R: The R Project for Statistical Computing
Getting Started R is a free software environment for statistical computing and graphics. It compiles and runs on a wide variety of UNIX platforms, Windows and MacOS. To download R, please choose your preferred CRAN mirror. If you have questions about R like how to download and install the software, or what the license terms are, please read our answers to frequently asked questions before you send
HPVワクチンの「重篤な有害事象」7％は高すぎるか？ - NATROMのブログ
医療情報を吟味し伝える活動を行うコクランがHPVワクチンのレビューを発表した。各新聞社が伝え、また、コクランの日本支部による日本語訳も読める。 ■英民間組織：ＨＰＶワクチン「深刻な副反応の証拠なし」 - 毎日新聞 ■子宮頸がんワクチン、「前がん病変」予防効果は高い…国際研究グループ : yomiDr. / ヨミドクター（読売新聞） ■子宮頸がんおよび前がん性病変の予防を目的とするヒトパピローマウイルスに対する予防的ワクチン接種 | Cochrane さまざまな論点があるが、今回は、HPVワクチンの重篤な有害事象が約7％である点を主に論じる。7％と聞くと不安に感じる人もいても当然であろう。HPVワクチンに子宮頸がんの前がん病変を減らすという利益（今回のコクランのレビューによればだいたい1万人中百何十人、パーセントに換算すると1％強）があるにしても、7％という重篤な有害事象の害と引き合わないの
Gonum
Gonum Numerical PackagesConsistent, composable, and comprehensible scientific code Gonum is a set of packages designed to make writing numerical and scientific algorithms productive, performant, and scalable. Gonum contains libraries for matrices and linear algebra; statistics, probability distributions, and sampling; tools for function differentiation, integration, and optimization; network creat
がん検診の「見落とし」を数えるのは難しい - NATROMのブログ
青森県のがん検診で患者の４割が見落し？ 青森県における胃がん検診と大腸がん検診で患者の４割が見落とされていた可能性があるとNHKが報じた。 ■胃がん・大腸がん 検診で“４割見落とされた可能性” 青森県 | NHKニュース がんによる死亡率が１２年連続で全国最悪の青森県は、がんの早期発見につなげようと胃がん、大腸がん、子宮頸がん、肺がん、乳がんの５つのがんについて、平成２３年度に自治体によるがん検診を受けた県内１０の町と村の住民延べ２万５０００人を対象にその後の経過を調べました。 検診を受けて異常なしと判定されたのに１年以内にがんと診断された人を見落としの可能性があると定義し、その割合を調べたところ、検診の段階でがんを見落とされた可能性がある人はバリウムによるＸ線検査を行った胃がんで４０％、便に含まれる血を調べる「便潜血検査」を行った大腸がんで４２．９％、子宮の入り口の細胞を調べた子宮頸がん
「子宮頸がん予防ワクチン？おやめになったほうがいい」のファクトチェック - NATROMのブログ
もしあなたががんにかかり、手術を受けることになったとしましょう。現在の日本では、ほとんどの場合、手術のメリットとデメリットは何か、あるいは手術を受けなかったらどうなるのか、医師から説明があります*1。これから受ける医療についての情報を提供されて（インフォーム）、その医療を受けることに同意（コンセント）するか、あるいは受けないかは、患者さんが決めます。医師が決めるのではありません。「インフォームド・コンセント」という言葉はすでに広く知られています。 手術に限らずあらゆる医療について、正確な情報が提供された上で、患者さんが医療を受けるかどうかを決めるのが理想です。ワクチン接種についてもです。もし提供された情報が不正確であれば、たとえ患者さんが同意し、書類にサインしていたとしても、その同意は無効です。患者さんの意思決定の助けになるよう、医療者はできるだけ正確な情報を提供するように努力しなければな
検診で発見されたがんの予後が良くても、がん検診が有効だとは言えないのはなぜか？ - NATROMのブログ
「わかる」って、たーのしー！よね 私たちは、地球が球形をしていて太陽の周りを回っていることを幼いうちから教えられている。けれども、地球が丸くて動いているなんて、よくよく考えると直観に反している仮説である。普通に考えれば地面は平らで動いていない。動いているのは太陽のほうだろう。人類で最初に地球が丸いと理解することは、さぞエキサイティングであっただろう。 別に人類で最初でなくったって、直観に反することが事実だわかる過程は素晴らしい体験である。私は大学生のころ、イギリスの進化生物学者であるドーキンスが書いた『利己的な遺伝子』（当時は『生物＝生存機械論』）という本を読んで、動物の行動は「種の保存」のためのものであるという「常識」が間違っていることを思い知らされた*1。貴重な体験であるが、どういう感情なのか説明するのが難しい。ゲームをプレイしたことのない方にはまったく伝わらないたとえで申し訳ないが、
『ダメな統計学 悲惨なほど完全なる手引書』で科学の基盤をより確かなものにする - HONZ
世界は数字であふれている。政治家の支持率から健康食品が病気のリスクを下げる確率まで、ニュースや広告を介して、新たな数字が次々とわたしたちに届けられる。しかしながら、その数字がどのようにつくられ、どのような意味を持つのかを真に理解することは容易ではない。特に、数字の送り手に悪意がある場合には注意が必要だ。50年以上前に出版された世界的ベストセラーの『統計でウソをつく法』で知られるように、統計を恣意的に用いれば、多くの人を欺くことはそれほど困難ではないのだ。 それでは、きちんとした科学研究室・大学によって裏付けられたデータならば無条件で信用できるのだろうか。そうではない、と統計学の講師でもある著者のアレックス・ラインハートはいう。科学者たちに悪意があり、統計学を歪めて使用しているわけではない。科学者たちもまた、わたしたち一般市民と同様に統計学をきちんと理解していないというのだ。 科学者は、統計
平均値 vs 中央値
作者のページ ときどき所得などのデータを平均値（算術平均）のみで示している記事があります。しかし極端な外れ値があったり、著しく非対称だったりするデータは中央値で扱わないと実態がよく分からなくなってしまう場合があります。「平均所得600万円！」に騙されないように「平均値」と「中央値」の違いを実感しましょう。 追記１：以下の分布はLog-normalを仮定しているため必ず 中央値<平均値 です。そうじゃない分布も当然存在します。 追記２：このページの趣旨は「平均値だけ見ても実態がよく分からんこともあるので元の分布や他の統計量も気にしようね」ってことなので一々「最頻値も見なきゃ駄目だ」とかメールしてこなくていいです。 使い方：スライダをグリグリ動かして、それぞれの代表値を持つ分布の例を見てみよう。
ピロリ菌は胃がんの原因の何％か？ - NATROMのブログ
ピロリ菌感染は胃がんの原因の一つである。主な原因であると言っていい。ピロリ菌が胃がんを引き起こすメカニズムもだいぶ明らかになっているが、よしんばメカニズムが不明であっても、疫学研究からピロリ菌と胃がんの因果関係は証明されている。 ただ、ピロリ菌感染が胃がんの原因だと言っても、ピロリ菌に感染していなくても胃がんになる人もいれば、ピロリ菌に感染していても胃がんにならない人もいる。報告によっても差があるが、ピロリ菌に感染していると、感染していない場合と比較してだいたい5〜10倍ぐらい胃がんになりやすい*1。ピロリ菌感染と胃がんの関係は、喫煙と肺がんの関係と同じぐらいの強さで、HPV（ヒトパピローマウイルス）と子宮頸がんの関係よりは弱い。 「胃がんの99％はピロリ菌が原因」という主張があるが、さすがに99％というのは過大評価である。仮に胃がん患者の99％がピロリ菌陽性であったとしても、その中にはピ
女性医師 vs 男性医師？「死にたくなければ女医を選べ」は本当なのか | Innervate The World!
こんなYahooニュースの記事が目に入ってきたので、思わず元となっている論文(free full-text)を引っ張ってきて読んでしまいました。すごく面白かったので、この論文を読んで思ったことをまとめておきます。 この論文1の第一著者、Dr. 津川友介はハーバード大学で研究されている日本人の内科医さんなんですね。だから冒頭の「日本人の論文で」、になるわけです。書き出しに、まずこんな内容のことが書かれています。 女性医師と男性医師では、そのアプローチに違いがある、ということは複数の研究で既に実証されていることなんだそうです。例えば、女性のほうがクリニカル・ガイドラインにきちんと沿った治療方針を打ち出したり、2-4 予防的治療に積極的だったり、5-12 patient-centeredなコミュニケーションを実践していたり、13-16 スタンダード化されたテストの実践が上手だったり、17 患者に
将来の犯罪者は3歳では決まらない
12月の始め、子どもが犯罪者になるかどうかを予想できるという研究が発表されました。研究者たちは神経学的検査に基づいて、3歳児の脳の健康度と、成人になってから犯罪を犯す確率に関連性を見出したのです。その結果、脳の健康度が低い子どもは、80％の確率で犯罪者になっていたことがわかりました。 この研究結果は世界的に大反響を呼び起こし、私たちがついに『マイノリティー・リポート』のように、45分の脳検査だけで犯罪者扱いされる未来に来たのだと猛反発が起きました。 ただ唯一の問題は、研究でわかったのはそういうことではなかったのです。 今回ニュースになったのは｢Dunedin Study｣というニュージーランドで始まった大掛かりな研究で、1970年代に生まれた1,000人の生涯を追い続けています。この学術調査は過去40年で多くの発見を生み出しました。例えば、なぜ人は歳のとり方が違うのか、何が麻薬中毒を引き起
女性医師の方が、男性医師よりも患者の死亡率・再入院率が低い
（写真：Day Donaldson／クリエイティブ・コモンズ表示 2.0 一般） 私たちが行った最新の研究によると、女性医師の方が男性医師よりも患者の死亡率や再入院率が低いことが明らかになりました。この研究は2016年12月19日のJAMA Internal Medicine誌（オンライン版）に掲載されました。この研究はワシントンポスト紙、ウォールストリートジャーナル、CNN、Fox News、ハーバードビジネスレビューにも取り上げられました。 今回は私の研究を紹介させて頂きます。私たちのチームは、2011～2014年にアメリカの急性期病院に入院した65歳以上の高齢者、およそ130万入院分のデータを解析しました。患者のデータはメディケア（高齢者向けの公的保険）のレセプトデータを、医師の情報に関してはDoximityと呼ばれる医師向けのソーシャルネットワーキングサービスを提供している会社が複
｢草食系男子の増加｣という大いなる勘違い
「近頃の若いモンは…」というのは、遥か昔、古代ギリシャのソクラテスやプラトンの時代から、お年寄りの口癖だったと聞きます。いつの時代も、大人たちは若者を”自分とは違う生き物”として扱いたいようです。 とりわけ、「最近の若い男は頼りない」「女性をリードすることもできない」、そもそも「恋愛が怖くて出来なくなっている」という論は後を絶たず、「草食男子」、「絶食男子」といったキャッチーな言葉も生み出されてきました。とにかく「若い男たちが恋愛離れしている」という結論付けをしたくて仕方がない大人たちが、世間にはたくさんいるのです。 揚げ句の果てに、昨今の晩婚化や少子化は、この若い男性の恋愛離れこそが元凶だという指摘をされる有様です。 でも、本当にそうなんでしょうか？ 国立社会保障・人口問題研究所の「第15回出生動向基本調査(2015年)」によると、「交際している異性はいない」と回答した未婚者の割合は、男
がん検診による絶対リスク減少はどれくらい？ - NATROMのブログ
ワクチンは有効性を過小評価されやすく、がん検診は過大評価されやすい 公衆衛生についてあまりなじみのない方にはあまり知られていないようだが、一般的にワクチンはがん検診と比較して有効性が高い。たとえば、おたふくかぜワクチンはおたふくかぜの罹患を85％減らす。一方で、乳がん検診は乳がん死を20％しか減らさない。 また、ワクチンは一次予防であるのに対し、がん検診は二次予防である。ワクチンは疾患そのものの発症を抑制するが、一方で検診は病変が見つかったら何らかの治療介入を要する。検診には偽陽性や過剰診断についての問題もある（なお、乳がん検診は乳がんの罹患を減らすどころか増やす）。子宮頸がん検診の受診割合が十分に高い海外でなぜ、HPVワクチンが開発され、接種が推奨されているのか、ここらあたりに理由がある。 ワクチンと比較して検診の利益が過大評価されやすく、害が過小評価されやすいのには理由がある。主観的に
若年性脳梗塞が増えているというのは本当か？ - NATROMのブログ
日刊ゲンダイDIGITALに若年性脳梗塞についての記事が載った。「若年性の患者数はこの１０年で５割も増えている」のだそうだ。 ■患者数は10年で5割増 ゆとり世代で「突然死」急増のナゼ | 日刊ゲンダイDIGITAL 脳梗塞といえば中高年以上の病と思いがちだが、最近２０、３０代に増えているという。テレビ東京アナウンサーの大橋未歩（発症時３４）など、３０代前半の発症例も珍しくないが、ここ数年、ゆとり世代の脳梗塞患者が目立つというのだ。 「いわゆる『若年性脳梗塞』は医学的定義では５０代未満です。ただ近年、ストレス要因を中心とした２０代の発症例は増えています」（山野医療専門学校副校長で医学博士の中原英臣氏） 年間７万人が死亡する脳梗塞のうち、若年性は約１割。若年性の患者数はこの１０年で５割も増えている。 臨床的な感覚では若年性脳梗塞が「１０年で５割増加」しているようには思えないので調べてみようと
正しくは「速報と変わらず因果関係なし」 名古屋市子宮頸がんワクチン副反応疫学調査「事実上撤回」の真相
名古屋市は、昨年、市内に住む若い女性約7万人を対象に、日本初の子宮頸がんワクチン接種後症状に関する大規模調査を行った。回答率は4割超。こういった調査では高い数字である。 「調査結果（速報）」で示された結果は、月経不順、関節や体の痛み、光過敏、簡単な計算ができない、身体が自分の意志に反して動くなど、子宮頸がんワクチンとの因果関係が疑われている24の症状について、年齢で補正するとむしろ15症状でワクチン接種群に少ないという衝撃的なものだった（参考記事はこちら）。この調査で解析を行ったのは名古屋市立大学大学院医学研究科公衆衛生学分野、鈴木貞夫教授の研究室である。 一方、薬害問題に取り組むNGO「薬害オンブズパースン会議」は、速報発表当日に名古屋市役所で会見を開き、「明らかに不自然な結果で、被害実態をとらえる解析もなされていない」（朝日新聞の記述）と批判。2日後の12月16日には市長宛てに「速報の
有意と非有意の差は有意とは限らない - himaginary’s diary
アンドリュー・ゲルマンの9/9ブログエントリと、同日付けガーディアン紙記事（ Chris Blattmanブログ経由）が同じ論文を取り上げている。 その論文の内容とは、 ある効果が5%水準で有意 別の効果は5%水準で非有意 よって2つの効果は異なる という誤った推論*1を行った論文が、神経科学のトップ5の雑誌に掲載されたうち半数に達した、というもの（具体的には、513の論文を調査し、そうした誤りを行う可能性のあった157の論文のうち79論文が実際に間違えていた、との由）。 ゲルマンは、1世紀近くに亘って続いてきたこうした誤謬問題が、なぜ最近になって改めて脚光を浴びているのか、と訝っている。 ガーディアン紙記事では、正しい手順を踏んで改めて両者の差の検定を行うと非有意になることが多いので、研究者がわざとそうした推論を行っている可能性もある、という穿った見方を示し、そうした腐敗よりは無能の方が
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