことは発表済みですが、もう1人、CRuby開発のキーパーソンの1人、なかだのぶよし（中田伸悦）さんも、すでに7月に入ってからセールスフォース日本法人の正社員として入社済みであることを、ご本人に確認しました。 週末に行われたRubyKaigi 2011の基調講演の中でも、まつもとさんが、なかださんのHeroku入りを明らかにしました。スクリーンになかださんの写真が大写しにされると、会場からどっと拍手が沸き起こりました。 懇親会でご本人にお話を伺ったところ、ありがとうと言われて悪い気はしない
農業をオープンソース化する試みについて - YAMDAS現更新履歴
Open Source Farming ReadWriteWeb のエントリを読み、農業をオープンソース化しようとする Open Source Ecology の活動を面白いと思い、後で TED 講演の動画を見ようと思っていたら、早速日本語字幕版があがっていた。素晴らしい。 Wikiや3次元デザインツールなどを利用し、TEDフェローのマーチン・ヤクボスキーは50もの農業機械の設計図をオープンソース化し、誰でも一からトラクターや収穫機を作れるようにしています。これは完全に自立した集落を目指すための取扱説明書を書く上での第一歩に過ぎません（初期費用は1万ドルから）。 マーチン・ヤクボスキー：文明の設計図をオープンソース化する試みについて | TED Talk （ほら、はてなダイアリーにTED Talksの動画を貼り付けられたほうがいいでしょ？） 農業というと何となく縁遠そうだが、ワタシも少し関
「コミュニティ活動がすべてを変えた」――ラトビア企業で働く唯一の日本人エンジニア
ラトビア共和国はバルト海に面した国だ。国土はおよそ日本の6分の1、公用語はラトビア語で、ロシア語を話す人々も多い。首都は、「バルト海の真珠」と呼ばれる美しい港町、リガ。ここに、オープンソースの総合監視ソフトウェア Zabbixの開発元、Zabbix SIAがある。 「まさか、自分が海外、しかもラトビアで働くことになるとは思ってもみませんでした」 こう打ち明けるのは、Zabbix SIAで働く唯一の日本人エンジニア、ZABBIX-JP代表の寺島広大氏だ。寺島氏はミラクル・リナックスでエンジニアとして働いていたが、2011年4月に同社を退職。その後すぐにラトビアに移住し、Zabbix SIAのエンジニアになった。 ラトビアに転職――実に大胆なキャリアチェンジである。日本人が20人程しかいないという異国の地で、エンジニアとして働くことになった経緯は何だったのだろうか。寺島氏の答えは簡潔である。「
OSHW - Definition of Free Cultural Works
This page hosts the current proposed Open Source Hardware (OSHW) Statement of Principles and Definition v1.0. The statement of principles is a high-level overview of the ideals of open-source hardware. The definition is an attempt to apply those ideals to a standard by which to evaluate licenses for hardware designs. To endorse the Open Source Hardware Definition 1.0, please add your name (and aff
An Open Web
“As much as we love the open Web, we’re abandoning it.” —Chris Anderson, WIRED Magazine The Web was meant to be Everything. As the Internet as a whole assumes an increasingly commanding role as the technology of global commerce and communication, the World Wide Web from its very inception was designed to be a free and open medium through which human knowledge is created, accessed and exchanged. Bu
オープンソースソフトウェアの名前を変えて勝手にパッケージ化、英Amazonで販売 | スラド オープンソース
英国の「Butterfly Media」という企業によりオープンソースソフトウェアが別タイトルのソフトウェアとして無断でパッケージ化され、Amazon.co.uk(以降、Amazon)で複数の出品者が販売している（Phoronix記事より）。 第二次世界大戦を背景にした潜水艦ゲーム「Dangers of The Deep」の開発者の1人がPhoronixのMichael Larabel氏に伝えたところによると、Amazonで同ゲームが「U-Boat Simulator」というタイトルで出品されているのを発見したそうだ。同ソフトウェアのアートワークはクリエイティブコモンズの表示‐非営利‐改変禁止2.0/3.0でライセンスされているにもかかわらず、Butterfly Mediaが無許可で勝手にゲームをパッケージ化して販売しているとのことだ。また、Butterfly Media製品のスクリーンシ
Free At Last - 八田真行のオープンソース考現学
パソコン雑誌の休刊が相次いでいる。また、ボーランドが開発ツール事業を売却したそうだ。そういった最近のニュースを見ていて、隔世の感を感じつつ以下のようなことを思った。 昔々、といっても今から高々十数年前のことだが、私がパソコンに触り始めたころに主流だったOSはMS-DOSだった。そもそもハードウェアのスペックが現在と比べて著しく低かったということもあるし、当時としてはやむを得ない部分もあったのだろう。過去を現在の基準で裁断するのも無茶なことだ。しかしそれにしても、MS-DOSはプロプライエタリなのはもちろん、極めて不安定で使い勝手の悪いOSだった(ついでに言わせてもらえば、Windows 3.1も実にひどいOSだった)。少しでもパフォーマンスを改善しようと、裏技、今風に言えば「バッドノウハウ」を仕入れるために、せっせとなけなしの小遣いをはたいてパソコン雑誌を買っていたのが懐かしい。 OSのみ
Licenses
Licenses¶ The Apache Software Foundation uses various licenses to distribute software and documentation, and to accept regular contributions from individuals and corporations and larger grants of existing software products. These licenses help us achieve our goal of providing reliable and long-lived software products through collaborative, open-source software development. In all cases, contributo
Contributor Licence Agreements
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Alan Cox、Linusからの厳しい指摘に「もうたくさんだ」と言い残してTTYのメンテから降りる | スラド デベロッパー
Alan CoxがLinuxカーネルのTTYサブシステムのメンテから降りることを決めたそうだ（本家/.より）。 TTYのバグフィックスに関してLinus Torvaldsから様々な問題を厳しく指摘するメッセージを受け、Alan Coxは「もうたくさんだ。そんなに簡単に直せると思うなら自分でやればいい。楽しんでくれ（However I've had enough. If you think that problem is easy to fix you fix it. Have fun.）」とTTYのメンテから降りることを宣言した。 さらにその後ポストされたバグ関連のメッセージに対しても「次のメンテ担当に話してくれ。自分にはもうどうでもいいことだ。（Please talk to the new tty maintainer whoever that ends up. I no longer
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Open Science Summit 2012 - Jordan Miller
Vol 3, No 1 (2011)
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