ストーリーは、中学2年生のはなの転校初日からスタート。前髪を切りすぎる、遅刻をするなど失敗を重ねるも新生活に胸を躍らせていた彼女の前に、不思議な赤ちゃん・はぐたんと世話係のハムスター・ハリハムハリーが空から降ってきた。そこへ、はぐたんの持つミライクリスタルを狙う悪の組織・クライアス社が出現。はなは「はぐたんを守りたい!」という強い気持ちによって元気のプリキュア・キュアエールに変身する。また、はなのクラスの学級委員長・薬師寺さあやが知恵のプリキュア・キュアアンジュに、はなのクラスメイト・輝木ほまれが力のプリキュア・キュアエトワールに変身して、ともに戦うこととなる。 プロデューサーの1人である梅田和沙は、本作について「プリキュアシリーズはこれまで15年間「戦うヒロイン」を描いてきましたが、一番身近な『おかあさん』こそ女の子にとっての『つよく』『やさしく』『カッコイイ』ヒロイン像を体現しているの