超並列分子動力学計算ソフトウェア「GENESIS」を開発 | 理化学研究所
要旨 理化学研究所（理研）計算科学研究機構粒子系生物物理研究チームの杉田有治チームリーダー、ジェウン・ジョン研究員、杉田理論分子科学研究室の森貴治研究員らの共同研究チーム※は、生体分子の運動を１分子レベルから細胞レベルまでの幅広い空間スケールで解析可能なシミュレーションソフトウェア「GENESIS」を開発し、5月8日からオープンソースソフトウェアとして無償で公開します。 近年、計算機によるシミュレーションは、実験、理論に次ぐ第3の解析手法として、さまざまな分野で活用されています。生命科学では分子動力学法[1]と呼ばれるシミュレーション技法が、タンパク質の立体構造予測や、酵素反応のメカニズムの解明、薬の理論設計などに広く応用されています。分子動力学法は粒子間相互作用[2]をクーロンの法則などの物理法則に基づいて計算し、ニュートンの運動方程式F = maを解くことで分子の動きをコンピュータ内で
夢の新素材の可能性「五角形グラフェン」
ペンタグラフェンの模式図(平面・側面)。三角形、四角形、六角形以外では平面を充填できないのは幾何学で証明されているが、五角形グラフェンはわずかに立体配置を採ることで擬似的な平面充填配列となっている 東北大学は4月21日、五角形のグラフェンが物質として安定し、透明半導体・超伝導など“夢の新素材”としての可能性を持つと発表した。 グラフェンは炭素分子が繋がり、二次元シート状となった物質。円筒形に巻かれたカーボンナノチューブ、球殻状のフラーレンとともに、特殊な性質を持つことから様々な用途への研究開発が進んでいる。 炭素分子の構造上、グラフェンの基本単位は六角形に繋がっているが、東北大と北京大学では五角形のグラフェンも存在しうると考えて理論研究を進めてきた。 スーパーコンピューターを用いたシミュレーションを行った結果、ペンタグラフェン(五角形グラフェン)は物質として安定していることに加え、可視光を
スーパーコンピュータ「京」を用いた計算で超新星爆発のニュートリノ加熱説が有望に | CfCA - Center for Computational Astrophysics
【概要】 国立天文台の滝脇知也（たきわき ともや）特任助教、福岡大学の固武慶准教授、京都大学の諏訪雄大特定准教授らの研究チームは、スーパーコンピュータ「京」を用いて超新星爆発の大規模数値シミュレーションを行い、超新星爆発がニュートリノ加熱によって起こる可能性を示しました。 超新星がどのようなメカニズムで爆発するのかは、複雑な高エネルギー現象が絡みあうため、天文学者が50年も頭を悩ませている難問です。ニュートリノ加熱説は有力ではありましたが、これまでは星の形状を完全な球と仮定するなど、現実の超新星爆発とは異なる設定のシミュレーションしか行えなかったため、それが正しいかどうかの議論を進める事ができませんでした。 今回、スーパーコンピュータ「京」を用いることで、かつてないほどの大規模なシミュレーションが可能になりました。そのため、より現実に近い設定で超新星爆発の計算を行うことができるようになった
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